Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G002908

染色体: Chr05 坐标: 34950720-34952245 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G002908
名称SmilChr05G002908
描述uncharacterized SmilChr05G002908
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向34950720 - 34952245 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130986979
GeneID130986979
locus_tag-
NCBI NameLOC130986979
原始查询LOC130986979

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130986979

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057766512.1
2 Nucleoplasm 核质 0.20000 XP_057766512.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057766512.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057766512.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057766512.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:34951720 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C74
Chr5:34951721 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C86
Chr5:34951732 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C16
Chr5:34951736 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B12,B66,C47
Chr5:34951746 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B67,C15
Chr5:34951771 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B12,B66,C47
Chr5:34951777 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B12,B66,C47
Chr5:34951857 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B23
Chr5:34951875 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A11,A3,C74,D6
Chr5:34951900 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A13,B139,C4
Chr5:34951917 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C22
Chr5:34952002 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 1 B124

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057910529.1
TTTTTTTTTTTTTTTTTATCTTTATATGTAGTAGATCTTTACAGATATTAATAAATGAGATGTAATTTGTAGAAGTGTTTGCAAACCAGCCACATCCTCAAATTCTTTGGTTGGGTGTGTTTAATGAACTGTTTTCTTTGGTGTATTGAAAGAGTATTTGTTGGAGTTGGTGCAATTAACTTAAATCAATTGTCATGGGGTAGGTGAACATGTTTCACATGTTTGTTTTGTAAAATCTGTGTAGGTGCTCATGTTTCTCA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130986979
ATGGATCCCCTGAACAAAGACCCTGAAATTGAGCCCTATTTTACCCCTGCTCATGCTTCGGAATTGGTACCGATGAATTTCACCCCATCCGAGAGGGTTTGGTGTGAAAACCACGGATTGTACCCCAACTACAGTTGCGAGGTGCCGAGTGATGATTTGCTTGTCACCATCAAATACAAAATCAACAATTCTTCCAAACCAAGATCACCCAAAGAACAACCACATCCAAAAGTGGATAAGTTAGTGCTTGGGAAAAGGAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057766512.1
MDPLNKDPEIEPYFTPAHASELVPMNFTPSERVWCENHGLYPNYSCEVPSDDLLVTIKYKINNSSKPRSPKEQPHPKVDKLVLGKRKIRATQRVLERPEDEEAFERLIELADTQTTEKTKGKKSTPRKHVPPHQGHEVGAGTNKRG

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器