Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr06G000042`

染色体: Chr06 坐标: 356006-357225 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr06G000042`
名称	SmilChr06G000042
描述	calmodulin-binding protein 25-like
染色体 / SeqID	Chr06 / NC_080392.1
坐标与链方向	356006 - 357225 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130987585`
GeneID	`130987585`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130987585`
原始查询	`LOC130987585`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	calmodulin-binding protein 25-like
产物	calmodulin-binding protein 25-like
Arabidopsis	`AT3G56880` (AT3G56880) VQ motif-containing protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:824855] identity=33.9; qcov=1.16; evalue=3.97e-25; confidence=low
Rice	`Os07g0686600` (OsVQ30) - identity=35.6; qcov=0.616; evalue=2.36e-08; confidence=low
GO	GO:0005516 (calmodulin binding); GO:0005634 (nucleus); GO:0006970 (response to osmotic stress)
KEGG	-
Pfam	PF05678 (VQ)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130987585

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057767154.1`
2	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057767154.1`
3	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057767154.1`
4	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057767154.1`
5	Telomere	端粒	0.00000	`XP_057767154.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr6:356258`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B140
`Chr6:356303`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10
`Chr6:356311`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B107
`Chr6:356330`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B104
`Chr6:356345`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D11
`Chr6:356384`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B101
`Chr6:356414`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A16
`Chr6:356416`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B94
`Chr6:356540`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B63
`Chr6:356543`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B107
`Chr6:356546`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B107
`Chr6:356594`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A16

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057767154.1

219 aa

110

219

PF05678 VQ 119-140 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057767154.1`	Pfam	`PF05678`	VQ	Motif	119	140	6.3e-08	32.7	VQ motif

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057911171.1
AAATTTAAACTATACCACAGTCAAAATAAAATGGGCATTGCGTTAATTAAGGATAATTTATTCGCGTAGCTCTGAAAAAATCAATTAATTTATGCCCTTTATATGTTGCATGCCACCTGGCCATATAAACGCGTTTCCTTCTTCACCGTCCTATTTATTCACCTCGCTCTCTCCATTCCTATAAACCTCGCATTTCTCTCTCTTCTTCTTTTTATACTCATGGCTACTACTCTCTCTGACTCATTGCTTCTTCTCTAAAT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130987585
ATGGCGTCTTACGATAATTTGCTGGCGGAGCAGCCCTGGTCCTTCCGCCCGTCGTTTCCCGACACCTGGATTGCCGATCTCTTCACGATGGAAAACGAGACCCTATCGAAGGCGATGCAGGCCTCGATCTCCGGCTGCGCCGCCGCCTCGCCGCACGGCGGCGCCATCTCATCCGGAATGCTTCAACCTGTGTACTCGAAGGCGGACGCGACGCCGGTTCACACGCCGACGGTCTCCGGCGTGTCGGAGAACGAGGCTCT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057767154.1
MASYDNLLAEQPWSFRPSFPDTWIADLFTMENETLSKAMQASISGCAAASPHGGAISSGMLQPVYSKADATPVHTPTVSGVSENEALVSKQRRRGCGVPPIGGGRVAKRKSRPSKRAAATTFYAADPENFMRMVQQVTGMRIGGATERLACAAAVSRPEPRRAADGFPTLDTSAAFMLGSSASSLVSTSYAAAAGDGGAAEHYFDSLCSFPTLESWEAV

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器