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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G002845

染色体: Chr01 坐标: 47019019-47020069 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G002845
名称SmilChr01G002845
描述uncharacterized SmilChr01G002845
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向47019019 - 47020069 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130987560
GeneID130987560
locus_tag-
NCBI NameLOC130987560
原始查询LOC130987560

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述Putative membrane lipoprotein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:823305]; symbol=AT3G42725; hit=AT3G42725; species=arabidopsis; confidence=high
产物Putative membrane lipoprotein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:823305]; symbol=AT3G42725; hit=AT3G42725; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT3G42725 (AT3G42725)
Putative membrane lipoprotein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:823305]
identity=46.8; qcov=0.985; evalue=6.73e-55; confidence=high
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130987560

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Endoplasmic reticulum 内质网 0.60000 XP_057767123.1
2 Vacuole 液泡 0.60000 XP_057767123.1
3 Vacuole membrane 液泡膜 0.60000 XP_057767123.1
4 Cell membrane 细胞膜 0.40000 XP_057767123.1
5 Endoplasmic reticulum membrane 内质网膜 0.40000 XP_057767123.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:47019388 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C20
Chr1:47019433 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A25,B121,B98

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057911140.1
TGAAATTTAACATGATTTTTATTTTCTATCCATAAATACATGAATATAAAAATAAATAAAAGATCAAACATTTTGGTGGGCCACTAGGCCCACGAACGAGCCCACACAATTTAAACCCAAAAAAGAAGCCGAAGGCAACATTCTTAAAAGCACCGCTTGGCGCTTGCTTAAACATGTAGCCGTTGCAATTGCGAAATCAATCCTATTTCAAACGGCCTAAATTCTTCACTATATAAATTCAAAATCCCCTCTTCCATCTT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130987560
ATGGCATCATCGAGGCGCAGAAGCTCCTGCTCATTCCTCACTCTCCTCCTCTCATTCTTCAATTTCATCCTCTTCATCCTCTCCGCCGCCTCCCTAGCGCCGACGATCGCCCTCAGAATGCCGCCGACCTCCCTCGGCTGGGCGTTCCTGATGATCTCCGGCGTCTCGCTGCTGTCGTCGTTCGTCGGATTCTACTCCCACCTCGCTCGCTTCTGCTTCATCACGCACGTCTCGCTCCTCCTCGCCTCGTCGGCCGGGCA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057767123.1
MASSRRRSSCSFLTLLLSFFNFILFILSAASLAPTIALRMPPTSLGWAFLMISGVSLLSSFVGFYSHLARFCFITHVSLLLASSAGQLLGILVLFTKEKSSLEMLRSARDPREAKVLVRLECGVLMAMFVMQLGVLVVSCVVQSCWVREYEGLEAEREATARKRRQKIARVQEESVANAATAVEMKNKDFDEKMINKYGKWTENDI

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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