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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G000025

染色体: Chr06 坐标: 271296-275883 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G000025
名称SmilChr06G000025
描述uncharacterized SmilChr06G000025
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向271296 - 275883 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130987565
GeneID130987565
locus_tag-
NCBI NameLOC130987565
原始查询LOC130987565

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述hit=Os06g0182400; species=rice; confidence=high
产物hit=Os06g0182400; species=rice; confidence=high
ArabidopsisAT5G58200 (AT5G58200)
Calcineurin-like metallo-phosphoesterase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835932]
identity=62.2; qcov=1; evalue=2.15e-111; confidence=high
RiceOs06g0182400
-
identity=56.7; qcov=1.04; evalue=7.77e-113; confidence=high
GOGO:0016787 (hydrolase activity)
KEGG-
PfamPF00149 (Metallophos)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130987565

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Chloroplast 叶绿体 1.00000 XP_057767126.1
2 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057767128.1
3 Cytoplasm 细胞质 0.60000 XP_057767128.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057767126.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057767126.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:271311 G GA 1bp_insertion frameshift_variant 19 A25,A3,A5,B16,B46,B51,B61,B66,B78,B82,B87,C40,C5,C51,C58,C59,C60,C79,C83
Chr6:271315 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B112,B48,C80
Chr6:271425 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C22,C37
Chr6:271427 AC A 1bp_deletion frameshift_variant 1 C19
Chr6:271427 AC A 1bp_deletion CDS_variant 1 C19
Chr6:271628 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B140
Chr6:274069 TG T 1bp_deletion frameshift_variant 2 C14,C54
Chr6:274069 TG T 1bp_deletion CDS_variant 2 C14,C54
Chr6:274084 CT C 1bp_deletion frameshift_variant 16 A14,A23,A7,B10,B110,B128,B22,B53,B57,B66,B94,C25,C42,C71,C75,C85
Chr6:274631 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C13,D11
Chr6:274675 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C13,D11
Chr6:275573 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B112,B48,C16,C33,C80

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057767126.1
367 aa
N
1
184
367
Metallophos
C
PF00149 Metallophos 50-280 aa
XP_057767127.1
346 aa
N
1
173
346
Metallophos
C
PF00149 Metallophos 50-259 aa
XP_057767128.1
267 aa
N
1
134
267
Metallophos
C
PF00149 Metallophos 21-180 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057767126.1 Pfam PF00149 Metallophos Domain 50 280 2.9e-12 48.2 Calcineurin-like phosphoesterase
XP_057767127.1 Pfam PF00149 Metallophos Domain 50 259 3e-13 51.4 Calcineurin-like phosphoesterase
XP_057767128.1 Pfam PF00149 Metallophos Domain 21 180 3.2e-05 25.2 Calcineurin-like phosphoesterase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA
XM_057911143.1
GTCATGAATGAATATGAAGCGTGAGAAAAATACACACATGTCACTTCTCAGCGGTTGCACGTGGTTACACGCGCCACTGTTTCAGTGTGGAATCTCCTCTGCCCAACCGTCGTCTACCTTCTGTTGCTGCAACCTTCCTATGGCTACCTCCTGTCGAATCGCCGTCGTCGGCGACGTCCATGATGATTGGAGCTTAGAAGAGGATACCAAGGCTCTGCAACTGTTGAAGCCGGATCTCGTGCTGTTCACAGGTGATTTTG...
XM_057911144.1
GTCATGAATGAATATGAAGCGTGAGAAAAATACACACATGTCACTTCTCAGCGGTTGCACGTGGTTACACGCGCCACTGTTTCAGTGTGGAATCTCCTCTGCCCAACCGTCGTCTACCTTCTGTTGCTGCAACCTTCCTATGGCTACCTCCTGTCGAATCGCCGTCGTCGGCGACGTCCATGATGATTGGAGCTTAGAAGAGGATACCAAGGCTCTGCAACTGTTGAAGCCGGATCTCGTGCTGTTCACAGGTGATTTTG...

CDS

3 records

下载 CDS FASTA
LOC130987565
ATGAATATGAAGCGTGAGAAAAATACACACATGTCACTTCTCAGCGGTTGCACGTGGTTACACGCGCCACTGTTTCAGTGTGGAATCTCCTCTGCCCAACCGTCGTCTACCTTCTGTTGCTGCAACCTTCCTATGGCTACCTCCTGTCGAATCGCCGTCGTCGGCGACGTCCATGATGATTGGAGCTTAGAAGAGGATACCAAGGCTCTGCAACTGTTGAAGCCGGATCTCGTGCTGTTCACAGGTGATTTTGGCAATGA...
LOC130987565
ATGAATATGAAGCGTGAGAAAAATACACACATGTCACTTCTCAGCGGTTGCACGTGGTTACACGCGCCACTGTTTCAGTGTGGAATCTCCTCTGCCCAACCGTCGTCTACCTTCTGTTGCTGCAACCTTCCTATGGCTACCTCCTGTCGAATCGCCGTCGTCGGCGACGTCCATGATGATTGGAGCTTAGAAGAGGATACCAAGGCTCTGCAACTGTTGAAGCCGGATCTCGTGCTGTTCACAGGTGATTTTGGCAATGA...

Protein

3 records

下载 Protein FASTA
XP_057767126.1
MNMKREKNTHMSLLSGCTWLHAPLFQCGISSAQPSSTFCCCNLPMATSCRIAVVGDVHDDWSLEEDTKALQLLKPDLVLFTGDFGNENADLVESISNVDFAKAVILGNHDAWNTQKFSARYSTHICCDWQECFLFLCGATREKDAVQLQLESLGDEHVGYRRMDFPNLKLSIVGGRPFSCGGQQVFRKKLLTARYGIHDMDGSANRIYHAALGTPADHSVIFLAHNGPTGLGSGLDDICGKDWIPGGGDHGDPDLALAIS...
XP_057767127.1
MNMKREKNTHMSLLSGCTWLHAPLFQCGISSAQPSSTFCCCNLPMATSCRIAVVGDVHDDWSLEEDTKALQLLKPDLVLFTGDFGNENADLVESISNVDFAKAVILGNHDAWNTQKFSAREKDAVQLQLESLGDEHVGYRRMDFPNLKLSIVGGRPFSCGGQQVFRKKLLTARYGIHDMDGSANRIYHAALGTPADHSVIFLAHNGPTGLGSGLDDICGKDWIPGGGDHGDPDLALAISQLKETTKLSIKLVVFGHMHKE...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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