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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G002828`

染色体: Chr01 坐标: 46873713-46876509 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G002828`
名称	SmilChr01G002828
描述	uncharacterized SmilChr01G002828
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	46873713 - 46876509 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130987388`
GeneID	`130987388`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130987388`
原始查询	`LOC130987388`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	RNA polymerase III RPC4 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:830797]; symbol=AT5G09380; hit=AT5G09380; species=arabidopsis; confidence=high
产物	RNA polymerase III RPC4 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:830797]; symbol=AT5G09380; hit=AT5G09380; species=arabidopsis; confidence=high
Arabidopsis	`AT5G09380` (AT5G09380) RNA polymerase III RPC4 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:830797] identity=45.8; qcov=0.989; evalue=4.66e-67; confidence=high
Rice	`Os04g0394500` (OsRPC53) - identity=42.3; qcov=1.08; evalue=2.03e-64; confidence=medium
GO	GO:0003677 (DNA binding); GO:0005666 (RNA polymerase III complex); GO:0006383 (transcription by RNA polymerase III)
KEGG	smil03020 (RNA polymerase - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF05132 (RNA_pol_Rpc4)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130987388

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057766888.1`
2	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057766888.1`
3	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057766888.1`
4	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057766888.1`
5	Telomere	端粒	0.00000	`XP_057766888.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:46873970`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B4
`Chr1:46874012`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B13,B131,B140,D6
`Chr1:46874580`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B104
`Chr1:46874626`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A21
`Chr1:46874628`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	92	A10,A16,A18,A22,A6,B1,B100,B101,B103,B104,B109,B118,B123,B124,B126,B128,B13,B130,B131,B133,B135,B136,B14,B17,B20,B22,B23,B28,B29,B33,B35,B38,B39,B42,B44,B45,B46,B51,B53,B56,B58,B6,B60,B62,B65,B66,B71,B76,B77,B79,B84,B89,B9,B94,B98,C13,C15,C18,C19,C22,C24,C25,C28,C31,C35,C39,C4,C47,C5,C50,C54,C55,C59,C6,C61,C62,C7,C71,C78,C79,C8,C82,C83,C84,C85,C9,D1,D11,D2,D3,D7,D8
`Chr1:46874848`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B104
`Chr1:46875064`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D11
`Chr1:46875072`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A4,B110
`Chr1:46875099`	`G`	`GT`	1bp_insertion	frameshift_variant	6	B104,C13,C39,C8,C82,C83
`Chr1:46875806`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A11

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057766888.1

288 aa

144

288

RNA_pol_Rpc4

PF05132 RNA_pol_Rpc4 166-278 aa

XP_057766896.1

288 aa

144

288

RNA_pol_Rpc4

PF05132 RNA_pol_Rpc4 166-278 aa

XP_057766902.1

276 aa

138

276

RNA_pol_Rpc4

PF05132 RNA_pol_Rpc4 179-266 aa

XP_057766908.1

276 aa

138

276

RNA_pol_Rpc4

PF05132 RNA_pol_Rpc4 179-266 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057766888.1`	Pfam	`PF05132`	RNA_pol_Rpc4	Family	166	278	3.1e-27	96.3	RNA polymerase III RPC4
`XP_057766896.1`	Pfam	`PF05132`	RNA_pol_Rpc4	Family	166	278	3.1e-27	96.3	RNA polymerase III RPC4
`XP_057766902.1`	Pfam	`PF05132`	RNA_pol_Rpc4	Family	179	266	1.7e-24	87.4	RNA polymerase III RPC4
`XP_057766908.1`	Pfam	`PF05132`	RNA_pol_Rpc4	Family	179	266	1.7e-24	87.4	RNA polymerase III RPC4

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

4 records

下载 cDNA FASTA

XM_057910913.1
AAGATAAACATAATCAAACACCCTAGTTAGTAGTTAGTGACTATGGACATAAGAGCGCCGCTTTGCTGAAACCCCCAAGCCGACGGCGACGCGCAGCCTCCGGCCTGCCGCCCTTCCCGGTTGAAAGTTTCCGGCGCTACTTCAATAGTCGACCCAAGTTGTAAGCATCATGGATCCTGATCCGTTGGCTGGCTCCACCGGCAATGCGCCAAGGAAGGTGAAATTTAAACCAAAAGCTCCTCCCAAGAGAGTTAAAAAAG...

XM_057910919.1
ACATAATCAAACACCCTAGTTAGTAGTTAGTGACTATGGACATAAGAGCGCCGCTTTGCTGAAACCCCCAAGCCGACGGCGACGCGCAGCCTCCGGCCTGCCGCCCTTCCCGGTTGAAAGTTTCCGGCGCTACTTCAATAGTCGACCCAAGTTGTAAGCATCATGGATCCTGATCCGTTGGCTGGCTCCACCGGCAATGCGCCAAGGAAGGTGAAATTTAAACCAAAAGCTCCTCCCAAGAGAGTTAAAAAAGAAGTCCT...

CDS

4 records

下载 CDS FASTA

LOC130987388
ATGGATCCTGATCCGTTGGCTGGCTCCACCGGCAATGCGCCAAGGAAGGTGAAATTTAAACCAAAAGCTCCTCCCAAGAGAGTTAAAAAAGAAGTCCTCCCTAAAGCCGAGAAAGAAGAAGATGACATTGATGAGGCGAAGGCAGAGCATCTTCTACGCCGCTTTCATGAAACATCTTCAGGGAGGCCGAAGACTGAAAAGAAAGTTACGCTTGCTCAAGTTGCATTTGGTATTGGAGGATCATCTGGAAACATCAAGTC...

Protein

4 records

下载 Protein FASTA

XP_057766888.1
MDPDPLAGSTGNAPRKVKFKPKAPPKRVKKEVLPKAEKEEDDIDEAKAEHLLRRFHETSSGRPKTEKKVTLAQVAFGIGGSSGNIKSYRPANNASSDGVAKVAKEYKEPWDYYTYYPVTLPVRRPYAGNPELLDKEEFDEDQERPESEELATNAAQELGLLDEGQENNMFFLQLPEMLPAIARSADSKVPEPKDVNPLAGRGKSQNLCKLDSLPEGLIGKMLVYKSGAVKLKIGDAIYDVSAGLNCMFAQDVVAINTERK...

XP_057766896.1
MDPDPLAGSTGNAPRKVKFKPKAPPKRVKKEVLPKAEKEEDDIDEAKAEHLLRRFHETSSGRPKTEKKVTLAQVAFGIGGSSGNIKSYRPANNASSDGVAKVAKEYKEPWDYYTYYPVTLPVRRPYAGNPELLDKEEFDEDQERPESEELATNAAQELGLLDEGQENNMFFLQLPEMLPAIARSADSKVPEPKDVNPLAGRGKSQNLCKLDSLPEGLIGKMLVYKSGAVKLKIGDAIYDVSAGLNCMFAQDVVAINTERK...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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