Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr06G001870`

染色体: Chr06 坐标: 22113013-22116867 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr06G001870`
名称	SmilChr06G001870
描述	glycerol-3-phosphate dehydrogenase [NAD(+)]
染色体 / SeqID	Chr06 / NC_080392.1
坐标与链方向	22113013 - 22116867 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130987512`
GeneID	`130987512`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130987512`
原始查询	`LOC130987512`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	glycerol-3-phosphate dehydrogenase [NAD(+)]
产物	glycerol-3-phosphate dehydrogenase [NAD(+)]
Arabidopsis	`AT5G40610` (GPDHp) NAD-dependent glycerol-3-phosphate dehydrogenase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834060] identity=85; qcov=0.892; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os01g0971600` (OsSTA45) - identity=80.7; qcov=0.881; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0005829 (cytosol); GO:0005975 (carbohydrate metabolic process); GO:0006116 (GO:0006116); GO:0009331 (glycerol-3-phosphate dehydrogenase (FAD) complex); GO:0042803 (protein homodimerization activity); GO:0046168 (glycerol-3-phosphate catabolic process); GO:0047952 (glycerol-3-phosphate dehydrogenase [NAD(P)+] activity); GO:0051287 (NAD binding)
KEGG	smil00564 (Glycerophospholipid metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01110 (Biosynthesis of secondary metabolites - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF01210 (NAD_Gly3P_dh_N); PF07479 (NAD_Gly3P_dh_C)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130987512

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytosol	细胞质基质	1.00000	`XP_057767036.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.40000	`XP_057767036.1`
3	Mitochondrion	线粒体	0.20000	`XP_057767036.1`
4	Peroxisome	过氧化物酶体	0.20000	`XP_057767036.1`
5	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057767036.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr6:22113262`	`T`	`TG`	1bp_insertion	frameshift_variant	1	B113
`Chr6:22113262`	`T`	`TG`	1bp_insertion	CDS_variant	1	B113
`Chr6:22113264`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	2	B30,B60
`Chr6:22113264`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B30,B60
`Chr6:22114398`	`TCC`	`T`	2bp_deletion	frameshift_variant	1	C51
`Chr6:22114398`	`TCC`	`T`	2bp_deletion	CDS_variant	1	C51
`Chr6:22114878`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A21

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057767036.1

388 aa

194

388

NAD_Gly3P_dh_N

NAD_Gly3P_dh_C

PF01210 NAD_Gly3P_dh_N 34-202 aa PF07479 NAD_Gly3P_dh_C 224-371 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057767036.1`	Pfam	`PF01210`	NAD_Gly3P_dh_N	Family	34	202	7e-42	143.8	NAD-dependent glycerol-3-phosphate dehydrogenase N-terminus
`XP_057767036.1`	Pfam	`PF07479`	NAD_Gly3P_dh_C	Domain	224	371	1.8e-45	155.4	NAD-dependent glycerol-3-phosphate dehydrogenase C-terminus

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057911053.1
CGACACACATTGATACTGACGACAACGTGTCTGTCATCTCCGCCCCAATGCCATTTAACTCCTCTCTCTCTCCTCCCCTATTTTCCCTCTCATCCACTCCTTCCCTCCCCCCTCCCATTCTTCATGGCCCCTTCCCTCCACGACGACGCCATTGACGAACGCATCGCCACCGCCGGCCTACCAGAACAACCTCAATCTCAAATGCCGCCGCTCAGCTCCACTAAGGTCACCGTCGTCGGCAGCGGCAATTGGGGCAGCGT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130987512
ATGGCCCCTTCCCTCCACGACGACGCCATTGACGAACGCATCGCCACCGCCGGCCTACCAGAACAACCTCAATCTCAAATGCCGCCGCTCAGCTCCACTAAGGTCACCGTCGTCGGCAGCGGCAATTGGGGCAGCGTCGCCGCCAAGCTCATTGCTTCCAACACACTTAAGCTTAGCTCTTTCCACGATGAAGTGAGAATGTGGGTGTTTGAGGAGACCCTGCCAACTGGTGAAAAGCTCTCTGAAGCCATCAACAAAAC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057767036.1
MAPSLHDDAIDERIATAGLPEQPQSQMPPLSSTKVTVVGSGNWGSVAAKLIASNTLKLSSFHDEVRMWVFEETLPTGEKLSEAINKTNENVKYLPGIKLGRNVVADPDLENAVRDASMLVFVTPHQFMEGICKRLVGRIRSDAEAISLIKGMEVKREGPCMISSLISEQLGINCCVLMGANIANEIALEKFSEATVGYRKNKETAVKWVKLFNTSYFMVSCVQDVEGVELCGTLKNVVAIAAGFVDGLEMGNNTKAAIMR...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器