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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G001772

染色体: Chr06 坐标: 20743066-20746884 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G001772
名称SmilChr06G001772
描述formin-like protein 3
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向20743066 - 20746884 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130987443
GeneID130987443
locus_tag-
NCBI NameLOC130987443
原始查询LOC130987443

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述formin-like protein 3
产物formin-like protein 3
ArabidopsisAT1G31810 (AFH14)
Formin Homology 14 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:840068]
identity=60.7; qcov=0.636; evalue=8.05e-16; confidence=low
RiceOs10g0119300 (OsFH3)
-
identity=64.3; qcov=0.636; evalue=1.64e-16; confidence=low
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130987443

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057766968.1
2 Nucleus 细胞核 0.60000 XP_057766968.1
3 Cytosol 细胞质基质 0.40000 XP_057766968.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057766968.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057766968.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:20744774 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B104,D11
Chr6:20744784 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B104,D11
Chr6:20744792 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B24
Chr6:20744795 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C4
Chr6:20744807 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A10,B24
Chr6:20746212 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B106,B9,C40,C9
Chr6:20746238 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 2 B106,C9
Chr6:20746238 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B106,C9
Chr6:20746244 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B35,C15,C52
Chr6:20746309 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B43
Chr6:20746435 GT G 1bp_deletion frameshift_variant 8 A1,B106,B28,C24,C29,C76,C84,D8

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA
XR_009089736.1
TATCTATCAATTCTATAAAGCAATTCATATTCCAACCCCCATATTGTTTCTCTCTCCCACGTGGCACACTCACAATGCTTTATTTTACATTATCTTGAAAGGCTTTTTACTCACAATTCTCACAATTTTACAAAGCCTGCTGCAGCCGTTACATCTCTCAAGGTCAAAGCCACCTCTCAAAATCTCCATCCATGCCTTCAGTCGTTACATCTCTCAAAATCTCCATCCATGGCTTCAGCCGTTACATCTCTCAAAGTCTC...
XR_009089735.1
CTCACAATGCTTTATTTTACATTATCTTGAAAGGCTTTTTACTCACAATTCTCACAATTTTACAAAGCCTGCTGCAGCCGTTACATCTCTCAAGGTCAAAGCCACCTCTCAAAATCTCCATCCATGCCTTCAGTCGTTACATCTCTCAAAATCTCCATCCATGGCTTCAGCCGTTACATCTCTCAAAGTCTCAATTTCTCTCACAATATGACTTTCCAGTCTCAATCTTTCCACAAATCTCAAACAATTCGTTGGTCTCT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130987443
ATGAACCAGTTTTCGGAGGAACCTCACTGCTATGTCCGCGTCATCTCCCGTAAGAGTAAAGAGGGAAGTTTTGTTACCAAAGGCCTTGAAAAGGTCGAACAGGAACTACTTGCAGCAGAGAATGACGGTGTTGTATCCTCAGGCTTTCGGAAGGTCTTAACAAGTTTCCTCCATACTGCTGAGGCGGAAGTTAGGTCACTTATCAACCTTTACACTGAAGTGGATTTAGTAAGAGCAGTTGGTGCTTTTATGTTGGGAGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057766968.1
MNQFSEEPHCYVRVISRKSKEGSFVTKGLEKVEQELLAAENDGVVSSGFRKVLTSFLHTAEAEVRSLINLYTEVDLVRAVGAFMLGDV

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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