Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr05G003580`

染色体: Chr05 坐标: 47838062-47839718 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr05G003580`
名称	SmilChr05G003580
描述	transcription termination factor MTERF6, chloroplastic/mitochondrial-like
染色体 / SeqID	Chr05 / NC_080391.1
坐标与链方向	47838062 - 47839718 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130987079`
GeneID	`130987079`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130987079`
原始查询	`LOC130987079`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	transcription termination factor MTERF6, chloroplastic/mitochondrial-like
产物	transcription termination factor MTERF6%2C chloroplastic/mitochondrial-like
Arabidopsis	`AT4G38160` (pde191) Mitochondrial transcription termination factor family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829972] identity=56.4; qcov=0.994; evalue=7.84e-135; confidence=high
Rice	`Os08g0515800` (P0686C03.126) - identity=53.6; qcov=1.01; evalue=5.01e-123; confidence=high
GO	GO:0003690 (double-stranded DNA binding); GO:0006355 (regulation of DNA-templated transcription)
KEGG	-
Pfam	PF02536 (mTERF)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130987079

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Mitochondrion	线粒体	1.00000	`XP_057766655.1`
2	Chloroplast	叶绿体	0.40000	`XP_057766655.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057766655.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057766655.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057766655.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr5:47838788`	`GA`	`G`	1bp_deletion	frameshift_variant	195	A1,A10,A11,A13,A14,A15,A16,A18,A19,A2,A20,A22,A24,A25,A5,A6,A8,A9,B1,B10,B102,B103,B104,B105,B106,B107,B108,B11,B110,B111,B113,B114,B115,B118,B119,B12,B120,B122,B123,B124,B125,B126,B128,B129,B130,B131,B132,B133,B134,B135,B136,B138,B139,B14,B140,B15,B16,B17,B18,B19,B2,B21,B24,B25,B26,B28,B29,B3,B30,B32,B33,B34,B35,B36,B38,B39,B4,B42,B43,B44,B45,B48,B49,B5,B50,B51,B52,B53,B54,B55,B56,B58,B59,B6,B60,B61,B63,B64,B65,B67,B68,B7,B71,B72,B73,B74,B76,B77,B78,B79,B8,B80,B81,B82,B83,B84,B85,B86,B87,B88,B89,B9,B90,B91,B92,B93,B94,B95,B96,B97,B98,B99,C1,C10,C12,C13,C14,C16,C18,C19,C2,C21,C22,C23,C25,C26,C3,C30,C31,C32,C33,C34,C35,C37,C38,C4,C42,C44,C45,C47,C48,C5,C50,C51,C52,C53,C54,C55,C57,C58,C59,C62,C63,C64,C65,C67,C7,C70,C71,C74,C75,C77,C78,C8,C80,C81,C82,C86,D1,D2,D3,D4,D5,D8,D9
`Chr5:47838790`	`GT`	`G`	1bp_deletion	frameshift_variant	195	A1,A10,A11,A13,A14,A15,A16,A18,A19,A2,A20,A22,A24,A25,A5,A6,A8,A9,B1,B10,B102,B103,B104,B105,B106,B107,B108,B11,B110,B111,B113,B114,B115,B118,B119,B12,B120,B122,B123,B124,B125,B126,B128,B129,B130,B131,B132,B133,B134,B135,B136,B138,B139,B14,B140,B15,B16,B17,B18,B19,B2,B21,B24,B25,B26,B28,B29,B3,B30,B32,B33,B34,B35,B36,B38,B39,B4,B42,B43,B44,B45,B48,B49,B5,B50,B51,B52,B53,B54,B55,B56,B58,B59,B6,B60,B61,B63,B64,B65,B67,B68,B7,B71,B72,B73,B74,B76,B77,B78,B79,B8,B80,B81,B82,B83,B84,B85,B86,B87,B88,B89,B9,B90,B91,B92,B93,B94,B95,B96,B97,B98,B99,C1,C10,C12,C13,C14,C16,C18,C19,C2,C21,C22,C23,C25,C26,C3,C30,C31,C32,C33,C34,C35,C37,C38,C4,C42,C44,C45,C47,C48,C5,C50,C51,C52,C53,C54,C55,C57,C58,C59,C62,C63,C64,C65,C67,C7,C70,C71,C74,C75,C77,C78,C8,C80,C81,C82,C86,D1,D2,D3,D4,D5,D8,D9
`Chr5:47838863`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	C1,C43,C76
`Chr5:47838929`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C11,C69
`Chr5:47838962`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B35
`Chr5:47839073`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B140,C54
`Chr5:47839274`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A18,C1,C43,C76,D4
`Chr5:47839321`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B140,C54
`Chr5:47839416`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B140,C54
`Chr5:47839602`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	4	B21,B41,B68,C48
`Chr5:47839602`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B21,B41,B68,C48

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057766655.1

323 aa

162

323

mTERF

PF02536 mTERF 45-318 aa

XP_057766656.1

321 aa

160

321

mTERF

PF02536 mTERF 43-316 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057766655.1`	Pfam	`PF02536`	mTERF	Family	45	318	3.9e-49	168.0	mTERF
`XP_057766656.1`	Pfam	`PF02536`	mTERF	Family	43	316	3.9e-49	168.0	mTERF

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA

XM_057910672.1
GAAAACCAATTCATTTTTCTGATGCTAAAACTTAAATTTCAGATATAAAATTGTTCAAAATTTAAAACAATTTCTTAAATCTGTATACTTGTTGAAGACATTTTTGTCATGTTGTGAAAAGGGATATAGTTTGAGATTTTCAGAGAATTTACACCTAAAATAATTCCCGCAGTTGCCATCCACGAGCCACCGCTTTGCACCGCCGCCTCCGCCGCTGCAGATAACTCTTTTTCTCCGTTTCTCTCTTCTGCCGCACTTAT...

XM_057910673.1
CTAAAACTTAAATTTCAGATATAAAATTGTTCAAAATTTAAAACAATTTCTTAAATCTGTATACTTGTTGAAGACATTTTTGTCATGTTGTGAAAAGGGATATAGTTTGAGATTTTCAGAGAATTTACACCTAAAATAATTCCCGCAGTTGCCATCCACGAGCCACCGCTTTGCACCGCCGCCTCCGCCGCTGCAGATAACTCTTTTTCTCCGTTTCTCTCTTCTGCCGCACTTATTCTCCCCTTCGCCGTCTTACGCTT...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA

LOC130987079
ATGAACATGGACACAGGTAGTGGCATTATGTGGTTCTTCAAAGACAGGAGTTTTGATGATAAAAGCATTCATGACATGTTCAACAGGTGCAGACGGCTTGAAGATGTCGATAGGGAAATCGCCTCTGAAACTTGGGGGTACTTGAAAAGCACAGGCATACCAGAGGGGAAGCTTTCCATGGCCATTAGGAAGTGCCCCGAAATTCTCACCCTCGACTTGCACGACAAACTTGTACCGATGATCCAGTGCCTTGGAACATT...

LOC130987079
ATGGACACAGGTAGTGGCATTATGTGGTTCTTCAAAGACAGGAGTTTTGATGATAAAAGCATTCATGACATGTTCAACAGGTGCAGACGGCTTGAAGATGTCGATAGGGAAATCGCCTCTGAAACTTGGGGGTACTTGAAAAGCACAGGCATACCAGAGGGGAAGCTTTCCATGGCCATTAGGAAGTGCCCCGAAATTCTCACCCTCGACTTGCACGACAAACTTGTACCGATGATCCAGTGCCTTGGAACATTGGAGTC...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA

XP_057766655.1
MNMDTGSGIMWFFKDRSFDDKSIHDMFNRCRRLEDVDREIASETWGYLKSTGIPEGKLSMAIRKCPEILTLDLHDKLVPMIQCLGTLESRPKEVASAITKFPHILLHSLEEKLCPLLAFFEVLGAPEKQLGKLILLNPRIISYGIESRLSQMVDFLASLGLSKDGMIGRYVAKHPFITRYSIEKRLKPTCVFLRSLGLTESQLQRAAMNFPEVLCRDVNRVLRPNVVYLKSCGFSSSQLAAVVGGYPLVLIKSISKSLRP...

XP_057766656.1
MDTGSGIMWFFKDRSFDDKSIHDMFNRCRRLEDVDREIASETWGYLKSTGIPEGKLSMAIRKCPEILTLDLHDKLVPMIQCLGTLESRPKEVASAITKFPHILLHSLEEKLCPLLAFFEVLGAPEKQLGKLILLNPRIISYGIESRLSQMVDFLASLGLSKDGMIGRYVAKHPFITRYSIEKRLKPTCVFLRSLGLTESQLQRAAMNFPEVLCRDVNRVLRPNVVYLKSCGFSSSQLAAVVGGYPLVLIKSISKSLRPRI...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器