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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G003591

染色体: Chr05 坐标: 48006250-48010045 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G003591
名称SmilChr05G003591
描述uncharacterized SmilChr05G003591
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向48006250 - 48010045 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130987087
GeneID130987087
locus_tag-
NCBI NameLOC130987087
原始查询LOC130987087

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述hydroxyproline-rich glycoprotein family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835933]; symbol=AT5G58210; hit=AT5G58210; species=arabidopsis; confidence=weak
产物hydroxyproline-rich glycoprotein family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835933]; symbol=AT5G58210; hit=AT5G58210; species=arabidopsis; confidence=weak
ArabidopsisAT5G58210 (AT5G58210)
hydroxyproline-rich glycoprotein family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835933]
identity=52.5; qcov=0.245; evalue=2.75e-17; confidence=weak
RiceOs12g0528000
-
identity=44.3; qcov=0.242; evalue=4.01e-16; confidence=weak
GO-
KEGG-
PfamPF25896 (HTH_AT3G52170)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130987087

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Chloroplast 叶绿体 0.80000 XP_057766678.1
2 Mitochondrion 线粒体 0.20000 XP_057766678.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057766678.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057766678.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057766678.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:48007641 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C62,C82
Chr5:48007681 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C65
Chr5:48008184 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A1,B72
Chr5:48008234 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B4,B64
Chr5:48008301 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B4,B64
Chr5:48008367 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B33,B58,C32,C68
Chr5:48008432 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 C24,C3,D6,D7
Chr5:48009862 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057766678.1
335 aa
N
1
168
335
HTH_AT3G52170
C
PF25896 HTH_AT3G52170 75-124 aa
XP_057766679.1
335 aa
N
1
168
335
HTH_AT3G52170
C
PF25896 HTH_AT3G52170 75-124 aa
XP_057766680.1
327 aa
N
1
164
327
HTH_AT3G52170
C
PF25896 HTH_AT3G52170 67-116 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057766678.1 Pfam PF25896 HTH_AT3G52170 Domain 75 124 4.9e-24 84.3 Helix-turn-helix domain in AT3G52170-like protein
XP_057766679.1 Pfam PF25896 HTH_AT3G52170 Domain 75 124 4.9e-24 84.3 Helix-turn-helix domain in AT3G52170-like protein
XP_057766680.1 Pfam PF25896 HTH_AT3G52170 Domain 67 116 4.7e-24 84.3 Helix-turn-helix domain in AT3G52170-like protein

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA
XM_057910696.1
GGATTAAGTTGGTGACACCCTAATCGAATTCACCTTGTTCGTCCATATTCGAACGCATCAAATTAAACCCCGCCTTAAACCCTGGCCGCACTCTCTCCTACATCTCCTTTTCCGTTAATGGCAGACCTCTACAGATGAAGACGAAATGAGACTGATTCGTAGTGTTTGTCGATCTGCTAATGTCGGCTTCTCTCTTCGGTTTCAATGGCGTCAAGATACCACAATTTCAAGTGCTTCTCTGCATTCGGAGTTAACTGATG...
XM_057910697.1
AAGTTGGTGACACCCTAATCGAATTCACCTTGTTCGTCCATATTCGAACGCATCAAATTAAACCCCGCCTTAAACCCTGGCCGCACTCTCTCCTACATCTCCTTTTCCGTTAATGGCAGACCTCTACAGATGAAGACGAAATGAGACTGATTCGTAGTGTTTGTCGATCTGCTAATGTCGGCTTCTCTCTTCGGTTTCAATGGCGTCAAGATACCACAATTTCAAGTGCTTCTCTGCATTCGGGGCATGGGTCAAGGATA...

CDS

3 records

下载 CDS FASTA
LOC130987087
ATGAGACTGATTCGTAGTGTTTGTCGATCTGCTAATGTCGGCTTCTCTCTTCGGTTTCAATGGCGTCAAGATACCACAATTTCAAGTGCTTCTCTGCATTCGGGGCATGGGTCAAGGATACTGAGATGTGATCGATTATATGCTTCTGCTTCTTCTGCAACTAGTGTGCTGGAAGACAGAAAATCCCGCAAAAGACCCTCAAAGAATGACCGCAGAGCTATGGTGGAAACCTTTGTTAACGAGTACAGAATAACAAACGA...
LOC130987087
ATGAGACTGATTCGTAGTGTTTGTCGATCTGCTAATGTCGGCTTCTCTCTTCGGTTTCAATGGCGTCAAGATACCACAATTTCAAGTGCTTCTCTGCATTCGGAGTTAACTGATGCTTCCAATCTAGGGCATGGGTCAAGGATACTGAGATGTGATCGATTATATGCTTCTGCTTCTTCTGCAACTAGTGTGCTGGAAGACAGAAAATCCCGCAAAAGACCCTCAAAGAATGACCGCAGAGCTATGGTGGAAACCTTTGT...

Protein

3 records

下载 Protein FASTA
XP_057766678.1
MRLIRSVCRSANVGFSLRFQWRQDTTISSASLHSELTDASNLGHGSRILRCDRLYASASSATSVLEDRKSRKRPSKNDRRAMVETFVNEYRITNDGKFPTLSHTIKEVGGGYYYVRQIVQEMLYNSKQSSDSKYVSMGKSATKKNEMAYNSRNAIDFKDINLEKSMTENNEILCNSKERPMDTKDTSLEKSATKEDKIFTKFEEVPQAKEELGEDTRPILEYVENSSSMTFQSKQDQFVSVEIDEPKDVGAQFHHLIDKP...
XP_057766679.1
MRLIRSVCRSANVGFSLRFQWRQDTTISSASLHSELTDASNLGHGSRILRCDRLYASASSATSVLEDRKSRKRPSKNDRRAMVETFVNEYRITNDGKFPTLSHTIKEVGGGYYYVRQIVQEMLYNSKQSSDSKYVSMGKSATKKNEMAYNSRNAIDFKDINLEKSMTENNEILCNSKERPMDTKDTSLEKSATKEDKIFTKFEEVPQAKEELGEDTRPILEYVENSSSMTFQSKQDQFVSVEIDEPKDVGAQFHHLIDKP...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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