Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr05G003662`

染色体: Chr05 坐标: 49407255-49410799 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr05G003662`
名称	SmilChr05G003662
描述	ABC transporter G family member 14-like
染色体 / SeqID	Chr05 / NC_080391.1
坐标与链方向	49407255 - 49410799 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130987146`
GeneID	`130987146`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130987146`
原始查询	`LOC130987146`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	ABC transporter G family member 14-like
产物	ABC transporter G family member 14-like
Arabidopsis	`AT1G31770` (ABCG14) ATP-binding cassette 14 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:840064] identity=72.8; qcov=0.998; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os08g0167000` (OsABCG18) - identity=57.3; qcov=1.01; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0005524 (ATP binding); GO:0016020 (membrane); GO:0016887 (ATP hydrolysis activity); GO:0140359 (ABC-type transporter activity)
KEGG	smil02010 (ABC transporters - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil04981 (Folate transport and metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF00005 (ABC_tran); PF01061 (ABC2_membrane); PF12698 (ABC2_membrane_3); PF19055 (ABC2_membrane_7)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130987146

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cell membrane	细胞膜	1.00000	`XP_057766758.1`
2	Vacuole	液泡	0.80000	`XP_057766758.1`
3	Vacuole membrane	液泡膜	0.60000	`XP_057766758.1`
4	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057766758.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057766758.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr5:49407764`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B106,B46,C68
`Chr5:49408500`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B41
`Chr5:49408501`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B28,B70,C78
`Chr5:49409889`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C51

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057766758.1

653 aa

326

653

ABC_tran

ABC2_membrane_7

ABC2_membrane

ABC2_membrane_3

PF00005 ABC_tran 83-233 aa PF19055 ABC2_membrane_7 262-321 aa PF19055 ABC2_membrane_7 324-649 aa PF01061 ABC2_membrane 391-595 aa PF12698 ABC2_membrane_3 443-647 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057766758.1`	Pfam	`PF00005`	ABC_tran	Domain	83	233	2.5e-27	96.9	ABC transporter
`XP_057766758.1`	Pfam	`PF19055`	ABC2_membrane_7	Family	262	321	5.1e-17	62.6	ABC-2 type transporter
`XP_057766758.1`	Pfam	`PF19055`	ABC2_membrane_7	Family	324	649	5.1e-17	62.6	ABC-2 type transporter
`XP_057766758.1`	Pfam	`PF01061`	ABC2_membrane	Domain	391	595	2.8e-44	151.9	ABC-2 type transporter
`XP_057766758.1`	Pfam	`PF12698`	ABC2_membrane_3	Family	443	647	3.4e-12	46.9	ABC-2 family transporter protein

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057910775.1
AAGATTTATTTTCCAAGCAGAACAGTTCGTATCAAATACAATACAAAAAAGGTGTTATATGAAGCAAGCATGAGATGACCATAAAGAGAGGAATGTGATGGAAAATTGATAAAAGAAGAGGTACATTGGAGGAGATGAGTATAAATAAGTGATCAAGACTAGCATAAGAGTTTTTACAACAAAAAAAGGTGGAATCCACCAGAGAGGCCCAGTTTACATCGCGGGCACTTTAGCACATAGAGATCCTCGTTTCTAAGTGT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130987146
ATGCCCCTCTCTTCTGTGGCTCCAAAACCAGAAAATGATTGCCCAGAATTGGCCACAGGTCCACCAACTACGATGGAAGCCTGTACCACAGCTTATCTGGCATACTCCATGCAGAAGAGCTCACACTCCTTCTTACAACGGACTTTATACCCCATAACTATAAAGTTTGAAGAAGTTGTTTATAAAGTAAACTATGAAAGGAAAGGAAGTTGTGGAGGAACATCAACAATTAAAGAGAAAACAATACTCAACGGAGTAAC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057766758.1
MPLSSVAPKPENDCPELATGPPTTMEACTTAYLAYSMQKSSHSFLQRTLYPITIKFEEVVYKVNYERKGSCGGTSTIKEKTILNGVTGMVNPGELLAMLGPSGSGKTTLLTALGGRLSGSLSGKITYNSQPLSGSIKRRTGFVAQDDVLYPHLNVFETLLFTALLRLPKSLTREEKVEHVEHVIAELGLTKCQNSMIGGPLFRGISGGEKKRVSIGQEMLINPSLLLLDEPTSGLDSTAAHRIIKTLKALASGGRTVITT...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器