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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G001860

染色体: Chr06 坐标: 22031982-22033319 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G001860
名称SmilChr06G001860
描述RNA-binding protein Y14A-like
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向22031982 - 22033319 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130987503
GeneID130987503
locus_tag-
NCBI NameLOC130987503
原始查询LOC130987503

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Arabidopsis/Rice homolog
描述RNA-binding protein Y14A-like
产物RNA-binding protein Y14A-like
ArabidopsisAT1G51510 (Y14)
RNA-binding (RRM/RBD/RNP motifs) family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:841576]
identity=66.2; qcov=0.916; evalue=1.56e-55; confidence=high
RiceOs05g0140500 (OsY14a)
-
identity=71.9; qcov=0.574; evalue=1.73e-39; confidence=medium
GOGO:0003729 (mRNA binding); GO:0005634 (nucleus); GO:0005737 (cytoplasm); GO:0008380 (RNA splicing); GO:0035145 (exon-exon junction complex)
KEGGsmil03013 (Nucleocytoplasmic transport - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil03015 (mRNA surveillance pathway - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil03040 (Spliceosome - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130987503

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057767026.1
2 Nucleoplasm 核质 0.20000 XP_057767026.1
3 Cytoplasm 细胞质 0.20000 XP_057767026.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057767026.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057767026.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:22032119 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B21,B98
Chr6:22032188 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B21

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057911043.1
ACCCTCGTTTTTCTTCAAAATCCCTTTAGCCCTTCCCCTCCTATCCCCAAATCTAAACCTAGCTAAATATCTGCTTCAATGGCGAATGCGGAGGCGGAGGCCGTCGATTTCGAGCCTGAGGAGGACGATCTTATGGACGAGGATGTCGGCGATGACTCCCCCAACCGAGCCACCGTTCCTCGCCTGAAGTCCGCCATCACCGGCGGCGGCTCCTCCACCGCTCCAAAGAAGACCAAGGGCCGCGGGTTTCGCGACGAGGC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130987503
ATGGCGAATGCGGAGGCGGAGGCCGTCGATTTCGAGCCTGAGGAGGACGATCTTATGGACGAGGATGTCGGCGATGACTCCCCCAACCGAGCCACCGTTCCTCGCCTGAAGTCCGCCATCACCGGCGGCGGCTCCTCCACCGCTCCAAAGAAGACCAAGGGCCGCGGGTTTCGCGACGAGGCCGCTGCTGAAGCGGACCGAAATGCTCGCATGTCCGCCCCCTTCGATTCGCTCGATTCAGAAGGCGGTCCTGGCCCCGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057767026.1
MANAEAEAVDFEPEEDDLMDEDVGDDSPNRATVPRLKSAITGGGSSTAPKKTKGRGFRDEAAAEADRNARMSAPFDSLDSEGGPGPERSIEGWIILLTGVHEEAQEDDLQNAFGDFGEIKNLHLNLDRRTGFVKVYKSCVLLRFVMKVTCYILIM

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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