Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G002816`

染色体: Chr01 坐标: 46723555-46729059 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G002816`
名称	SmilChr01G002816
描述	protein Brevis radix-like 4
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	46723555 - 46729059 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130987175`
GeneID	`130987175`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130987175`
原始查询	`LOC130987175`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	protein Brevis radix-like 4
产物	protein Brevis radix-like 4
Arabidopsis	`AT5G20540` (BRXL4) BREVIS RADIX-like 4 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832176] identity=62; qcov=1.04; evalue=6.06e-154; confidence=high
Rice	`Os09g0444500` (OsBRXL5) - identity=55.3; qcov=1.13; evalue=2.42e-135; confidence=high
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF08381 (BRX); PF13713 (BRX_N)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130987175

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cell membrane	细胞膜	1.00000	`XP_057766813.1`
2	Cytosol	细胞质基质	0.40000	`XP_057766807.1`
3	Nucleus	细胞核	0.20000	`XP_057766807.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057766807.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057766807.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:46724251`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B84,B88,C50,C52,C76
`Chr1:46724263`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B33,B66
`Chr1:46724289`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B49
`Chr1:46724303`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B11,B64
`Chr1:46724416`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A14
`Chr1:46724602`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B21
`Chr1:46728287`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057766807.1

409 aa

204

409

BRX_N

BRX

PF13713 BRX_N 37-65 aa PF08381 BRX 148-202 aa PF08381 BRX 327-358 aa PF08381 BRX 383-408 aa

XP_057766813.1

383 aa

192

383

BRX_N

BRX

PF13713 BRX_N 37-65 aa PF08381 BRX 148-202 aa PF08381 BRX 327-382 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057766807.1`	Pfam	`PF13713`	BRX_N	Domain	37	65	6.6e-14	52.0	Transcription factor BRX N-terminal domain
`XP_057766807.1`	Pfam	`PF08381`	BRX	Domain	148	202	3.2e-50	168.0	Transcription factor regulating root and shoot growth via Pin3
`XP_057766807.1`	Pfam	`PF08381`	BRX	Domain	327	358	3.2e-50	168.0	Transcription factor regulating root and shoot growth via Pin3
`XP_057766807.1`	Pfam	`PF08381`	BRX	Domain	383	408	3.2e-50	168.0	Transcription factor regulating root and shoot growth via Pin3
`XP_057766813.1`	Pfam	`PF13713`	BRX_N	Domain	37	65	6e-14	52.2	Transcription factor BRX N-terminal domain
`XP_057766813.1`	Pfam	`PF08381`	BRX	Domain	148	202	9.5e-55	182.5	Transcription factor regulating root and shoot growth via Pin3
`XP_057766813.1`	Pfam	`PF08381`	BRX	Domain	327	382	9.5e-55	182.5	Transcription factor regulating root and shoot growth via Pin3

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA

XM_057910830.1
GAAATAGTAATAGTCCTGTTTAACTAATTTACACTAAAGAAGAAGTTTAAAAACGAGAATATGAGTTTGACTGATGCTGATGTAGTAGAAGTAGAGTAGTCTATATAAGAAAGAATGATGATGAATAGGATTCTGCGCGATGGCGCAAATTAAGGAACGCCATTAAAATTGCCTCATTACCATCCAACACTCTCTCACTCTCTCCACTTTCCCTCCCTTTTCTTCCACTTCGATCAAACATTCATACTTCTCCTTTTTGT...

XM_057910824.1
GTAATAGTCCTGTTTAACTAATTTACACTAAAGAAGAAGTTTAAAAACGAGAATATGAGTTTGACTGATGCTGATGTAGTAGAAGTAGAGTAGTCTATATAAGAAAGAATGATGATGAATAGGATTCTGCGCGATGGCGCAAATTAAGGAACGCCATTAAAATTGCCTCATTACCATCCAACACTCTCTCACTCTCTCCACTTTCCCTCCCTTTTCTTCCACTTCGATCAAACATTCATACTTCTCCTTTTTGTGGCTTT...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA

LOC130987175
ATGCTTACATGCATAGCACGTTCGAAGCAAGCGAGCGACGACTCGCCGTCGATTGATCACCGGAATCCGCCATCTGGAAAGCTCAATTCCGACTCCGGCGCCGTTCCTACGAAACATGCCATTAAATCCCTCTCTTCTCAGATCAAGGACATGGCGCTGAAGGCGTCGGGTGCGTACCGGCAGTGTGCGCCGTGCGCGAACCAGTCGGCGGCGCCGCATGGGACGACCGGGAGTGGAGGAGATCATCAGATGGACTTAGC...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA

XP_057766807.1
MLTCIARSKQASDDSPSIDHRNPPSGKLNSDSGAVPTKHAIKSLSSQIKDMALKASGAYRQCAPCANQSAAPHGTTGSGGDHQMDLAAAQEKFRWSYRRTGSSNSSSTAGRRELEARLKGISSGEGTPASASGRRIDPIVFVEESEPKEWVAQVEPGVLITFLSLPRGGNDLKRIRFSRDMFNKWQAQRWWAENSEKVLELYNVQRLNLQGCPLPTTPRSEDDTSSKMESVEDSPVTPPLGREPLPRAFHRPTGMMKGYS...

XP_057766813.1
MLTCIARSKQASDDSPSIDHRNPPSGKLNSDSGAVPTKHAIKSLSSQIKDMALKASGAYRQCAPCANQSAAPHGTTGSGGDHQMDLAAAQEKFRWSYRRTGSSNSSSTAGRRELEARLKGISSGEGTPASASGRRIDPIVFVEESEPKEWVAQVEPGVLITFLSLPRGGNDLKRIRFSRDMFNKWQAQRWWAENSEKVLELYNVQRLNLQGCPLPTTPRSEDDTSSKMESVEDSPVTPPLGREPLPRAFHRPTGMMKGYS...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器