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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G001852

染色体: Chr06 坐标: 21905815-21911713 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G001852
名称SmilChr06G001852
描述RNA-binding protein Y14A-like
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向21905815 - 21911713 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130987491
GeneID130987491
locus_tag-
NCBI NameLOC130987491
原始查询LOC130987491

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述RNA-binding protein Y14A-like
产物RNA-binding protein Y14A-like
ArabidopsisAT1G51510 (Y14)
RNA-binding (RRM/RBD/RNP motifs) family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:841576]
identity=66.7; qcov=0.975; evalue=6.38e-80; confidence=high
RiceOs05g0140500 (OsY14a)
-
identity=72.6; qcov=0.685; evalue=6.55e-67; confidence=high
GOGO:0003729 (mRNA binding); GO:0005634 (nucleus); GO:0005737 (cytoplasm); GO:0008380 (RNA splicing); GO:0035145 (exon-exon junction complex)
KEGGsmil03013 (Nucleocytoplasmic transport - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil03015 (mRNA surveillance pathway - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil03040 (Spliceosome - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF00076 (RRM_1)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130987491

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057767002.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057767002.1
3 Nucleoplasm 核质 0.80000 XP_057767003.1
4 Cytoplasmic granule 细胞质颗粒 0.20000 XP_057767002.1
5 Chromatin 染色质 0.20000 XP_057767003.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:21909287 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C83
Chr6:21909295 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B88
Chr6:21909308 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B97
Chr6:21909411 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B42
Chr6:21910022 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B82
Chr6:21910040 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 5 B2,B74,B81,C52,C69
Chr6:21910040 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B2,B74,B81,C52,C69
Chr6:21910067 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B26
Chr6:21910119 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B47

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057767002.1
200 aa
N
1
100
200
RRM_1
C
PF00076 RRM_1 95-162 aa
XP_057767003.1
197 aa
N
1
98
197
RRM_1
C
PF00076 RRM_1 95-162 aa
XP_057767004.1
197 aa
N
1
98
197
RRM_1
C
PF00076 RRM_1 95-162 aa
XP_057767005.1
197 aa
N
1
98
197
RRM_1
C
PF00076 RRM_1 95-162 aa
XP_057767006.1
197 aa
N
1
98
197
RRM_1
C
PF00076 RRM_1 95-162 aa
XP_057767007.1
197 aa
N
1
98
197
RRM_1
C
PF00076 RRM_1 95-162 aa
XP_057767009.1
197 aa
N
1
98
197
RRM_1
C
PF00076 RRM_1 95-162 aa
XP_057767010.1
197 aa
N
1
98
197
RRM_1
C
PF00076 RRM_1 95-162 aa
XP_057767011.1
197 aa
N
1
98
197
RRM_1
C
PF00076 RRM_1 95-162 aa
XP_057767012.1
197 aa
N
1
98
197
RRM_1
C
PF00076 RRM_1 95-162 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057767002.1 Pfam PF00076 RRM_1 Domain 95 162 4.2e-16 59.3 RNA recognition motif
XP_057767003.1 Pfam PF00076 RRM_1 Domain 95 162 4e-16 59.4 RNA recognition motif
XP_057767004.1 Pfam PF00076 RRM_1 Domain 95 162 4e-16 59.4 RNA recognition motif
XP_057767005.1 Pfam PF00076 RRM_1 Domain 95 162 4e-16 59.4 RNA recognition motif
XP_057767006.1 Pfam PF00076 RRM_1 Domain 95 162 4e-16 59.4 RNA recognition motif
XP_057767007.1 Pfam PF00076 RRM_1 Domain 95 162 4e-16 59.4 RNA recognition motif
XP_057767009.1 Pfam PF00076 RRM_1 Domain 95 162 4e-16 59.4 RNA recognition motif
XP_057767010.1 Pfam PF00076 RRM_1 Domain 95 162 4e-16 59.4 RNA recognition motif
XP_057767011.1 Pfam PF00076 RRM_1 Domain 95 162 4e-16 59.4 RNA recognition motif
XP_057767012.1 Pfam PF00076 RRM_1 Domain 95 162 4e-16 59.4 RNA recognition motif

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

10 records

下载 cDNA FASTA
XM_057911020.1
AATTTATATATATATAAATTTTGAATTATTGAATATGTTAAAAAGTAAAACCTAAACCCTAATTTCCTAACTAAATCAGCGCCGCACACACAGCCACAACTCCACTCCACCACCGCGTCTGACTCCCATCGCTCTCCAGTCTCCACCACCGGGCGTTCCGCGCCGACGCCGTCCCACCCCGCCGGCCACCACCCCACCTACTCTTCGCCTGCAATCCCCCACCACGCCACCTCCGCGCTTGCAATCCCCCAGAGCAGCTC...
XM_057911022.1
ATATAAATTTTGAATTATTGAATATGTTAAAAAGTAAAACCTAAACCCTAATTTCCTAACTAAATCAGCGCCGCACACACAGCCACAACTCCACTCCACCACCGCGTCTGACTCCCATCGCTCTCCAGTCTCCACCACCGGGCGTTCCGCGCCGACGCCGTCCCACCCCGCCGGCCACCACCCCACCTACTCTTCGCCTGCAATCCCCCACCACGCCACCTCCGCGCTTGCAATCCCCCAGAGCAGCTCGAAGCTCGAGC...

CDS

10 records

下载 CDS FASTA
LOC130987491
ATGGCGAATGCGGAGGCGGAGGCCGTCGATTTCGAGCCTGAGGAGGACGATCTTATGGACGAGGATGTCGGCGATGGCTCCCCCAACCGAGCTACCGTTCCTCGCCTGAAGTCCGCCATCACCGGCGGCGGCTCCTCCACCGCTCCAAAGAAGACCAAGGGCCGCGGGTTTCGCGACGAGGCCGCTGCTGAAGCGGACCGAAATGCTCGCATGTCCGCCCCCTTCGATTCGCTCGATTCAGAAGGCGGTCCTGGCCCCGA...
LOC130987491
ATGGCGAATGCGGAGGCGGAGGCCGTCGATTTCGAGCCTGAGGAGGACGATCTTATGGACGAGGATGTCGGCGATGGCTCCCCCAACCGAGCTACCGTTCCTCGCCTGAAGTCCGCCATCACCGGCGGCGGCTCCTCCACCGCTCCAAAGAAGACCAAGGGCCGCGGGTTTCGCGACGAGGCCGCTGCTGAAGCGGACCGAAATGCTCGCATGTCCGCCCCCTTCGATTCGCTCGATTCAGAAGGCGGTCCTGGCCCCGA...

Protein

10 records

下载 Protein FASTA
XP_057767002.1
MANAEAEAVDFEPEEDDLMDEDVGDGSPNRATVPRLKSAITGGGSSTAPKKTKGRGFRDEAAAEADRNARMSAPFDSLDSEGGPGPERSIEGWIILVTGVHEEAQEDDLQNAFGDFGEIKNLHLNLDRRTGFVKGYALIEFEKFEEAQRAINEMNGTELLTQTMNVDWAFSKGPFRRRNIRRRYVISNSLQQQYKSLCSF
XP_057767003.1
MANAEAEAVDFEPEEDDLMDEDVGDGSPNRATVPRLKSAITGGGSSTAPKKTKGRGFRDEAAAEADRNARMSAPFDSLDSEGGPGPERSIEGWIILVTGVHEEAQEDDLQNAFGDFGEIKNLHLNLDRRTGFVKGYALIEFEKFEEAQRAINEMNGTELLTQTMNVDWAFSKGPFRRRNIRRRSPRGHHSRSPRRRF

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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