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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G000763

染色体: Chr01 坐标: 16722822-16723373 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G000763
名称SmilChr01G000763
描述uncharacterized SmilChr01G000763
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向16722822 - 16723373 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130987505
GeneID130987505
locus_tag-
NCBI NameLOC130987505
原始查询LOC130987505

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述maternal effect embryo arrest 60 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:830480]; symbol=MEE60; hit=AT5G05950; species=arabidopsis; confidence=medium
产物maternal effect embryo arrest 60 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:830480]; symbol=MEE60; hit=AT5G05950; species=arabidopsis; confidence=medium
ArabidopsisAT5G05950 (MEE60)
maternal effect embryo arrest 60 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:830480]
identity=48.9; qcov=0.973; evalue=1.79e-43; confidence=medium
RiceOs10g0178200
-
identity=42; qcov=0.962; evalue=2.23e-31; confidence=medium
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130987505

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057767065.1
2 Vacuole 液泡 0.20000 XP_057767065.1
3 Vacuole membrane 液泡膜 0.20000 XP_057767065.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057767065.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057767065.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:16722912 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B133
Chr1:16723026 TC T 1bp_deletion frameshift_variant 1 B129
Chr1:16723026 TC T 1bp_deletion CDS_variant 1 B129
Chr1:16723028 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 1 B129
Chr1:16723028 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B129
Chr1:16723076 CCG C 2bp_deletion frameshift_variant 1 C9
Chr1:16723076 CCG C 2bp_deletion CDS_variant 1 C9
Chr1:16723079 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C9
Chr1:16723173 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B131
Chr1:16723368 C CT 1bp_insertion frameshift_variant 14 B122,B13,B26,B33,B4,B41,B48,B98,C23,C36,C61,C62,C87,D2

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057911082.1
ATGAAGCAGAATATTGGTTCCCGCCACAGATTAAGCTCCACTAGCATACACATCATGGCCTTAGACGGAACCATAAACGTGAACTCTCTGTTCGCATTCGCCGCCTTCGTCGGCTTCGCCTTCAACCCCGACAACAGCCTCACGAGCGCCGCCACGTGCGCCGCCAGCCCCGCCTCCGCAAAGCACTTGGTGGAGTTACACATCTACTCCTTCAGCGCCTTCCTCTTCTCCAGTCTCATCGCGTCGGCCCTCAAACTGGC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130987505
ATGAAGCAGAATATTGGTTCCCGCCACAGATTAAGCTCCACTAGCATACACATCATGGCCTTAGACGGAACCATAAACGTGAACTCTCTGTTCGCATTCGCCGCCTTCGTCGGCTTCGCCTTCAACCCCGACAACAGCCTCACGAGCGCCGCCACGTGCGCCGCCAGCCCCGCCTCCGCAAAGCACTTGGTGGAGTTACACATCTACTCCTTCAGCGCCTTCCTCTTCTCCAGTCTCATCGCGTCGGCCCTCAAACTGGC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057767065.1
MKQNIGSRHRLSSTSIHIMALDGTINVNSLFAFAAFVGFAFNPDNSLTSAATCAASPASAKHLVELHIYSFSAFLFSSLIASALKLAIRAADTGGDGGPVLADMQSGGRVNLRVLRAGILASAAGSVFGCAFLTAALVDLVQIKLGNLRCWGWHAAVAVASLLILAPSALLIYVCLLIYAFIN

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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