Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr05G003612`

染色体: Chr05 坐标: 48199572-48200633 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr05G003612`
名称	SmilChr05G003612
描述	uncharacterized SmilChr05G003612
染色体 / SeqID	Chr05 / NC_080391.1
坐标与链方向	48199572 - 48200633 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130987102`
GeneID	`130987102`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130987102`
原始查询	`LOC130987102`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog
描述	confidence=no_hit
产物	confidence=no_hit
Arabidopsis	`-` -
Rice	`-` -
GO	GO:0008270 (zinc ion binding)
KEGG	-
Pfam	-
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130987102

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	0.80000	`XP_057766703.1`
2	Endoplasmic reticulum	内质网	0.80000	`XP_057766703.1`
3	Endoplasmic reticulum membrane	内质网膜	0.40000	`XP_057766703.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057766703.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057766703.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr5:48199778`	`A`	`AT`	1bp_insertion	frameshift_variant	27	A1,A21,A3,A6,B101,B108,B111,B122,B133,B134,B14,B35,B6,B65,B68,B78,B86,B95,B97,C28,C37,C42,C44,C58,C63,C8,D6
`Chr5:48199790`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B107,C43,C68
`Chr5:48199809`	`A`	`ATC`	2bp_insertion	frameshift_variant	5	B118,B125,B131,C15,C45
`Chr5:48199809`	`A`	`ATC`	2bp_insertion	CDS_variant	5	B118,B125,B131,C15,C45
`Chr5:48199813`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	31	A1,A10,A2,A5,A7,B10,B108,B122,B124,B17,B18,B2,B21,B59,B78,B84,B89,B94,C12,C18,C23,C29,C35,C4,C45,C52,C67,C72,D11,D2,D8
`Chr5:48199826`	`C`	`CG`	1bp_insertion	frameshift_variant	4	B23,B44,B47,C20
`Chr5:48199826`	`C`	`CG`	1bp_insertion	CDS_variant	4	B23,B44,B47,C20
`Chr5:48199848`	`TCC`	`T`	2bp_deletion	frameshift_variant	5	B125,B130,B131,B29,D8
`Chr5:48199848`	`TCC`	`T`	2bp_deletion	CDS_variant	5	B125,B130,B131,B29,D8
`Chr5:48199915`	`CA`	`C`	1bp_deletion	frameshift_variant	7	B100,B111,B117,B120,B133,B62,C85
`Chr5:48199942`	`GCA`	`G`	2bp_deletion	frameshift_variant	1	B93
`Chr5:48199942`	`GCA`	`G`	2bp_deletion	CDS_variant	1	B93

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中，此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057910720.1
TAGGGTAAAGGTCACTTTCTGTCCCATCGTTTCAACGAATTCTCAAAAATGTCCCACCCTAACCATAATATCAAAACGGTACCCAACCTATCACAATTTTATCACGCGTGTCCCGTAAAAATTTTCCGGGAATCGGAAACTTACGTGGATTGCCGGACTTACACCATGGCAATTCCACGTGGACTCATTTAATCTAGGTGGAATGAATTTTTTTTGCAGCCATTTTATTAACCCTAAAACGCAGCACACTTCGTCTTCTT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130987102
ATGAATTTTTTTTGCAGCCATTTTATTAACCCTAAAACGCAGCACACTTCGTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTCCTCTTCAAAGAACACAGCACTCTTCTTCAAATCGCAGCCCTAGTTTCAGACGCTGCACTCTTCTTCAAATCGCAGCCCTAGTTTCAGACGCTGCACTCTTCTTCTCCTCTTTCTTATATCTTATTGAATTTTCAATTTCTCGAGCAAAATCTCTCAACCTAGATCATAGAATGGAGAACTCTTA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057766703.1
MNFFCSHFINPKTQHTSSSSSSSSSPLQRTQHSSSNRSPSFRRCTLLQIAALVSDAALFFSSFLYLIEFSISRAKSLNLDHRMENSYSEESVNSFERKHCRHGECNLLRSFSTANPGRRFWRCRFGNLPGDCKYFVWYDEPFDGRAKAALLHCIRKSNVLVEKEQKVAAEKFQELKDDLEFKMHKYRVENRSLKETKCRLHSLCCVLIVTYVFMMLWILGGRVEFVSNTRRRLPM

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器