Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G000197`

染色体: Chr01 坐标: 3383132-3384427 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G000197`
名称	SmilChr01G000197
描述	uncharacterized SmilChr01G000197
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	3383132 - 3384427 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130987201`
GeneID	`130987201`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130987201`
原始查询	`LOC130987201`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	confidence=no_hit
产物	confidence=no_hit
Arabidopsis	`-` -
Rice	`-` -
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF20167 (Retrotransp-rel)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130987201

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057767064.1`
2	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057767064.1`
3	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057767064.1`
4	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057767064.1`
5	Telomere	端粒	0.00000	`XP_057767064.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:3383290`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B2
`Chr1:3383297`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B72
`Chr1:3383390`	`AC`	`A`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	C9
`Chr1:3383390`	`AC`	`A`	1bp_deletion	CDS_variant	1	C9
`Chr1:3383404`	`CT`	`C`	1bp_deletion	frameshift_variant	6	B119,B55,B65,B72,B79,C48
`Chr1:3383424`	`TC`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	2	B52,D9
`Chr1:3383424`	`TC`	`T`	1bp_deletion	CDS_variant	2	B52,D9
`Chr1:3383442`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A14,B71
`Chr1:3383464`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B75
`Chr1:3383478`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A23,B14,B56,C73,C75
`Chr1:3383507`	`A`	`AC`	1bp_insertion	frameshift_variant	1	A21
`Chr1:3383507`	`A`	`AC`	1bp_insertion	CDS_variant	1	A21

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057767064.1

431 aa

216

431

Retrotransp-rel

PF20167 Retrotransp-rel 313-424 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057767064.1`	Pfam	`PF20167`	Retrotransp-rel	Domain	313	424	2.7e-14	54.2	Putative plant retrotransposon-related domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057911081.1
ATGGTAGAAACTTCCATCAATCCTGAGCCGATCTCCACTGTTCCTCCTCTTGAGAGTGTCCATTCAAAAATGGCGCCTGGTTCCTCTGTGAAAGTTGACGAAGATCTCACGAAGGGAAAAACTTCTCTACCAAACCTCACTGTTCATGCGACCTCGGAAAAATCCACAGGACATCCAGCTTTTGGTGTTACTCAACATCAAACTCATCTTCCCACTCCAAGCGAAGAGTCAATTTCGTCTTCAAAAGAGGAATCAGCGCA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130987201
ATGGTAGAAACTTCCATCAATCCTGAGCCGATCTCCACTGTTCCTCCTCTTGAGAGTGTCCATTCAAAAATGGCGCCTGGTTCCTCTGTGAAAGTTGACGAAGATCTCACGAAGGGAAAAACTTCTCTACCAAACCTCACTGTTCATGCGACCTCGGAAAAATCCACAGGACATCCAGCTTTTGGTGTTACTCAACATCAAACTCATCTTCCCACTCCAAGCGAAGAGTCAATTTCGTCTTCAAAAGAGGAATCAGCGCA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057767064.1
MVETSINPEPISTVPPLESVHSKMAPGSSVKVDEDLTKGKTSLPNLTVHATSEKSTGHPAFGVTQHQTHLPTPSEESISSSKEESAHAFQDTSLERIGEIAKEALLDLASQPGSDVDKASVVAEEDCAASDIPTSMDVDDPEKIPDVDQDVDPEESTDVIDVDTFVPDKKSRKRKARMASLRRSSRSKSTRVIPSTLNLPSREDSDVGPTSQPPVLKPKVEHSPTSKSGKVSSASHTTSPRISCSGSSSESEVEVSKSYS...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器