Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G002969

染色体: Chr05 坐标: 36069084-36078084 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G002969
名称SmilChr05G002969
描述pyrophosphate-energized membrane proton pump 2
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向36069084 - 36078084 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130987025
GeneID130987025
locus_tag-
NCBI NameLOC130987025
原始查询LOC130987025

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述pyrophosphate-energized membrane proton pump 2
产物pyrophosphate-energized membrane proton pump 2
ArabidopsisAT1G78920 (VP2)
vacuolar H+-pyrophosphatase 2 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:844231]
identity=87.4; qcov=1; evalue=0; confidence=high
RiceOs02g0537900
-
identity=86.4; qcov=1; evalue=0; confidence=high
GOGO:0004427 (inorganic diphosphate phosphatase activity); GO:0009678 (diphosphate hydrolysis-driven proton transmembrane transporter activity); GO:0016020 (membrane); GO:1902600 (proton transmembrane transport)
KEGG-
PfamPF03030 (H_PPase)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130987025

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Endoplasmic reticulum 内质网 0.60000 XP_057766568.1
2 Endoplasmic reticulum membrane 内质网膜 0.40000 XP_057766568.1
3 Vacuole 液泡 0.40000 XP_057766568.1
4 Vacuole membrane 液泡膜 0.40000 XP_057766568.1
5 Mitochondrion membrane 线粒体膜 0.20000 XP_057766568.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:36070796 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C35
Chr5:36072483 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B15
Chr5:36075051 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B69,B9,C5
Chr5:36075065 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B20,B93,C51
Chr5:36075085 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B111
Chr5:36075107 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C23
Chr5:36075473 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B20,B48,B98,C61,C80

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057766568.1
800 aa
N
1
400
800
H_PPase
C
PF03030 H_PPase 74-795 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057766568.1 Pfam PF03030 H_PPase Family 74 795 3.4e-255 849.4 Inorganic H+ pyrophosphatase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057910585.1
GAGAAAACCTGACCAAAACAAAAATAACCGATGACCTGGCAGGAAGATGGTACGTGGCAACTAGTAATTGGCTTTGTCTTCAGTCGTGACAGGTAGTGTATACTGGTCCGCAGCGGAAATGGTAAAACCCAACACTCACAAAACCACCGCTCAACGGCTGAAATTATACTGATTCCGCCGTCGTTCCCAAATTCACTCGCCGAAGCCCTACCATCCAATCACGCATCACTCGAAAGGGATTATCAGACGCGAGCATGTGG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130987025
ATGGATGATGATATGGAAGGTGGGAGCTTGGGGCCTTACCAGGAAAGGCCAAGGACATTTCCTAACATGCGTAGTAAACCCTACACCCCACTGATCTTTCGTCTACTAATGAGAATAAACAGTCGTGTTCTTTTGGTGCTTCTGCTCATTGGACTGGGAGCTCTCTTTTATATTGGTGCAAGTACCTCGCCAATTATTGTCTTTGTATACTCAGTTTGCATTATCAGTTTTCTCGTGTCTATATACCTTACAAAATGGGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057766568.1
MDDDMEGGSLGPYQERPRTFPNMRSKPYTPLIFRLLMRINSRVLLVLLLIGLGALFYIGASTSPIIVFVYSVCIISFLVSIYLTKWVLSKDEGPPEMVQISEAIRDGAEGFFRTQYGTISKMAVLLGLVILIIYLLRSTSPQQESSGLGRATTAYITVASFLLGALCSGIAGYVGMWVSVRANVRVSSAARRSAREALQIAVRAGGFSALVVVGMAVLGIAILYSTFYVWLGVDSTGAMKVTDLPLLLVGYGFGASFVAL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器