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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G003673

染色体: Chr05 坐标: 49720202-49727911 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G003673
名称SmilChr05G003673
描述abscisic acid 8'-hydroxylase CYP707A2-like
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向49720202 - 49727911 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130987154
GeneID130987154
locus_tag-
NCBI NameLOC130987154
原始查询LOC130987154

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述abscisic acid 8'-hydroxylase CYP707A2-like
产物abscisic acid 8'-hydroxylase CYP707A2-like
ArabidopsisAT5G45340 (CYP707A3)
cytochrome P450, family 707, subfamily A, polypeptide 3 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834570]
identity=70.7; qcov=1.01; evalue=0; confidence=high
RiceOs02g0703600 (OsABA8OX1)
-
identity=66; qcov=0.945; evalue=0; confidence=high
GOGO:0005506 (iron ion binding); GO:0009687 (abscisic acid metabolic process); GO:0016125 (sterol metabolic process); GO:0016709 (oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen, NAD(P)H as one donor, and incorporation of one atom of oxygen); GO:0020037 (heme binding)
KEGGsmil00906 (Carotenoid biosynthesis - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01110 (Biosynthesis of secondary metabolites - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF00067 (p450)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130987154

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Endoplasmic reticulum 内质网 1.00000 XP_057766778.1
2 Endoplasmic reticulum membrane 内质网膜 1.00000 XP_057766778.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057766778.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057766778.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057766778.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:49720493 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B45
Chr5:49720599 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C5,C77
Chr5:49726183 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C38
Chr5:49726225 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B122
Chr5:49726303 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A20,B87,B99,C87,D9
Chr5:49726320 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C24
Chr5:49726519 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C54
Chr5:49726712 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B4,B64
Chr5:49726718 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D6

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057766778.1
457 aa
N
1
228
457
p450
C
PF00067 p450 33-432 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057766778.1 Pfam PF00067 p450 Domain 33 432 3e-66 224.8 Cytochrome P450

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057910795.1
CATTTTCTCTTGGGCAACAAACATCTCAATATCATTTGCTCTCTCTCCATCAATCCAAAAGCACCACCAAACACACTATTTAGCTAGTGCTTCAAATACTTGAAGAATCATGGAGTTCATATCCCTCTCTCTCTTGGCAGCAACCATAATCCTCTCCCTCTTTCTCCTCAAATTCCTCTACTCCCGCCATGCACGCCTCCCCCTCCCGCCGGGCACCATGGGCTGGCCCTACATCGGCGAAACCCTCCAACTCTACTCCC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130987154
ATGGAGTTCATATCCCTCTCTCTCTTGGCAGCAACCATAATCCTCTCCCTCTTTCTCCTCAAATTCCTCTACTCCCGCCATGCACGCCTCCCCCTCCCGCCGGGCACCATGGGCTGGCCCTACATCGGCGAAACCCTCCAACTCTACTCCCAAAATCCCAGCATTTTCTTCGCCGCCAAAGTCAAGAAGTACGGGTCGATATTCAAAAGCCAGGTGCTGGGGTGTCGGTGCGTGATGATGTCGAGCGCAGAAGCGGCGAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057766778.1
MEFISLSLLAATIILSLFLLKFLYSRHARLPLPPGTMGWPYIGETLQLYSQNPSIFFAAKVKKYGSIFKSQVLGCRCVMMSSAEAAKMVLVSEAHLFKPTFPASKERMIGKAAIFFHGGDYHAKLRKLVLRSVMPNAIRTMVSDIESIALTSLRSWQDTQLITTFQEMKTYTFDVALLSILGKDEVSYREDLKRCYYILESGYNSMAFNVPGTLFYAAMKARRELAHILANILSLRRQTKAHHSDLLQSFMSHALTDDQI...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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