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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G002843

染色体: Chr01 坐标: 46996758-47002245 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G002843
名称SmilChr01G002843
描述O-fucosyltransferase 35
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向46996758 - 47002245 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130987549
GeneID130987549
locus_tag-
NCBI NameLOC130987549
原始查询LOC130987549

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述O-fucosyltransferase 35
产物O-fucosyltransferase 35
ArabidopsisAT5G35570 (AT5G35570)
O-fucosyltransferase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:833522]
identity=65.6; qcov=1; evalue=0; confidence=high
RiceOs09g0442900
-
identity=56.1; qcov=1.02; evalue=0; confidence=high
GOGO:0005737 (cytoplasm); GO:0005794 (Golgi apparatus); GO:0009507 (chloroplast)
KEGG-
PfamPF10250 (O-FucT)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130987549

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Golgi apparatus 高尔基体 1.00000 XP_057767096.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057767096.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057767096.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057767096.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:46997435 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C2
Chr1:46997825 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C11,C69
Chr1:47001636 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B101,C39,D4
Chr1:47001643 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B109,B110,C36,C60,C77
Chr1:47001649 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B117,B90,C87
Chr1:47001650 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B100,B111,B112,B31,B57
Chr1:47001684 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B80,B82,C6,C85
Chr1:47001689 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B9,D1,D7
Chr1:47001698 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B134,B66,C43,D2,D5
Chr1:47001699 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B55,D4
Chr1:47001706 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B34,C7,D1
Chr1:47001709 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057767096.1
662 aa
N
1
331
662
O-FucT
C
PF10250 O-FucT 270-585 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057767096.1 Pfam PF10250 O-FucT Family 270 585 2.8e-100 337.0 GDP-fucose protein O-fucosyltransferase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057911113.1
AAATTAGGTCCGACTGTGTGCTAAATATAGAATGAAAATAGGAGTAATGTATGCTGCCTTTTTAATTTTATTTTATTCAACGAAATATTGATCGAATTCTACAGTGGTGTGTTACAGTCGCTGCCCCATCTACCTCGCCTTCTCCATTGAATCCACTCCAATTCCATCACACCTCCTTGATTTTGCCTCTTTCCTATGCCGATGTGATGTGCACACCAAGAAATGGGGCACCAGCATAACAGCCACCACCACCACCACCC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130987549
ATGGGGCACCAGCATAACAGCCACCACCACCACCACCCCACGGCCACCGATGGCGGCGGCGGCGGCCTGTCGCAGCGCGTCAACAGCCCGAGATTCTCCGGCCCGATGACCCGCCGTGCCCACTCTTTCAAGCGAAACAACAGCAATAGTAATAGCAACAACAACAGCAATAACGGCAATAACAATAATAACAACTCCTCGCACAACACTCAGAGCAGCAGCAATAACAGCGCCAGCCATCAGCATGAGGTCATCGACCT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057767096.1
MGHQHNSHHHHHPTATDGGGGGLSQRVNSPRFSGPMTRRAHSFKRNNSNSNSNNNSNNGNNNNNNSSHNTQSSSNNSASHQHEVIDLNLNSPRSESPVSGEGAESLRPAHVSSVAQRVHLRKKISSLSVDLGGFGLELKGKRKLGQWMFLMFCGMCLFLGVFKICATGWFGSAIDRLGNNQDMYDSTTTHFSKQDEGTHTFRYVDKENDHGRREVEVERTVTMMASGVVDGHDRMADHLEIWSDPDSENFTRCLDRPKSH...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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