Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr06G001789`

染色体: Chr06 坐标: 20934216-20937030 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr06G001789`
名称	SmilChr06G001789
描述	SNF2 domain-containing protein CLASSY 3-like
染色体 / SeqID	Chr06 / NC_080392.1
坐标与链方向	20934216 - 20937030 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130987410`
GeneID	`130987410`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130987410`
原始查询	`LOC130987410`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	SNF2 domain-containing protein CLASSY 3-like
产物	SNF2 domain-containing protein CLASSY 3-like
Arabidopsis	`AT1G05490` (chr31) chromatin remodeling 31 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:837051] identity=41.1; qcov=1; evalue=5.16e-178; confidence=medium
Rice	`Os02g0650800` (CTD2) - identity=37.7; qcov=0.992; evalue=3.86e-158; confidence=medium
GO	GO:0005524 (ATP binding); GO:0080188 (gene silencing by siRNA-directed DNA methylation); GO:0140658 (ATP-dependent chromatin remodeler activity)
KEGG	smil03440 (Homologous recombination - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF00176 (SNF2-rel_dom); PF00271 (Helicase_C)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130987410

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057766917.1`
2	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057766917.1`
3	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057766917.1`
4	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057766917.1`
5	Telomere	端粒	0.00000	`XP_057766917.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr6:20935083`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A4
`Chr6:20935365`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B41,B44,B91,C51,C74
`Chr6:20935377`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C49
`Chr6:20935387`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B122,B140,B37
`Chr6:20935474`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A22
`Chr6:20935488`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	1	A22
`Chr6:20935488`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A22
`Chr6:20935497`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B24,C17,C30
`Chr6:20935502`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B139,B32,C4,C82,D4
`Chr6:20935602`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B24,C17,C30
`Chr6:20935614`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B23,B37,B58,C80
`Chr6:20936058`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C34

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057766917.1

767 aa

384

767

SNF2-rel_dom

Helicase_C

PF00176 SNF2-rel_dom 241-521 aa PF00271 Helicase_C 556-674 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057766917.1`	Pfam	`PF00176`	SNF2-rel_dom	Domain	241	521	4.2e-27	95.7	SNF2-related domain
`XP_057766917.1`	Pfam	`PF00271`	Helicase_C	Domain	556	674	1e-17	65.1	Helicase conserved C-terminal domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057910934.1
TTCGCAAGAGATATAGATTCGCATTAATGATAATTACGGACAATTAGAAACTTGATTTTTGGAGGAAAAAAAAGAAAAGAAAAATCACATCAAACACAAATACGAATCGTTCGTCCTCTAATTCTGATTGCAATCAAATAAAGCGTATCTTTTGATATCTCGCCGGAAAGATGGACGCCGGAGGTACGGTCTCGCGGCGGACAAGGAGCCAGTTGGACGCCTACTACAGGCGCCTCCACGACACCATCAAGAATCCCGAC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130987410
ATGGACGCCGGAGGTACGGTCTCGCGGCGGACAAGGAGCCAGTTGGACGCCTACTACAGGCGCCTCCACGACACCATCAAGAATCCCGACGGCGGCGGCACCACCATCAAAGGCATTCAAGAATCTGAGATTCGTGTAGATGATGATGACGATGACGAGATGAAGAAGAAGCGCAAATACAAAGCGGGAAGCAAGAAAAGGGCTCGGAAGCTTGATTTGGATTTTGGTGATGCGAGAGAGAATGAAGAAAGTGGTCTGCC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057766917.1
MDAGGTVSRRTRSQLDAYYRRLHDTIKNPDGGGTTIKGIQESEIRVDDDDDDEMKKKRKYKAGSKKRARKLDLDFGDARENEESGLPLKFKLDDEQSPKTESEMEIDRLFDDLELGLWESTRTTDFDECSDVDQSPAARCSRNDHDEFLDEQIGIVCRFCHTLLLHIKYVFPPFCVESPEQSEWNCSSLEEESKNVDDDDEFKMSSDCGNLEWYSSSDIPSRGTVFDLIPSSDKEELYPHQLEGFEFIWRNIAGDIHLNN...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器