Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr05G003659`

染色体: Chr05 坐标: 49303007-49309364 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr05G003659`
名称	SmilChr05G003659
描述	F-box protein SKIP31
染色体 / SeqID	Chr05 / NC_080391.1
坐标与链方向	49303007 - 49309364 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130987143`
GeneID	`130987143`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130987143`
原始查询	`LOC130987143`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	F-box protein SKIP31
产物	F-box protein SKIP31
Arabidopsis	`AT5G45360` (AT5G45360) F-box family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834572] identity=50; qcov=1; evalue=6.25e-117; confidence=high
Rice	`Os06g0709100` (OsFbox327) - identity=64.7; qcov=0.721; evalue=9.82e-129; confidence=high
GO	GO:0005515 (protein binding)
KEGG	-
Pfam	PF00646 (F-box); PF03048 (Herpes_UL92); PF12937 (F-box-like)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130987143

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057766753.1`
2	Nucleoplasm	核质	1.00000	`XP_057766753.1`
3	Cytoplasm	细胞质	0.60000	`XP_057766753.1`
4	Nuclear body	核内小体	0.40000	`XP_057766753.1`
5	Cytosol	细胞质基质	0.40000	`XP_057766753.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr5:49305257`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C60
`Chr5:49307427`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B118,B55,C25
`Chr5:49307463`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B80
`Chr5:49307693`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B28,B44,B75,C24,C3
`Chr5:49307863`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A2,B28,B70,B82,C78
`Chr5:49307893`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B28,B44,B75,C24,C3

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057766753.1

373 aa

186

373

F-box

F-box-like

Herpes_UL92

PF00646 F-box 128-169 aa PF12937 F-box-like 128-173 aa PF03048 Herpes_UL92 272-339 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057766753.1`	Pfam	`PF00646`	F-box	Domain	128	169	3.7e-09	36.8	F-box domain
`XP_057766753.1`	Pfam	`PF12937`	F-box-like	Domain	128	173	9.6e-16	58.0	F-box-like
`XP_057766753.1`	Pfam	`PF03048`	Herpes_UL92	Family	272	339	3.2e-06	27.8	UL92 family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057910770.1
CTCTTATAATTCACTCTTATAATAAATTAAGAGAGACAAATTGCACCAAATTAAGAGCAACACGCTTTAAGGGAAAGTCGTGTAGATTGAATAATACTCTTTAAGGGAGAGTCGTGTAAATATAATTGCTCTAACCGGATGCGACATACCCCGGATCACCCGACCCGTTATCACTCTGAAACATAACCGCATAACCCGACCCGATTAAACATTCACGCAACCCATCCCCGAATTTCGCATCCCTCTCCTCTTTCTCTCTC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130987143
ATGGCTTCCGATGACGAAGATGCGAGTCTCGTTCATTTCCTCGAATCCGAAGTCCTCTTTGGGCTCTCCGATGCGGAAGAGGAAGAAAGAGATGGGAAGAGATCGCGTGCTGAGGAGGGGCAACTAAGTGAACAGGAAGAGAAGGAGCAGCAGGAAGCCAAGAAAACAAGATTTGATGAGGGTGAAATTAGTGATGAGGAACTTTCAAGGGCTTTACAATCATCTTCCTCGTCATTGCTGTCATCTCTTGATCTGGAAAC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057766753.1
MASDDEDASLVHFLESEVLFGLSDAEEEERDGKRSRAEEGQLSEQEEKEQQEAKKTRFDEGEISDEELSRALQSSSSSLLSSLDLETEVETTSSPPKRSETVIADNCSHGRHVTESKPAPKRIETGIFSHIPPELLYHILKFLSSEDLVSCSLVCRFMNFAASDESLWRRLYCMRWGLLPPKKPRECAWKNLYIKRDEEDMAEFVRNCSTEFKEYYIQMQVAKRSQAPNRSQVNDDRIILDKTLADQVSTWKSSRGLTET...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器