当前解析结果
SmilChr06G001832| 统一新 Gene ID | SmilChr06G001832 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr06G001832 |
| 描述 | protein WVD2-like 7 |
| 染色体 / SeqID | Chr06 / NC_080392.1 |
| 坐标与链方向 | 21504974 - 21507934 / + |
| NCBI Gene ID | LOC130987475 |
|---|---|
| GeneID | 130987475 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130987475 |
| 原始查询 | LOC130987475 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | protein WVD2-like 7 |
| 产物 | protein WVD2-like 7 |
| Arabidopsis | AT3G27350 (AT3G27350)transcriptional regulator ATRX-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:822356] identity=61.3; qcov=0.174; evalue=2.09e-33; confidence=weak |
| Rice | Os02g0558600- identity=60.8; qcov=0.095; evalue=2.2e-12; confidence=weak |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF06886 (TPX2) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130987475 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytoskeleton | 细胞骨架 | 1.00000 | XP_057766993.1 |
| 2 | Nucleus | 细胞核 | 0.80000 | XP_057766993.1 |
| 3 | Spindle | Spindle | 0.20000 | XP_057766993.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057766993.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057766993.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr6:21505685 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B103,C44,C75 |
Chr6:21505847 |
GGA |
G |
2bp_deletion | frameshift_variant | 4 | B110,B51,C80,D9 |
Chr6:21505847 |
GGA |
G |
2bp_deletion | CDS_variant | 4 | B110,B51,C80,D9 |
Chr6:21506128 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | A21 |
Chr6:21506267 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B103,C44,C75 |
Chr6:21506299 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B103,C44,C75 |
Chr6:21506371 |
GA |
G |
1bp_deletion | frameshift_variant | 1 | A21 |
Chr6:21506371 |
GA |
G |
1bp_deletion | CDS_variant | 1 | A21 |
Chr6:21506421 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B103,C44,C75 |
Chr6:21506738 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B95 |
Chr6:21507398 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D10 |
Chr6:21507442 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B114 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057766993.1PF06886
TPX2 392-458 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057766993.1 |
Pfam | PF06886 |
TPX2 | Domain | 392 | 458 | 3.2e-11 | 43.8 | Targeting protein for Xklp2 (TPX2) domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。