当前解析结果
SmilChr06G001825| 统一新 Gene ID | SmilChr06G001825 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr06G001825 |
| 描述 | AUGMIN subunit 6 |
| 染色体 / SeqID | Chr06 / NC_080392.1 |
| 坐标与链方向 | 21426843 - 21432994 / + |
| NCBI Gene ID | LOC130987467 |
|---|---|
| GeneID | 130987467 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130987467 |
| 原始查询 | LOC130987467 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | AUGMIN subunit 6 |
| 产物 | AUGMIN subunit 6 |
| Arabidopsis | AT5G40740 (AUG6)HAUS augmin-like complex subunit [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834074] identity=68.1; qcov=1.03; evalue=0; confidence=high |
| Rice | Os02g0329300- identity=61.4; qcov=1.01; evalue=0; confidence=high |
| GO | GO:0008017 (microtubule binding); GO:0051225 (spindle assembly); GO:0070652 (HAUS complex); GO:1990498 (mitotic spindle microtubule) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF14661 (HAUS6_N) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130987467 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytoskeleton | 细胞骨架 | 1.00000 | XP_057766978.1 |
| 2 | Phragmoplast | Phragmoplast | 1.00000 | XP_057766979.1 |
| 3 | Spindle | Spindle | 0.80000 | XP_057766978.1 |
| 4 | Spindle pole | Spindle pole | 0.60000 | XP_057766978.1 |
| 5 | Chromosome | 染色体 | 0.40000 | XP_057766978.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr6:21429904 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C53 |
Chr6:21430241 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B40 |
Chr6:21430251 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | C34,C51,C74,C83 |
Chr6:21430881 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D11 |
Chr6:21431224 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B35 |
Chr6:21431387 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B1,B91 |
Chr6:21431637 |
TCA |
T |
2bp_deletion | frameshift_variant | 9 | B107,B117,B25,C27,C31,C56,C65,C70,C80 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057766978.1PF14661
HAUS6_N 15-258 aa
XP_057766979.1PF14661
HAUS6_N 15-258 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057766978.1 |
Pfam | PF14661 |
HAUS6_N | Family | 15 | 258 | 4e-45 | 155.0 | HAUS augmin-like complex subunit 6 N-terminus |
XP_057766979.1 |
Pfam | PF14661 |
HAUS6_N | Family | 15 | 258 | 3.5e-45 | 155.1 | HAUS augmin-like complex subunit 6 N-terminus |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
2 records
下载 cDNA FASTA2 records
下载 CDS FASTA2 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。