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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G000038

染色体: Chr06 坐标: 322027-325637 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G000038
名称SmilChr06G000038
描述bHLH transcription factor RHL1-like
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向322027 - 325637 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130987581
GeneID130987581
locus_tag-
NCBI NameLOC130987581
原始查询LOC130987581

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述bHLH transcription factor RHL1-like
产物bHLH transcription factor RHL1-like
ArabidopsisAT4G30980 (LRL2)
LJRHL1-like 2 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829223]
identity=48.8; qcov=0.929; evalue=3.1e-69; confidence=high
RiceOs03g0797600 (OsbHLH098)
-
identity=65.4; qcov=0.511; evalue=4.87e-61; confidence=medium
GOGO:0000978 (RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding); GO:0000981 (DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific); GO:0005634 (nucleus); GO:0006357 (regulation of transcription by RNA polymerase II); GO:0046983 (protein dimerization activity)
KEGG-
PfamPF00010 (HLH)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130987581

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057767145.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057767145.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057767145.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057767145.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057767145.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:322391 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B79,B80,C18,C37,D7
Chr6:322451 C CT 1bp_insertion frameshift_variant 40 A18,A19,A2,A20,A23,B103,B107,B114,B123,B129,B133,B16,B2,B23,B30,B32,B34,B51,B52,B58,B63,B65,B83,B88,B93,B97,C13,C17,C20,C24,C27,C38,C4,C49,C5,C73,C77,C8,C84,D1
Chr6:322452 A AT 1bp_insertion frameshift_variant 39 A18,A19,A2,A20,A23,B103,B107,B114,B123,B129,B133,B16,B2,B23,B30,B32,B34,B51,B52,B58,B63,B65,B83,B88,B93,B97,C13,C17,C20,C27,C38,C4,C49,C5,C73,C77,C8,C84,D1
Chr6:322455 A AT 1bp_insertion frameshift_variant 234 A1,A11,A13,A14,A15,A16,A18,A19,A2,A20,A21,A22,A23,A24,A25,A3,A4,A5,A6,A7,A8,A9,B1,B10,B100,B101,B102,B103,B104,B105,B106,B107,B108,B109,B11,B110,B111,B114,B117,B118,B119,B12,B120,B121,B122,B123,B124,B125,B126,B127,B128,B13,B130,B131,B132,B134,B135,B136,B137,B139,B140,B15,B16,B18,B19,B2,B20,B21,B22,B23,B24,B25,B26,B28,B29,B3,B30,B31,B32,B34,B36,B37,B38,B39,B4,B40,B41,B42,B43,B44,B45,B47,B48,B49,B5,B50,B51,B53,B54,B55,B56,B58,B59,B6,B60,B61,B62,B64,B65,B66,B67,B69,B7,B70,B71,B72,B73,B74,B75,B76,B77,B78,B79,B8,B80,B81,B82,B83,B85,B86,B87,B88,B89,B9,B90,B91,B92,B93,B94,B95,B96,B97,B98,B99,C1,C11,C12,C14,C15,C16,C18,C19,C2,C20,C21,C22,C23,C25,C26,C27,C28,C29,C3,C30,C31,C32,C33,C34,C35,C36,C37,C38,C39,C4,C40,C41,C42,C43,C44,C45,C46,C47,C48,C50,C51,C52,C53,C54,C55,C56,C57,C58,C59,C6,C60,C61,C63,C64,C65,C66,C67,C68,C69,C7,C70,C71,C72,C73,C75,C76,C77,C78,C79,C8,C80,C81,C82,C83,C84,C85,C86,C87,C9,D1,D10,D11,D2,D3,D4,D5,D6,D7,D8,D9
Chr6:322470 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B140,B69,B97
Chr6:322479 TG T 1bp_deletion frameshift_variant 247 A1,A11,A13,A14,A15,A16,A18,A19,A2,A20,A21,A22,A23,A24,A25,A3,A4,A5,A6,A7,A8,A9,B1,B10,B100,B101,B102,B103,B104,B105,B106,B107,B108,B109,B11,B110,B111,B113,B114,B115,B117,B118,B119,B12,B120,B121,B122,B123,B124,B125,B126,B127,B129,B13,B130,B131,B132,B133,B134,B135,B137,B138,B139,B14,B140,B15,B16,B18,B19,B2,B20,B21,B22,B23,B24,B25,B26,B27,B28,B29,B3,B30,B31,B32,B34,B35,B36,B37,B38,B39,B4,B40,B41,B42,B43,B44,B45,B47,B48,B49,B5,B50,B51,B53,B54,B55,B56,B58,B59,B6,B60,B61,B62,B63,B64,B65,B66,B67,B68,B69,B7,B70,B71,B72,B73,B74,B75,B76,B77,B78,B79,B8,B80,B81,B82,B83,B84,B85,B86,B87,B88,B89,B9,B90,B91,B92,B93,B94,B95,B96,B97,B99,C1,C10,C11,C12,C13,C14,C15,C16,C17,C18,C19,C2,C20,C21,C22,C23,C24,C25,C26,C27,C28,C29,C3,C30,C31,C32,C33,C34,C35,C37,C38,C39,C4,C40,C41,C42,C43,C44,C45,C46,C47,C48,C49,C5,C50,C51,C52,C53,C54,C55,C56,C57,C58,C59,C6,C60,C61,C63,C64,C65,C66,C67,C68,C69,C7,C70,C71,C72,C73,C74,C75,C76,C77,C78,C79,C8,C80,C81,C82,C83,C84,C85,C86,C87,C9,D1,D10,D11,D2,D3,D4,D5,D6,D7,D8
Chr6:322484 CGG C 2bp_deletion frameshift_variant 245 A1,A11,A13,A14,A15,A16,A18,A19,A2,A20,A21,A22,A23,A24,A25,A3,A4,A5,A6,A7,A8,A9,B1,B10,B100,B101,B102,B103,B104,B105,B106,B107,B108,B109,B11,B110,B111,B113,B114,B115,B117,B118,B119,B12,B120,B121,B122,B123,B124,B125,B127,B129,B13,B130,B131,B132,B134,B135,B137,B138,B139,B14,B140,B15,B16,B18,B19,B2,B20,B21,B22,B23,B24,B25,B26,B27,B28,B29,B3,B30,B31,B32,B34,B35,B36,B37,B38,B39,B4,B40,B41,B42,B43,B44,B45,B47,B48,B49,B5,B50,B51,B53,B54,B55,B56,B57,B58,B59,B6,B60,B61,B62,B63,B64,B65,B66,B67,B68,B7,B70,B71,B72,B73,B74,B75,B76,B77,B78,B79,B8,B80,B81,B82,B83,B84,B85,B86,B87,B88,B89,B9,B90,B91,B92,B93,B94,B95,B96,B97,B99,C1,C10,C11,C12,C13,C14,C15,C16,C17,C18,C19,C2,C20,C21,C22,C23,C24,C25,C26,C27,C28,C29,C3,C30,C31,C32,C33,C34,C35,C37,C38,C39,C4,C40,C41,C42,C43,C44,C45,C46,C47,C48,C49,C5,C50,C51,C52,C53,C54,C55,C56,C57,C58,C59,C6,C60,C61,C63,C64,C65,C66,C67,C68,C69,C7,C70,C71,C72,C73,C74,C75,C76,C77,C78,C79,C8,C80,C81,C82,C83,C84,C85,C86,C87,C9,D1,D10,D11,D2,D3,D4,D5,D6,D7,D8
Chr6:322604 C CT 1bp_insertion frameshift_variant 1 C30
Chr6:322604 C CT 1bp_insertion CDS_variant 1 C30
Chr6:322607 C CGG 2bp_insertion frameshift_variant 6 A23,B106,B131,B137,B61,C59
Chr6:322625 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B30
Chr6:322627 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B73

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057767145.1
311 aa
N
1
156
311
HLH
C
PF00010 HLH 183-228 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057767145.1 Pfam PF00010 HLH Domain 183 228 2.9e-09 37.3 Helix-loop-helix DNA-binding domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057911162.1
GAAATGGCTGAATTATATATATAAAAATAATGAATAATTGATATATACTACAAAGGCCAATAATAATTTATAATCGGGCCTTCAGCGTTACGGATCTAAAAAGGTGGCCCAGCCCGATTCCAGATTCGGGCCATTTTTGGTCGGGTCGAGATCGAGAGCTCATTTTTTGCGCAAAACAAAACATTCCGAAATTCCCGAACCCCAAACATGATACTCTGCTCCCTCGCTGACTTCTACTTCTAATCCTCTCTCTCTCTCTC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130987581
ATGAACAATCTAAACTCACTCATGAACCAGCACCAAATGTCGTCGCTCCATGAAATTCACGATCACTCACAATTCGATCCGCCGTCGTCGCACGACGAGTTCCTCCACCAAATGCTATCCACCACTTCCCCGGCCTCCGCCTTCCCTTGGGGCGGCGACGACCAGCAGCATCAGATCAGCAGCGCTAGAGCCATGCTGCTCCAGCAGCATCAGCTGCTGCTCTCCCGCAGCCTCGCCGCCGCGAACGATCTCCGCTCTCC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057767145.1
MNNLNSLMNQHQMSSLHEIHDHSQFDPPSSHDEFLHQMLSTTSPASAFPWGGDDQQHQISSARAMLLQQHQLLLSRSLAAANDLRSPTEADPGFFPLPRDDRDDVVDGPSFKPAIAENDASIKALFNGFTGSLGQTTNQDQHFPHSQTDSFGVSASAAASQPSAAGQPRQRVRARRGQATDPHSIAERLRRERIAERMKALQELVPNANRTDKASMLDEIIDYVKFLRLQVKVLSTSRLGGAAAVAPLLGDASSQGKKGE...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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