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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G003643

染色体: Chr05 坐标: 48838126-48842766 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G003643
名称SmilChr05G003643
描述uncharacterized SmilChr05G003643
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向48838126 - 48842766 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130987128
GeneID130987128
locus_tag-
NCBI NameLOC130987128
原始查询LOC130987128

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述GINS complex protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:838490]; symbol=TTN10; hit=AT1G19080; species=arabidopsis; confidence=high
产物GINS complex protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:838490]; symbol=TTN10; hit=AT1G19080; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT1G19080 (TTN10)
GINS complex protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:838490]
identity=55.6; qcov=0.993; evalue=4.77e-56; confidence=high
RiceOs08g0274700 (PSF3)
-
identity=54.9; qcov=1.01; evalue=3.1e-55; confidence=high
GOGO:0000811 (GINS complex); GO:1902975 (mitotic DNA replication initiation)
KEGG-
PfamPF05916 (Sld5); PF22466 (PSF3_N)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130987128

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057766725.1
2 Chromosome 染色体 1.00000 XP_057766725.1
3 Cytoplasm 细胞质 0.20000 XP_057766731.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057766725.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057766725.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:48838604 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B37,C38
Chr5:48838966 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B75,C86
Chr5:48838996 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B93
Chr5:48839012 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B37,C38
Chr5:48839053 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B104,B33,D11
Chr5:48839699 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 C14,C18,C29,C72,D2
Chr5:48840193 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B100,C12
Chr5:48840205 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B100
Chr5:48840335 GC G 1bp_deletion frameshift_variant 1 B115
Chr5:48840335 GC G 1bp_deletion CDS_variant 1 B115

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057766725.1
187 aa
N
1
94
187
PSF3_N
Sld5
C
PF22466 PSF3_N 5-57 aa PF05916 Sld5 75-167 aa
XP_057766726.1
187 aa
N
1
94
187
PSF3_N
Sld5
C
PF22466 PSF3_N 5-57 aa PF05916 Sld5 75-167 aa
XP_057766727.1
187 aa
N
1
94
187
PSF3_N
Sld5
C
PF22466 PSF3_N 5-57 aa PF05916 Sld5 75-167 aa
XP_057766728.1
187 aa
N
1
94
187
PSF3_N
Sld5
C
PF22466 PSF3_N 5-57 aa PF05916 Sld5 75-167 aa
XP_057766729.1
161 aa
N
1
80
161
PSF3_N
Sld5
C
PF22466 PSF3_N 5-57 aa PF05916 Sld5 75-158 aa
XP_057766730.1
161 aa
N
1
80
161
PSF3_N
Sld5
C
PF22466 PSF3_N 5-57 aa PF05916 Sld5 75-158 aa
XP_057766731.1
154 aa
N
1
77
154
PSF3_N
C
PF22466 PSF3_N 5-57 aa
XP_057766732.1
154 aa
N
1
77
154
PSF3_N
C
PF22466 PSF3_N 5-57 aa
XP_057766733.1
152 aa
N
1
76
152
PSF3_N
Sld5
C
PF22466 PSF3_N 5-57 aa PF05916 Sld5 75-151 aa
XP_057766734.1
152 aa
N
1
76
152
PSF3_N
Sld5
C
PF22466 PSF3_N 5-57 aa PF05916 Sld5 75-151 aa
XP_057766735.1
152 aa
N
1
76
152
PSF3_N
Sld5
C
PF22466 PSF3_N 5-57 aa PF05916 Sld5 75-151 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057766725.1 Pfam PF22466 PSF3_N Domain 5 57 1.9e-12 47.6 PSF3 N-terminal domain
XP_057766725.1 Pfam PF05916 Sld5 Domain 75 167 8.3e-11 42.7 GINS complex protein helical bundle domain
XP_057766726.1 Pfam PF22466 PSF3_N Domain 5 57 1.9e-12 47.6 PSF3 N-terminal domain
XP_057766726.1 Pfam PF05916 Sld5 Domain 75 167 8.3e-11 42.7 GINS complex protein helical bundle domain
XP_057766727.1 Pfam PF22466 PSF3_N Domain 5 57 1.9e-12 47.6 PSF3 N-terminal domain
XP_057766727.1 Pfam PF05916 Sld5 Domain 75 167 8.3e-11 42.7 GINS complex protein helical bundle domain
XP_057766728.1 Pfam PF22466 PSF3_N Domain 5 57 1.9e-12 47.6 PSF3 N-terminal domain
XP_057766728.1 Pfam PF05916 Sld5 Domain 75 167 8.3e-11 42.7 GINS complex protein helical bundle domain
XP_057766729.1 Pfam PF22466 PSF3_N Domain 5 57 1.3e-12 48.1 PSF3 N-terminal domain
XP_057766729.1 Pfam PF05916 Sld5 Domain 75 158 2.4e-07 31.6 GINS complex protein helical bundle domain
XP_057766730.1 Pfam PF22466 PSF3_N Domain 5 57 1.3e-12 48.1 PSF3 N-terminal domain
XP_057766730.1 Pfam PF05916 Sld5 Domain 75 158 2.4e-07 31.6 GINS complex protein helical bundle domain
XP_057766731.1 Pfam PF22466 PSF3_N Domain 5 57 1.4e-12 48.0 PSF3 N-terminal domain
XP_057766732.1 Pfam PF22466 PSF3_N Domain 5 57 1.4e-12 48.0 PSF3 N-terminal domain
XP_057766733.1 Pfam PF22466 PSF3_N Domain 5 57 1.3e-12 48.1 PSF3 N-terminal domain
XP_057766733.1 Pfam PF05916 Sld5 Domain 75 151 4.4e-06 27.6 GINS complex protein helical bundle domain
XP_057766734.1 Pfam PF22466 PSF3_N Domain 5 57 1.3e-12 48.1 PSF3 N-terminal domain
XP_057766734.1 Pfam PF05916 Sld5 Domain 75 151 4.4e-06 27.6 GINS complex protein helical bundle domain
XP_057766735.1 Pfam PF22466 PSF3_N Domain 5 57 1.3e-12 48.1 PSF3 N-terminal domain
XP_057766735.1 Pfam PF05916 Sld5 Domain 75 151 4.4e-06 27.6 GINS complex protein helical bundle domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

11 records

下载 cDNA FASTA
XM_057910742.1
AAATATGATACATTATTAATCTTACTTTATGTATGATACATATAGCTTTGTTGGGATAAGCTAAGATATGTATCCCACATAAAGTAAGATTAATACTCTGAATTGAAGTTTGAATACAGTACACGCCACTTCGCCCCCTTTTTCGTTGTGCCACCGCCGTCGGAGAGTCCGTCCGCTACCACCGCCTGTTGCCCAGCCTCCACTCGCGCCACCACGGTGACGCCCTTGGGCCTCTCAGTCTCTTCATCAGCCGCCGCCTG...
XM_057910750.1
TGATACATTATTAATCTTACTTTATGTATGATACATATAGCTTTGTTGGGATAAGCTAAGATATGTATCCCACATAAAGTAAGATTAATACTCTGAATTGAAGTTTGAATACAGTACACGCCACTTCGCCCCCTTTTTCGTTGTGCCACCGCCGTCGGAGAGTCCGTCCGCTACCACCGCCTGTTGCCCAGCCTCCACTCGCGCCACCACGGTGACGCCCTTGGGCCTCTCAGTCTCTTCATCAGCCGCCGCCTGGAACA...

CDS

11 records

下载 CDS FASTA
LOC130987128
ATGTCTAATTATTATGACATCGATGATATATTAGCTGAGGAAGAGCTTGTCCCAACCGTATTCCAACATGCTGCCAATGGTGTTGGGCTCTTTGATTCAAGCGACGATGCAGATAAGGTGGAAGCTGGTTCGAGAGCCGAGCTGCCATTCTGGCTGGTTCGTGAATTGTATTTGAGACAGCTTATATCTATAAGGGTTCCTCCGTGTTTTGATAGAGAAATCGGTGACAGAACCATTGGCCCATTCCTTCTTGTGGCATT...
LOC130987128
ATGTCTAATTATTATGACATCGATGATATATTAGCTGAGGAAGAGCTTGTCCCAACCGTATTCCAACATGCTGCCAATGGTGTTGGGCTCTTTGATTCAAGCGACGATGCAGATAAGGTGGAAGCTGGTTCGAGAGCCGAGCTGCCATTCTGGCTGGTTCGTGAATTGTATTTGAGACAGCTTATATCTATAAGGGTTCCTCCGTGTTTTGATAGAGAAATCGGTGACAGAACCATTGGCCCATTCCTTCTTGTGGCATT...

Protein

11 records

下载 Protein FASTA
XP_057766725.1
MSNYYDIDDILAEEELVPTVFQHAANGVGLFDSSDDADKVEAGSRAELPFWLVRELYLRQLISIRVPPCFDRESKTREEIAADAAHVDLRSRSPYFYELGCKIALLIGDRTIGPFLLVAFRTRYRDVLVKAHTLTLTMTPKYLTLLTNEETKLYEAGQSSIAAFKKWQMGGPRFQVASVLGRKRKPT
XP_057766726.1
MSNYYDIDDILAEEELVPTVFQHAANGVGLFDSSDDADKVEAGSRAELPFWLVRELYLRQLISIRVPPCFDRESKTREEIAADAAHVDLRSRSPYFYELGCKIALLIGDRTIGPFLLVAFRTRYRDVLVKAHTLTLTMTPKYLTLLTNEETKLYEAGQSSIAAFKKWQMGGPRFQVASVLGRKRKPT

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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