Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr06G001786`

染色体: Chr06 坐标: 20894832-20899787 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr06G001786`
名称	SmilChr06G001786
描述	cytochrome c1-2, heme protein, mitochondrial
染色体 / SeqID	Chr06 / NC_080392.1
坐标与链方向	20894832 - 20899787 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130987429`
GeneID	`130987429`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130987429`
原始查询	`LOC130987429`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	cytochrome c1-2, heme protein, mitochondrial
产物	cytochrome c1-2%2C heme protein%2C mitochondrial
Arabidopsis	`AT3G27240` (AT3G27240) Cytochrome C1 family [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:822343] identity=85.2; qcov=1; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os05g0301700` - identity=84.8; qcov=1; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0005750 (GO:0005750); GO:0006122 (mitochondrial electron transport, ubiquinol to cytochrome c); GO:0009055 (electron transfer activity); GO:0020037 (heme binding)
KEGG	smil00190 (Oxidative phosphorylation - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF02167 (Cytochrom_C1)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130987429

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Mitochondrion	线粒体	1.00000	`XP_057766950.1`
2	Mitochondrion membrane	线粒体膜	1.00000	`XP_057766950.1`
3	Mitochondrion inner membrane	线粒体内膜	1.00000	`XP_057766950.1`
4	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057766950.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057766950.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr6:20897449`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B41,B44,B91,C51,C74
`Chr6:20897991`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C78
`Chr6:20897996`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C78
`Chr6:20898015`	`CA`	`C`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	C52
`Chr6:20898015`	`CA`	`C`	1bp_deletion	CDS_variant	1	C52
`Chr6:20898102`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B79,C75,C76,C82,D1
`Chr6:20898141`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B101,B2,C27,D5
`Chr6:20898403`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B41,B42,C28
`Chr6:20898412`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C31
`Chr6:20899062`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B113
`Chr6:20899257`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B80
`Chr6:20899263`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B80

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057766950.1

310 aa

155

310

Cytochrom_C1

PF02167 Cytochrom_C1 81-297 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057766950.1`	Pfam	`PF02167`	Cytochrom_C1	Family	81	297	4e-99	331.4	Cytochrome C1 family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057910967.1
AATGAAGCCCACAGAAAGCCCAGCCCAACTGCTCCAAACAAAAAAACCTCTAAAATTCGCCATTTCTAAACAATCTGTAAATCTCCGACGACTGTTCTCCTCTTCCACCCCTTTGTTGGATCTTCGCAGATCGATTCCGTTGTTCCAGGGTTCTCATTTACAATGTTTGGGGGTAGAGCAATTCACCAGTTGCTGAGAGAGAGACTTCAATCGAAAGTCGCTAGTTCTCCAGCTTTATCATCTTTTATTTCGAAGAAAGG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130987429
ATGTTTGGGGGTAGAGCAATTCACCAGTTGCTGAGAGAGAGACTTCAATCGAAAGTCGCTAGTTCTCCAGCTTTATCATCTTTTATTTCGAAGAAAGGGCATGAGAGTGCTGAATCTGCTACCAAAAGCTGCTTGAGGACATTGGCCCTCTTTGGAGCAGGTGTATCAGGGCTTTTAAGTTTTGCGTCAATTGCTTCCTGTGATGAGGCAGAACATGGTTTGGAATCCCCTAACTACCCTTGGCCACATGCTGGCATCCT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057766950.1
MFGGRAIHQLLRERLQSKVASSPALSSFISKKGHESAESATKSCLRTLALFGAGVSGLLSFASIASCDEAEHGLESPNYPWPHAGILSSYDHASVRRGHQVYQQVCASCHSMSLISYRDLVGVAYTEEETKAMAAEIEVVDGPNDEGEMFTRPGKLSDRFPQPYENESAARFANGGAYPPDLSLITKARHNGQNYVFALLTGYRDPPAGVSIREGLHYNPYFPGGAIAMPKMLNDGAVEYEDGTPATEAQMGKDVVSFLT...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器