当前解析结果
SmilChr06G001803| 统一新 Gene ID | SmilChr06G001803 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr06G001803 |
| 描述 | glutathione S-transferase T1-like |
| 染色体 / SeqID | Chr06 / NC_080392.1 |
| 坐标与链方向 | 21212402 - 21213496 / - |
| NCBI Gene ID | LOC130987434 |
|---|---|
| GeneID | 130987434 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130987434 |
| 原始查询 | LOC130987434 |
| 来源 | GFF basic annotation; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | glutathione S-transferase T1-like |
| 产物 | glutathione S-transferase T1-like |
| Arabidopsis | AT5G41210 (GSTT1)glutathione S-transferase THETA 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834123] identity=56.8; qcov=0.958; evalue=2.49e-102; confidence=high |
| Rice | Os11g0588300 (OsGSTT1)- identity=57.3; qcov=0.941; evalue=5.51e-98; confidence=high |
| GO | - |
| KEGG | smil00480 (Glutathione metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)) |
| Pfam | PF02798 (GST_N); PF13409 (GST_N_2); PF13410 (GST_C_2); PF13417 (GST_N_3) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130987434 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytosol | 细胞质基质 | 1.00000 | XP_057766958.1 |
| 2 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.40000 | XP_057766958.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057766958.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057766958.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057766958.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr6:21212663 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B106 |
Chr6:21212819 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B129,C58 |
Chr6:21212884 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B54,B86 |
Chr6:21212945 |
AG |
A |
1bp_deletion | frameshift_variant | 1 | C24 |
Chr6:21212945 |
AG |
A |
1bp_deletion | CDS_variant | 1 | C24 |
Chr6:21212952 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B80,B95,B98,C50 |
Chr6:21212997 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B72 |
Chr6:21213001 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C36 |
Chr6:21213006 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B71,C42,C6 |
Chr6:21213036 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | A3,B118,B53,C60 |
Chr6:21213047 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B112,C59 |
Chr6:21213112 |
A |
ATG |
2bp_insertion | frameshift_variant | 2 | C31,C61 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057766958.1PF02798
GST_N 2-76 aa
PF13417
GST_N_3 9-80 aa
PF13409
GST_N_2 14-77 aa
PF13410
GST_C_2 132-203 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057766958.1 |
Pfam | PF02798 |
GST_N | Domain | 2 | 76 | 7.2e-15 | 55.8 | Glutathione S-transferase, N-terminal domain |
XP_057766958.1 |
Pfam | PF13417 |
GST_N_3 | Domain | 9 | 80 | 4.1e-07 | 30.9 | Glutathione S-transferase, N-terminal domain |
XP_057766958.1 |
Pfam | PF13409 |
GST_N_2 | Domain | 14 | 77 | 1.6e-06 | 29.3 | Glutathione S-transferase, N-terminal domain |
XP_057766958.1 |
Pfam | PF13410 |
GST_C_2 | Domain | 132 | 203 | 2.1e-07 | 31.7 | Glutathione S-transferase, C-terminal domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。