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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G003660

染色体: Chr05 坐标: 49314170-49327579 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G003660
名称SmilChr05G003660
描述nudix hydrolase 3
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向49314170 - 49327579 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130987144
GeneID130987144
locus_tag-
NCBI NameLOC130987144
原始查询LOC130987144

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述nudix hydrolase 3
产物nudix hydrolase 3
ArabidopsisAT1G79690 (NUDT3)
nudix hydrolase homolog 3 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:844308]
identity=70.2; qcov=0.982; evalue=0; confidence=high
RiceOs02g0793300
-
identity=66.3; qcov=0.988; evalue=0; confidence=high
GOGO:0005737 (cytoplasm); GO:0008239 (dipeptidyl-peptidase activity)
KEGG-
PfamPF00293 (NUDIX); PF03571 (Peptidase_M49); PF30221 (DUF8614)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130987144

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057766754.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057766754.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057766754.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057766754.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057766754.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:49315285 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B37,C38
Chr5:49315328 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B28,B44,B75,C24,C3
Chr5:49315722 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A21,B13,B52
Chr5:49315737 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B104,B33,C35,C5,C77
Chr5:49317176 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B64
Chr5:49318369 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B93
Chr5:49318839 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B4,B64,C48
Chr5:49318863 A ATT 2bp_insertion frameshift_variant 1 B122
Chr5:49318863 A ATT 2bp_insertion CDS_variant 1 B122
Chr5:49319639 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A2,B10,B51,B58,C76
Chr5:49320229 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A21,B13,B52
Chr5:49321421 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B108

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057766754.1
779 aa
N
1
390
779
NUDIX
Peptidase_M49
DUF8614
C
PF00293 NUDIX 40-172 aa PF03571 Peptidase_M49 398-604 aa PF30221 DUF8614 446-755 aa
XP_057766755.1
687 aa
N
1
344
687
NUDIX
Peptidase_M49
C
PF00293 NUDIX 40-172 aa PF03571 Peptidase_M49 398-604 aa
XP_057766756.1
682 aa
N
1
341
682
Peptidase_M49
DUF8614
C
PF03571 Peptidase_M49 301-507 aa PF30221 DUF8614 349-658 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057766754.1 Pfam PF00293 NUDIX Domain 40 172 8.5e-16 58.9 NUDIX domain
XP_057766754.1 Pfam PF03571 Peptidase_M49 Family 398 604 1.5e-08 34.2 Peptidase family M49
XP_057766754.1 Pfam PF30221 DUF8614 Domain 446 755 7.1e-14 52.3 Domain of unknown function (DUF8614)
XP_057766755.1 Pfam PF00293 NUDIX Domain 40 172 6.9e-16 59.2 NUDIX domain
XP_057766755.1 Pfam PF03571 Peptidase_M49 Family 398 604 1e-08 34.8 Peptidase family M49
XP_057766756.1 Pfam PF03571 Peptidase_M49 Family 301 507 9.8e-09 34.9 Peptidase family M49
XP_057766756.1 Pfam PF30221 DUF8614 Domain 349 658 5.2e-14 52.7 Domain of unknown function (DUF8614)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA
XM_057910771.1
GAATCTTGGGTGATGAGGTGTATATTTTCCTAGTAAGTTTCCTTGGCCACATTTTACAAATTCTTTGAGGTTCATTGTTAAGAATCCTAATCCAATCACCACGCGTCTTCCAATTCAAAAATTTCCACAGAAAATGAATAAAATATTCTCATAAACAATTGTTTCTGCAGATAAAGTCCCTTTTCTGCCGGGAGAAATGAATGCAGTAATTTAATCCCAAGTTGAGCCATTTTGTCAATTATTCCCATAATTCAAAAGGA...
XM_057910773.1
TTTATGCTAGAACATGACCTTATTCTGCTGCTTTTGTGGTTGTTGCTAAGGTTGATATATTTATGATACACCTGAAATTATCATTCTGAACGTGACTGCAAATGCCCTATAAAGCGAGAGATGAGTTGGTCCGAGTCTCATAATTCCTTTATATGGGTGTTCACGAAACAATTCCCCACGGTCACAAATGAAGGGAAATTCATTAACAATGAATACTGTGATGTCTATCTTGTGACAACAATAGACCCAATTCCACTGGA...

CDS

3 records

下载 CDS FASTA
LOC130987144
ATGTCTACTCATTTGAGTGAGCAGGTTGTCCAAGTAGAGTATCTTGATGTCCTCACCAAGACTGGAGAGAAAACTGGCGTTTCAAAACCCAGGGGTGATGTCCACAGAGATGGTGACTATCATCGAGCTGTACATGTGTGGATATTTGCTGAGAGTACGCAAGAACTCCTTATTCAACTTCGTGCTGAATGCAAAGATTCCTGGCCTGGCCATTGGGACATCTCTAGTGCAGGTCATATCTCCGCAGGAGATTCATCTCT...
LOC130987144
ATGAGTTGGTCCGAGTCTCATAATTCCTTTATATGGGTGTTCACGAAACAATTCCCCACGGTCACAAATGAAGGGAAATTCATTAACAATGAATACTGTGATGTCTATCTTGTGACAACAATAGACCCAATTCCACTGGACGCCTTTACCCTTCAGGAATCTGAGGTTTCAGCAGTTAAATATGTACATTTTGAGGAGTATAGAAGCTTGCTAGCGAAGAAAGATCCTCAATATGTGCCTTATGATGTCAATGATCAATA...

Protein

3 records

下载 Protein FASTA
XP_057766754.1
MSTHLSEQVVQVEYLDVLTKTGEKTGVSKPRGDVHRDGDYHRAVHVWIFAESTQELLIQLRAECKDSWPGHWDISSAGHISAGDSSLVTARREVQEELGIILPKDAFEQLYVLLEEWVTNEGKFINNEYCDVYLVTTIDPIPLDAFTLQESEVSAVKYVHFEEYRSLLAKKDPQYVPYDVNDQYCKLFEILSKRYKQNAETRAMILQKQLNRYARVSLGAELTGLSSEDKEVLALLVKAAKIMDHIFFIQVWFSNPSLRD...
XP_057766755.1
MSTHLSEQVVQVEYLDVLTKTGEKTGVSKPRGDVHRDGDYHRAVHVWIFAESTQELLIQLRAECKDSWPGHWDISSAGHISAGDSSLVTARREVQEELGIILPKDAFEQLYVLLEEWVTNEGKFINNEYCDVYLVTTIDPIPLDAFTLQESEVSAVKYVHFEEYRSLLAKKDPQYVPYDVNDQYCKLFEILSKRYKQNAETRAMILQKQLNRYARVSLGAELTGLSSEDKEVLALLVKAAKIMDHIFFIQVWFSNPSLRD...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

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