Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr05G003706`

染色体: Chr05 坐标: 50136018-50141117 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr05G003706`
名称	SmilChr05G003706
描述	uncharacterized SmilChr05G003706
染色体 / SeqID	Chr05 / NC_080391.1
坐标与链方向	50136018 - 50141117 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130987178`
GeneID	`130987178`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130987178`
原始查询	`LOC130987178`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	putrescine-binding periplasmic protein-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:840031]; symbol=AT1G31410; hit=AT1G31410; species=arabidopsis; confidence=high
产物	putrescine-binding periplasmic protein-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:840031]; symbol=AT1G31410; hit=AT1G31410; species=arabidopsis; confidence=high
Arabidopsis	`AT1G31410` (AT1G31410) putrescine-binding periplasmic protein-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:840031] identity=57.3; qcov=0.88; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os04g0602200` - identity=58.2; qcov=0.679; evalue=1.55e-162; confidence=high
GO	GO:0015846 (polyamine transport); GO:0019808 (polyamine binding); GO:0042597 (periplasmic space)
KEGG	-
Pfam	PF01547 (SBP_bac_1); PF13343 (SBP_bac_6); PF13416 (SBP_bac_8); PF13531 (SBP_bac_11)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130987178

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Chloroplast	叶绿体	1.00000	`XP_057766808.1`
2	Chloroplast stroma	叶绿体基质	0.80000	`XP_057766808.1`
3	Chloroplast thylakoid	类囊体	0.40000	`XP_057766808.1`
4	Chloroplast membrane	叶绿体膜	0.20000	`XP_057766808.1`
5	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057766808.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr5:50136832`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A3
`Chr5:50136860`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C11,C69
`Chr5:50136902`	`TC`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	C76
`Chr5:50136902`	`TC`	`T`	1bp_deletion	CDS_variant	1	C76
`Chr5:50136905`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C76
`Chr5:50136923`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B12,B55
`Chr5:50137012`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B12,B55
`Chr5:50137521`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C24,C3
`Chr5:50138195`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B12,B55
`Chr5:50138770`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	C12,C28,C3,C35,C8
`Chr5:50138825`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B97
`Chr5:50139043`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B140

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057766808.1

532 aa

266

532

SBP_bac_8

SBP_bac_1

SBP_bac_11

SBP_bac_6

PF13416 SBP_bac_8 185-395 aa PF01547 SBP_bac_1 187-397 aa PF13531 SBP_bac_11 189-424 aa PF13343 SBP_bac_6 190-449 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057766808.1`	Pfam	`PF13416`	SBP_bac_8	Family	185	395	1.3e-19	71.8	Bacterial extracellular solute-binding protein
`XP_057766808.1`	Pfam	`PF01547`	SBP_bac_1	Family	187	397	5.8e-09	37.1	Bacterial extracellular solute-binding protein
`XP_057766808.1`	Pfam	`PF13531`	SBP_bac_11	Family	189	424	5.6e-06	27.0	Bacterial extracellular solute-binding protein
`XP_057766808.1`	Pfam	`PF13343`	SBP_bac_6	Family	190	449	2.1e-26	93.6	Bacterial extracellular solute-binding protein

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057910825.1
AACCATATTTCAAACTAAATAATTGTGTGTGTTATAAACTCAGTAATTCAATTATATTATATTATGGAAAAATGAATTAAATTATACTCCCTCCTATTTCACTACTTTTATGCTTATATAAGTATTCCACCAAATGCTGGTCTGGTGTGAGTGTTTCTCCCTCTCTCAAAATGCCGGTACTATCTTTGCCTTGTAATTGTAAACCCGGGCTCACACATCCCAACCCGAACCCGACCCGCCATAGGATCCGCTCTAATCGC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130987178
ATGCCGGTACTATCTTTGCCTTGTAATTGTAAACCCGGGCTCACACATCCCAACCCGAACCCGACCCGCCATAGGATCCGCTCTAATCGCTGTCGACCCACAAACCCCTCGATTAAACTCGCCGCAGCGTCGAGCAGCTCGCCGGCGGGGGAGTTTCTCCGGCAGCTCTCCGTTTCCTCTGTTTTCCTTGTTGGCGTGGGACTCAGTTGCTTTTGGGCCTTCCCTCACCCAGCTTCAGCCCGCATTTCTAATTCTCCCTC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057766808.1
MPVLSLPCNCKPGLTHPNPNPTRHRIRSNRCRPTNPSIKLAAASSSSPAGEFLRQLSVSSVFLVGVGLSCFWAFPHPASARISNSPSFSAQETLDTDNVGKHENLEDIEDKDMNAAFERWKSKSYALTVPLRIVALEGSLPPVWIKEFLRSQGKRVQFRPEFRRSVGDIFHELSNPFSKGKINPKSAVSADLVTLGDSWLNFAIGKGLIEPVKGTEDQDWFQDLSDKWKVYLRRSADGILDSQGTIWAVPYRWGSMVIAY...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器