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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G000034

染色体: Chr06 坐标: 313161-315470 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G000034
名称SmilChr06G000034
描述ABC transporter I family member 1
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向313161 - 315470 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130987577
GeneID130987577
locus_tag-
NCBI NameLOC130987577
原始查询LOC130987577

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述ABC transporter I family member 1
产物ABC transporter I family member 1
ArabidopsisAT1G63270 (ABCI1)
non-intrinsic ABC protein 10 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:842633]
identity=80.5; qcov=0.987; evalue=1.85e-138; confidence=high
RiceOs04g0627200 (OsABCI1)
-
identity=76.2; qcov=0.917; evalue=2.91e-120; confidence=high
GOGO:0005524 (ATP binding); GO:0016887 (ATP hydrolysis activity); GO:0017004 (cytochrome complex assembly); GO:0022857 (transmembrane transporter activity)
KEGG-
PfamPF00005 (ABC_tran)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130987577

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 1.00000 XP_057767140.1
2 Mitochondrion matrix 线粒体基质 0.80000 XP_057767140.1
3 Nucleus 细胞核 0.40000 XP_057767140.1
4 Cytoplasm 细胞质 0.40000 XP_057767140.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057767140.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:313613 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B114,B134,B47,C63
Chr6:313673 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr6:313724 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A1,B64,C12
Chr6:313736 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr6:313919 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr6:314042 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B101

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057767140.1
229 aa
N
1
114
229
ABC_tran
C
PF00005 ABC_tran 26-166 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057767140.1 Pfam PF00005 ABC_tran Domain 26 166 1.9e-28 100.5 ABC transporter

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057911157.1
AACTCCTAATAAGTTCCTAAATCTAAAACTCACGCACGCACACAGCACCTGCACGGCGTTCAGCCCCTGCCCCACGCCACCCCCAGCCCCACTCGCCGCTCGCTCGCTAGCAGCGGCTCCAGACGTCGCCGTCGCCGCCGCCGCACCACCGTCTCCGTCCAACAACAGCCAACCAGCACCAGCAGCTCAGCAGGTACCTTTAGATAGTCCCAGTGGCTTATCCAAAACAAACTCTATATATCCTCAATGCTAGTGCGGAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130987577
ATGCTAGTGCGGAAACCTCCTGTTCCTCGGCTTGTCCTTGACAATGTCTCTTGCATGAGAAATGCACAGCAGATTCTCCGCCATGTCAATGCCACGCTTCATGATGGATCAGCTCTTGTTCTATCAGGTACCAACGGCTCGGGCAAAACCACTTTGCTGCGTATGTTAGCAGGCTTCAACAAACCAACTGCTGGTCAGGTACTGTGGAATGGCCACGACATCACTAACTCAGGCGTTTTCCATCAGTACAAGCTTCAGCT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057767140.1
MLVRKPPVPRLVLDNVSCMRNAQQILRHVNATLHDGSALVLSGTNGSGKTTLLRMLAGFNKPTAGQVLWNGHDITNSGVFHQYKLQLNWLALKDAIKDKFTVLDNVLWFELLEGKEGNSVPALELMGLGKLVKEKARMLSMGQRKRLQLARLLAMDRPIWLLDEPSVALDGEGVKLLEYIIHGHRKKGGIVICATHLPIAMEDAMVLRLPPRFPRRMTLVDMLDRGGPD

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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