Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr05G002930`

染色体: Chr05 坐标: 35308586-35310079 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr05G002930`
名称	SmilChr05G002930
描述	uncharacterized SmilChr05G002930
染色体 / SeqID	Chr05 / NC_080391.1
坐标与链方向	35308586 - 35310079 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130986996`
GeneID	`130986996`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130986996`
原始查询	`LOC130986996`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	confidence=no_hit
产物	confidence=no_hit
Arabidopsis	`-` -
Rice	`-` -
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF03004 (Transposase_24)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130986996

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057766525.1`
2	Chromosome	染色体	0.20000	`XP_057766525.1`
3	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057766525.1`
4	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057766525.1`
5	Telomere	端粒	0.00000	`XP_057766525.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr5:35309273`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B32,B71,B78,C62,C80
`Chr5:35309288`	`TG`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	3	B30,B4,C30
`Chr5:35309288`	`TG`	`T`	1bp_deletion	CDS_variant	3	B30,B4,C30
`Chr5:35309324`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B112,B15,B47,C64,C78
`Chr5:35309325`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B104,B30
`Chr5:35309334`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A19,B15,B29,C19
`Chr5:35309347`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B62
`Chr5:35309462`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A7,C37,C57
`Chr5:35309513`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A24
`Chr5:35309735`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B60,C5
`Chr5:35309787`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	8	B136,B26,B31,B74,B84,C54,C70,C75
`Chr5:35309794`	`AC`	`A`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	B26

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057766525.1

219 aa

110

219

Transposase_24

PF03004 Transposase_24 3-130 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057766525.1`	Pfam	`PF03004`	Transposase_24	Family	3	130	6.6e-14	53.0	Plant transposase (Ptta/En/Spm family)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057910542.1
AGGCCCGTCTGGATGACTCCCGATTTTTGGACTGGACTCCGGGATTACTGGCATCAGCCCGAGGTTGAGGCTGTTTCAAATCGAGCACGTGCCAACCGGATGTCCGAGCCCGATGGGGAGGGTACAGGGATCAGTAGGCACGTGGGCGGGTCCCAGTCGACTCGTATCCTGCAGCAGTATATGAGCTTGGATCCTGGTACTCCCCAGGATGCACCGAACTATGCCACCTTCTTCCGCCTCCACACGTACGCCGACGGAAG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130986996
ATGACTCCCGATTTTTGGACTGGACTCCGGGATTACTGGCATCAGCCCGAGGTTGAGGCTGTTTCAAATCGAGCACGTGCCAACCGGATGTCCGAGCCCGATGGGGAGGGTACAGGGATCAGTAGGCACGTGGGCGGGTCCCAGTCGACTCGTATCCTGCAGCAGTATATGAGCTTGGATCCTGGTACTCCCCAGGATGCACCGAACTATGCCACCTTCTTCCGCCTCCACACGTACGCCGACGGAAGTTATACGTCGGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057766525.1
MTPDFWTGLRDYWHQPEVEAVSNRARANRMSEPDGEGTGISRHVGGSQSTRILQQYMSLDPGTPQDAPNYATFFRLHTYADGSYTSERDARIDAEVHRLAAATGRQERLDEVYLEVVQIDRSRIYGVGSAGQSQASRGSIRSTGSSAVSQQLYETRISTLEEQLAAEQAQRQQMEDRMAAEQAQRQQIEDHMAQLEAFMRMYNAQPPPGPDADDDDDDA

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器