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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G000053

染色体: Chr06 坐标: 428399-431287 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G000053
名称SmilChr06G000053
描述uncharacterized SmilChr06G000053
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向428399 - 431287 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130987596
GeneID130987596
locus_tag-
NCBI NameLOC130987596
原始查询LOC130987596

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述Aminotransferase-like, plant mobile domain family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831969]; symbol=AT5G18510; hit=AT5G18510; species=arabidopsis; confidence=weak
产物Aminotransferase-like, plant mobile domain family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831969]; symbol=AT5G18510; hit=AT5G18510; species=arabidopsis; confidence=weak
ArabidopsisAT5G18510 (AT5G18510)
Aminotransferase-like, plant mobile domain family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831969]
identity=21.3; qcov=0.498; evalue=3.29e-10; confidence=weak
RiceOs03g0565300
-
identity=23.6; qcov=0.295; evalue=1.56e-06; confidence=weak
GO-
KEGG-
PfamPF10536 (PMD)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130987596

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057767167.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057767167.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057767167.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057767167.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057767167.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:428913 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B35
Chr6:429007 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B83
Chr6:429083 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B83,C11
Chr6:429207 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D6
Chr6:429345 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B44,B85,C55
Chr6:429383 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C4
Chr6:429386 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A5,B140,B99
Chr6:429791 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr6:429816 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B45
Chr6:429978 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C9
Chr6:430290 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C49
Chr6:430849 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B134

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057767167.1
877 aa
N
1
438
877
PMD
C
PF10536 PMD 309-552 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057767167.1 Pfam PF10536 PMD Domain 309 552 6e-28 98.7 Plant mobile domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057911184.1
TAAGTCTGGATGTGTTGCTTCCTTGCAGTGTCACGATGGTGGTCTTCAAAGATATTGTGGTCAAGGGTCAAGACTATTTGCTGATTTTGAGTGATGATGAGCAAGAGACGGAAATGGGCATGCATCTAAGAGTATTTCCGGCATTGATAGGCCACTATGTGAAACCTTGGCCCAAACTTTTGAATTCTCTATATCAGTCGGAATGGACCAGCGAGATCAGTTTGAACAAAGCGTCGAAGGCTCATACATTGCATCCGGCC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130987596
ATGGTGGTCTTCAAAGATATTGTGGTCAAGGGTCAAGACTATTTGCTGATTTTGAGTGATGATGAGCAAGAGACGGAAATGGGCATGCATCTAAGAGTATTTCCGGCATTGATAGGCCACTATGTGAAACCTTGGCCCAAACTTTTGAATTCTCTATATCAGTCGGAATGGACCAGCGAGATCAGTTTGAACAAAGCGTCGAAGGCTCATACATTGCATCCGGCCCGTCCTTGGCAAAGCAAGGAATCCAATTTTCTATT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057767167.1
MVVFKDIVVKGQDYLLILSDDEQETEMGMHLRVFPALIGHYVKPWPKLLNSLYQSEWTSEISLNKASKAHTLHPARPWQSKESNFLLTLRRRIIDKDAKWGRVTSFRGEFHFFEGYWEWTEDILSRCGNELRVVGIYDAVYASLFTYDCQPEMVKAFCEAWCPATNTILTSSGEMSISLWDLQYLSGLPCTGTLYDEVVPCAKEILGKDQFGNPFIPLSCRYLFSAYYSLKHRDGKDPKSSVSIDEWIKFWSKKASKYSH...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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