Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr06G000029`

染色体: Chr06 坐标: 293383-297636 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr06G000029`
名称	SmilChr06G000029
描述	VAMP-like protein YKT61
染色体 / SeqID	Chr06 / NC_080392.1
坐标与链方向	293383 - 297636 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130987572`
GeneID	`130987572`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130987572`
原始查询	`LOC130987572`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	VAMP-like protein YKT61
产物	VAMP-like protein YKT61
Arabidopsis	`AT5G58060` (YKT61) SNARE-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835918] identity=82.4; qcov=0.995; evalue=5.28e-127; confidence=high
Rice	`Os01g0866300` - identity=69.9; qcov=1.09; evalue=4.97e-108; confidence=high
GO	GO:0005484 (SNAP receptor activity); GO:0005794 (Golgi apparatus); GO:0006888 (endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport); GO:0016020 (membrane)
KEGG	smil04130 (SNARE interactions in vesicular transport - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF00957 (Synaptobrevin); PF13774 (Longin)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130987572

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Vesicle	囊泡	1.00000	`XP_057767134.1`
2	Endosome	内体	1.00000	`XP_057767134.1`
3	Endosome membrane	内体膜	1.00000	`XP_057767134.1`
4	Golgi apparatus	高尔基体	0.80000	`XP_057767134.1`
5	Cytoplasmic vesicle	细胞质囊泡	0.60000	`XP_057767134.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr6:294227`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A14,A23,B10,C85
`Chr6:295066`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B140
`Chr6:295102`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B18,B5,C23,C87
`Chr6:295127`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B28,B30,C61
`Chr6:295130`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	6	B18,B5,C23,C5,C74,C87
`Chr6:295294`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10
`Chr6:295317`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B18,B5,C23,C74,C87
`Chr6:295337`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	28	A15,A3,B113,B2,B35,B38,B39,B4,B51,B55,B6,B63,B76,B85,B91,B95,C17,C28,C4,C41,C49,C54,C56,C57,C64,C66,D7,D9
`Chr6:295345`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	28	A15,A3,B113,B2,B35,B39,B4,B51,B55,B6,B63,B76,B85,B91,B95,C17,C28,C4,C41,C49,C5,C54,C56,C57,C64,C66,D7,D9
`Chr6:295376`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	11	A15,B39,B55,B63,B76,B85,B95,C17,C28,C49,C66
`Chr6:295978`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057767134.1

200 aa

100

200

Longin

Synaptobrevin

PF13774 Longin 28-118 aa PF00957 Synaptobrevin 141-195 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057767134.1`	Pfam	`PF13774`	Longin	Domain	28	118	1.4e-18	67.5	Regulated-SNARE-like domain
`XP_057767134.1`	Pfam	`PF00957`	Synaptobrevin	Domain	141	195	2e-14	54.0	Synaptobrevin

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057911151.1
GTTCCACACGGCTGTCCCTCGCCAAATCCTTTTGCGTCCATTAAGTAGCTGCTCGTAAATTATTCGAGATTTGATTTGCCGACTATTAAAAATATATTAGAGTATAGTTCGTTCGATTATATGTTAATTAATTTACATTTTGATTTTGCTTTTCATCTTATATAAGTTTTTCCTTTCATAACATTTAAATTAACTTCCTTTCTATATCTCAAAACATTTTGGACAAAAGGAGATTCCATTCTCGATGTAACGATAGTGTT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130987572
ATGGTGAAGATCACGGCGCTGATGGTACTGAAATGCACTCCGGAGGGTGCGGATCCGGTTATATTGGTGAACGCCTCGGATCTAAGCAGTTTCGGATTTTTCCAACGCCCCAGCGTTAAGGAGTTCATTATTTTCGTGGGTCGGACCGTAGCTAAACGGACGCCGCCCGGCCAACGGCAATCGGTGCAGCATGAAGAATACAAGGTTCATTCTTATAATCGAAATGGCTTGTGTGTATTGGGGTTCATGGATGACCACTA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057767134.1
MVKITALMVLKCTPEGADPVILVNASDLSSFGFFQRPSVKEFIIFVGRTVAKRTPPGQRQSVQHEEYKVHSYNRNGLCVLGFMDDHYPVRSAFSLLNQVFDEYLKNFGDSWKSVQADNAQQWPYLSEALAKFQDPAEADKLLRIQRELDETKIILHKTIDSVLERGEKLDSLVEKSSDLSAASQMFYKQAKKTNQCCTVL

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器