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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G002837

染色体: Chr01 坐标: 46958115-46960227 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G002837
名称SmilChr01G002837
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At4g25270, chloroplastic
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向46958115 - 46960227 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130987455
GeneID130987455
locus_tag-
NCBI NameLOC130987455
原始查询LOC130987455

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At4g25270, chloroplastic
产物pentatricopeptide repeat-containing protein At4g25270%2C chloroplastic
ArabidopsisAT4G25270 (OTP70)
Tetratricopeptide repeat (TPR)-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:828630]
identity=60.2; qcov=0.942; evalue=0; confidence=high
RiceOs03g0852700
-
identity=46.5; qcov=0.78; evalue=1e-121; confidence=high
GOGO:0003723 (RNA binding); GO:0005515 (protein binding); GO:0009451 (RNA modification)
KEGG-
PfamPF01535 (PPR); PF13041 (PPR_2); PF13812 (PPR_3); PF20431 (E_motif)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130987455

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 0.80000 XP_057766973.1
2 Chloroplast 叶绿体 0.20000 XP_057766973.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057766973.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057766973.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057766973.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:46958674 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C11,C69
Chr1:46959101 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B103
Chr1:46959388 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr1:46959505 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A23,B32
Chr1:46959571 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B1,B82
Chr1:46959637 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B1,B82

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057766973.1
518 aa
N
1
259
518
PPR
PPR_2
PPR_3
PPR
PPR
PPR_2
PPR
PPR
PPR
PPR
E_motif
PPR
C
PF01535 PPR 124-148 aa PF13041 PPR_2 153-190 aa PF13812 PPR_3 153-198 aa PF01535 PPR 154-182 aa PF01535 PPR 224-250 aa PF13041 PPR_2 252-295 aa PF01535 PPR 253-282 aa PF01535 PPR 321-349 aa PF01535 PPR 383-411 aa PF01535 PPR 421-440 aa PF20431 E_motif 464-516 aa PF01535 PPR 490-516 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057766973.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 124 148 1.7e-47 157.1 PPR repeat
XP_057766973.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 153 190 3.6e-42 143.0 PPR repeat family
XP_057766973.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 153 198 3.7e-18 66.1 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057766973.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 154 182 1.7e-47 157.1 PPR repeat
XP_057766973.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 224 250 1.7e-47 157.1 PPR repeat
XP_057766973.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 252 295 3.6e-42 143.0 PPR repeat family
XP_057766973.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 253 282 1.7e-47 157.1 PPR repeat
XP_057766973.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 321 349 1.7e-47 157.1 PPR repeat
XP_057766973.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 383 411 1.7e-47 157.1 PPR repeat
XP_057766973.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 421 440 1.7e-47 157.1 PPR repeat
XP_057766973.1 Pfam PF20431 E_motif Repeat 464 516 9.4e-11 42.5 E motif
XP_057766973.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 490 516 1.7e-47 157.1 PPR repeat

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057910990.1
ATTGAATAGTATGGTGAATTGGTGATCAATCAAATTCAGTTCAATTGCTTTTAATTTGCTTCTTTTTTATCTATTCAAATTGAAAATCATAGCTATAAAATTTTCCACTAAACAACACAAATTGACCAGGTATATTATCTGTCCACAAACATTGCGCGCAGACTTAACCATAAAATTTCAGTTGCAAACGTAAGCAATGAACCTGTATATTATTCTTACATTAAAATCTCCCAGTCTCTTCATCGTAGAAAGAGCATGAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130987455
ATGAATCTGTGTGTGAATCCACCATGTTCGATTACATCCTTTTCATGCTCCGCCGCGAAGAGGAAAGACAAGAAACACGATCCCACTTACCGAAACAAGACACCAAGAAGCCTCCCTTTCCGGAAATCACACCCAACCCCACTCTTGATCCAGCGAAAACTCCACCCCCAATCGAAGAAACAGGCGTTAGAAAACGTTATAAGCGAGTTAGAATCCTCGGCTGAAAATGGCATGAAATTCAACGATCCCCAGATTTTTGC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057766973.1
MNLCVNPPCSITSFSCSAAKRKDKKHDPTYRNKTPRSLPFRKSHPTPLLIQRKLHPQSKKQALENVISELESSAENGMKFNDPQIFASLLESCYQLEAVDCGVRVHKLIPEKLLRRNVGIASKLLRLYACSGQLEKAHEMFDEMPDRNSSAFQWNSLISGYAEMGLYEDALALFFQMVEEGVRPDEYTFPRALKACGGVGMIRVGEEVHRWVIRSGFGNNTFVLNALVDMYAKCGDIVRARKVFDGIKGKELVSWNSMII...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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