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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G000030

染色体: Chr06 坐标: 298793-301789 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G000030
名称SmilChr06G000030
描述UDP-glycosyltransferase 89B2
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向298793 - 301789 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130987573
GeneID130987573
locus_tag-
NCBI NameLOC130987573
原始查询LOC130987573

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述UDP-glycosyltransferase 89B2
产物UDP-glycosyltransferase 89B2
ArabidopsisAT1G73880 (UGT89B1)
UDP-glucosyl transferase 89B1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:843725]
identity=51.3; qcov=0.998; evalue=1.38e-168; confidence=high
RiceOs06g0282000
-
identity=43.5; qcov=1.01; evalue=2.64e-114; confidence=medium
GOGO:0008194 (UDP-glycosyltransferase activity)
KEGG-
PfamPF00201 (UDPGT)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130987573

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057767136.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057767136.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057767136.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057767136.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057767136.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:299001 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C15
Chr6:299073 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr6:299208 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B2,C41
Chr6:299301 GC G 1bp_deletion frameshift_variant 1 A14
Chr6:299301 GC G 1bp_deletion CDS_variant 1 A14
Chr6:299336 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A15,B140,B50
Chr6:299349 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B138,C36
Chr6:299612 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A15,B140,B50
Chr6:299655 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B73
Chr6:299739 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr6:299784 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr6:299935 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B20

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057767136.1
471 aa
N
1
236
471
UDPGT
C
PF00201 UDPGT 274-405 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057767136.1 Pfam PF00201 UDPGT Family 274 405 3.1e-18 66.6 UDP-glucoronosyl and UDP-glucosyl transferase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057911153.1
ACATATATTCACTCACACTCTCTCCTTCCTTCAATTCTTCTCACACAGCAATGCATGCACACGTGCTCGTCTTCCCATTCCCTGCGCAGGGCCACATGATACCGCTCCTGGACTTCACCGCTCAAATCGCCGCCGCCGGCCTCTCCGTCACCGTCGTCGTCACCCCGAAAAACCTCCCCTCGCTCGACCGCGTCCTCGCCGCCCACCCCGCCTCCATCACCGCCCTCGTCCTCCCCTTCCCGCCGCACCCCGCCCTCCCC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130987573
ATGCATGCACACGTGCTCGTCTTCCCATTCCCTGCGCAGGGCCACATGATACCGCTCCTGGACTTCACCGCTCAAATCGCCGCCGCCGGCCTCTCCGTCACCGTCGTCGTCACCCCGAAAAACCTCCCCTCGCTCGACCGCGTCCTCGCCGCCCACCCCGCCTCCATCACCGCCCTCGTCCTCCCCTTCCCGCCGCACCCCGCCCTCCCCGCCGCCGCCGAGAATCTCTCCCAGCTCCCCCCCGACGCCTTCCGCTTCGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057767136.1
MHAHVLVFPFPAQGHMIPLLDFTAQIAAAGLSVTVVVTPKNLPSLDRVLAAHPASITALVLPFPPHPALPAAAENLSQLPPDAFRFVLRALGDLRDPLLRWFRSHPSPPAAIISDLFLGWTHHLARQLGIRRYVFCPCGALAASIINSLWCEMPTRRNRHDDDEATEFPRIPNSPFYPWWQLSPLYRSYAEGDPVLEFIKDSFRANALSDGLILNTFLELEGVYLDYLAKELGHDRIWPIGPLLPPIEIGPVDRGGSSTV...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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