Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr06G001744`

染色体: Chr06 坐标: 20183684-20186825 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr06G001744`
名称	SmilChr06G001744
描述	uncharacterized SmilChr06G001744
染色体 / SeqID	Chr06 / NC_080392.1
坐标与链方向	20183684 - 20186825 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130987393`
GeneID	`130987393`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130987393`
原始查询	`LOC130987393`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	plant viral-response family protein (DUF716) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:821158]; symbol=AT3G01360; hit=AT3G01360; species=arabidopsis; confidence=high
产物	plant viral-response family protein (DUF716) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:821158]; symbol=AT3G01360; hit=AT3G01360; species=arabidopsis; confidence=high
Arabidopsis	`AT3G01360` (AT3G01360) plant viral-response family protein (DUF716) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:821158] identity=45; qcov=0.966; evalue=1.96e-86; confidence=high
Rice	`Os06g0238900` - identity=40.2; qcov=0.78; evalue=4.31e-43; confidence=medium
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF04819 (DUF716)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130987393

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Vacuole	液泡	1.00000	`XP_057766893.1`
2	Vacuole membrane	液泡膜	1.00000	`XP_057766893.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057766893.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057766893.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057766893.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr6:20184031`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B136
`Chr6:20184156`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B136
`Chr6:20184157`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B136
`Chr6:20184349`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B64
`Chr6:20184454`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A10
`Chr6:20186684`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B65
`Chr6:20186697`	`C`	`CT`	1bp_insertion	frameshift_variant	83	A1,A18,A19,A22,A23,A3,A4,A5,A6,B10,B101,B105,B110,B114,B121,B122,B123,B124,B126,B127,B128,B129,B133,B134,B139,B140,B16,B17,B19,B28,B29,B3,B34,B42,B43,B45,B50,B53,B58,B60,B62,B64,B67,B68,B69,B7,B75,B77,B8,B82,B84,B86,B87,B88,B89,B95,B97,C10,C12,C19,C20,C35,C38,C39,C41,C44,C47,C6,C61,C64,C66,C7,C71,C72,C8,C81,C82,C85,C86,C9,D3,D6,D9

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057766893.1

330 aa

165

330

DUF716

PF04819 DUF716 118-253 aa

XP_057766894.1

322 aa

161

322

DUF716

PF04819 DUF716 118-253 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057766893.1`	Pfam	`PF04819`	DUF716	Family	118	253	4.7e-39	133.8	Family of unknown function (DUF716)
`XP_057766894.1`	Pfam	`PF04819`	DUF716	Family	118	253	4.5e-39	133.9	Family of unknown function (DUF716)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

4 records

下载 cDNA FASTA

XR_009089715.1
GTTTTTTTAAAGATGGATGAAATGAATCACATGCAGTTTCAGTTTGATAATGGAAGTCGCGTGGTCAGAGCTATTTGGGATTATCATCTCTCCCGTTTGGGCTTCATCGGCGGCTCCGTGTTAGAACCAACCAGGGATCCGTTTCGTTGACCCGATATACATATCCAAATCCAGATTCATTTTCTAGTCTCTTCGATTCTTCTTCCTTGAGATCACTTTTCACATAGAAAAAGTCAAACAATGGGACTATTCACCTACAC...

XR_009089714.1
GTTTTTTTAAAGATGGATGAAATGAATCACATGCAGTTTCAGTTTGATAATGGAAGTCGCGTGGTCAGAGCTATTTGGGATTATCATCTCTCCCGTTTGGGCTTCATCGGCGGCTCCGTGTTAGAACCAACCAGGGATCCGTTTCGTTGACCCGATATACATATCCAAATCCAGATTCATTTTCTAGTCTCTTCGATTCTTCTTCCTTGAGATCACTTTTCACATAGAAAAAGTCAAACAATGGGACTATTCACCTACAC...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA

LOC130987393
ATGGGACTATTCACCTACACTGTCGCCGGCGCCGCCTTAATTCTCATCGGCGGGTTGGAATCACTCGCCTCCGCCGCCGTTTCTCTCAAAGAAATCCCGCACCCGCCGAATATTCGTCGGCCTGCGCCGGCAACGACGTCGTTTCTTTCGACGGTAACGTTTCTGCTGATCTCCATTGTGTCGGTCCTTTTCATCGTCAACTCTTTGATGTCTCTGTCCGATGCCGCTAGTTCCAAAGATAGCATGGGTTTCGTCTTACA...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA

XP_057766893.1
MGLFTYTVAGAALILIGGLESLASAAVSLKEIPHPPNIRRPAPATTSFLSTVTFLLISIVSVLFIVNSLMSLSDAASSKDSMGFVLQLEVIAIALLFLLYSGLGILSSIIESFRFPSKLLNVIYMFAFGEEFLLFYTQNKDPSGIENRYYDLILVPISVCLFSTILELKGSKSNYPKLGRGVGLVLQGMWTLQMGFSFYSNLIANGCALHARSRGNYTIKCKGHPEYHRGRAIATLQFNCHLALLITIAAGVYSLFCKTY...

XP_057766894.1
MGLFTYTVAGAALILIGGLESLASAAVSLKEIPHPPNIRRPAPATTSFLSTVTFLLISIVSVLFIVNSLMSLSDAASSKDSMGFVLQLEVIAIALLFLLYSGLGILSSIIESFRFPSKLLNVIYMFAFGEEFLLFYTQNKDPSGIENRYYDLILVPISVCLFSTILELKGSKSNYPKLGRGVGLVLQGMWTLQMGFSFYSNLIANGCALHARSRGNYTIKCKGHPEYHRGRAIATLQFNCHLALLITIAAGVYSLFCKTY...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器