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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G001760

染色体: Chr06 坐标: 20588482-20591157 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G001760
名称SmilChr06G001760
描述RNA polymerase sigma factor sigA
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向20588482 - 20591157 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130987420
GeneID130987420
locus_tag-
NCBI NameLOC130987420
原始查询LOC130987420

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述RNA polymerase sigma factor sigA
产物RNA polymerase sigma factor sigA
ArabidopsisAT1G64860 (SIGA)
sigma factor A [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:842794]
identity=62.1; qcov=1.11; evalue=0; confidence=high
RiceOs08g0163400 (OsSIG1)
-
identity=56.8; qcov=0.868; evalue=1.79e-153; confidence=high
GOGO:0003700 (DNA-binding transcription factor activity); GO:0006352 (DNA-templated transcription initiation); GO:0006355 (regulation of DNA-templated transcription)
KEGG-
PfamPF04539 (Sigma70_r3); PF04542 (Sigma70_r2); PF04545 (Sigma70_r4)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130987420

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Chloroplast 叶绿体 1.00000 XP_057766933.1
2 Mitochondrion 线粒体 0.20000 XP_057766933.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057766933.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057766933.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057766933.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:20589249 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B139,B32,C4,C74
Chr6:20589435 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B30
Chr6:20589534 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr6:20589704 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B4,B80
Chr6:20589748 T TA 1bp_insertion frameshift_variant 2 C11,C69
Chr6:20589748 T TA 1bp_insertion CDS_variant 2 C11,C69
Chr6:20590092 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B24,B69,C17,C30
Chr6:20590270 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B10
Chr6:20590712 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C74

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057766933.1
456 aa
N
1
228
456
Sigma70_r2
Sigma70_r3
Sigma70_r4
C
PF04542 Sigma70_r2 218-286 aa PF04539 Sigma70_r3 296-370 aa PF04545 Sigma70_r4 393-442 aa
XP_057766934.1
456 aa
N
1
228
456
Sigma70_r2
Sigma70_r3
Sigma70_r4
C
PF04542 Sigma70_r2 218-286 aa PF04539 Sigma70_r3 296-370 aa PF04545 Sigma70_r4 393-442 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057766933.1 Pfam PF04542 Sigma70_r2 Domain 218 286 7.8e-17 61.5 Sigma-70 region 2
XP_057766933.1 Pfam PF04539 Sigma70_r3 Family 296 370 1e-19 71.1 Sigma-70 region 3
XP_057766933.1 Pfam PF04545 Sigma70_r4 Domain 393 442 1.1e-11 44.8 Sigma-70, region 4
XP_057766934.1 Pfam PF04542 Sigma70_r2 Domain 218 286 7.8e-17 61.5 Sigma-70 region 2
XP_057766934.1 Pfam PF04539 Sigma70_r3 Family 296 370 1e-19 71.1 Sigma-70 region 3
XP_057766934.1 Pfam PF04545 Sigma70_r4 Domain 393 442 1.1e-11 44.8 Sigma-70, region 4

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA
XR_009089726.1
AGACATGGATGCACATAAACCACTCAAATCACCTCCAAAAATCTAAACCAGCCAATGGCTGTTGGCCTCTCCCTTTTTCCATATCATATCCTCAGCCCCAAGCCCCAGCTAAATAAGTAATAATAATAATAATAATAGTAATAACAATAATAGTCCCTTGCTTCTCTAACAAATCAGAATAATAAAAAACAGCTGAGGCTGAATTGTGTATTGCAGGAGCTTCTCCACCAACACCATTTCCTTCTTCCCCAAACAGTTTT...
XM_057910950.1
TGTGGGAGAGACATGGATGCACATAAACCACTCAAATCACCTCCAAAAATCTAAACCAGCCAATGGCTGTTGGCCTCTCCCTTTTTCCATATCATATCCTCAGCCCCAAGCCCCAGCTAAATAAGTAATAATAATAATAATAATAGTAATAACAATAATAGTCCCTTGCTTCTCTAACAAATCAGAATAATAAAAAACAGCTGAGGCTGAATTGTGTATTGCAGGAGCTTCTCCACCAACACCATTTCCTTCTTCCCCAA...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC130987420
ATGATCATGGCCACTGCCGTCGTCGGACTGAGCACCGGCACCGGGAAAAGGCTCCTCCGCCTCGGCGCCACCTCCTACTACTCCGATCTCTCCGCCGAAAGACTGGCTTGCTCCGCCGATCCCACCACCACCACCTCCTCGTCGTCCTCCTCCTCCATCATCTCTGCGAAGAAATCATGGTCACGACGGCGCCCGCACTCCATCAAAGCCCTAAAAGATCCTCAGCCGTGTCTCTCTGATCCTGATTATCTGGTGGATGC...
LOC130987420
ATGATCATGGCCACTGCCGTCGTCGGACTGAGCACCGGCACCGGGAAAAGGCTCCTCCGCCTCGGCGCCACCTCCTACTACTCCGATCTCTCCGCCGAAAGACTGGCTTGCTCCGCCGATCCCACCACCACCACCTCCTCGTCGTCCTCCTCCTCCATCATCTCTGCGAAGAAATCATGGTCACGACGGCGCCCGCACTCCATCAAAGCCCTAAAAGATCCTCAGCCGTGTCTCTCTGATCCTGATTATCTGGTGGATGC...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057766933.1
MIMATAVVGLSTGTGKRLLRLGATSYYSDLSAERLACSADPTTTTSSSSSSSIISAKKSWSRRRPHSIKALKDPQPCLSDPDYLVDAVLLLQKSMLEKQWNLSPKTEEKEIEVICSGTSARRRRMESRKRVEKSVMNVDDELLHKGCYVKEQLLTHAQVVQLSHKIKAGLALEDRRQRLKQRLGCEPSDEQLASSLRMSRANLQSKMIECSLAREKLAMSNIRLVMSIAQRYDNMGAEMPDLIQGGLIGLLRGIEKFDSS...
XP_057766934.1
MIMATAVVGLSTGTGKRLLRLGATSYYSDLSAERLACSADPTTTTSSSSSSSIISAKKSWSRRRPHSIKALKDPQPCLSDPDYLVDAVLLLQKSMLEKQWNLSPKTEEKEIEVICSGTSARRRRMESRKRVEKSVMNVDDELLHKGCYVKEQLLTHAQVVQLSHKIKAGLALEDRRQRLKQRLGCEPSDEQLASSLRMSRANLQSKMIECSLAREKLAMSNIRLVMSIAQRYDNMGAEMPDLIQGGLIGLLRGIEKFDSS...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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