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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G000055

染色体: Chr06 坐标: 443432-445535 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G000055
名称SmilChr06G000055
描述eukaryotic translation initiation factor 5A-2-like
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向443432 - 445535 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130987599
GeneID130987599
locus_tag-
NCBI NameLOC130987599
原始查询LOC130987599

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述eukaryotic translation initiation factor 5A-2-like
产物eukaryotic translation initiation factor 5A-2-like
ArabidopsisAT1G13950 (ELF5A-1)
eukaryotic elongation factor 5A-1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:837955]
identity=88.7; qcov=0.994; evalue=8.77e-102; confidence=high
RiceOs07g0597000 (P0453E05.118)
-
identity=93.8; qcov=1; evalue=1.05e-108; confidence=high
GOGO:0003723 (RNA binding); GO:0003746 (translation elongation factor activity); GO:0043022 (ribosome binding); GO:0045901 (positive regulation of translational elongation); GO:0045905 (positive regulation of translational termination)
KEGG-
PfamPF01287 (eIF-5a); PF21485 (IF5A-like_N)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130987599

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057767169.1
2 Nucleus 细胞核 0.80000 XP_057767169.1
3 Cytosol 细胞质基质 0.60000 XP_057767169.1
4 Nucleoplasm 核质 0.20000 XP_057767169.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057767169.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:443596 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B107,B34,C50

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057767169.1
160 aa
N
1
80
160
IF5A-like_N
eIF-5a
C
PF21485 IF5A-like_N 17-79 aa PF01287 eIF-5a 85-154 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057767169.1 Pfam PF21485 IF5A-like_N Domain 17 79 2.9e-37 127.0 Translation initiation factor 5A-like, N-terminal
XP_057767169.1 Pfam PF01287 eIF-5a Domain 85 154 3.8e-28 98.1 Eukaryotic elongation factor 5A hypusine, DNA-binding OB fold

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057911186.1
ACGTAAAATACGTATCCGAATTTAGTTCTACTAATGCACATAGTTAAAAAAAAATAAAAAATAAAAAATAAAAATTATGAATATATTATCTAAAAAGTCTTTCTTGAAACAGCGAAACAAGGTTGAGAGAGAGAAAAAAAAATGTCGGACGAGGAGCATCAGTTCGAGTCGAAGGCCGACGCCGGTGCTTCAAAAACCTACCCTCAGCAAGCTGGCACCATCCGCAAAAATGGGTACATAGTTATCAAAGGGAGGCCTTG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130987599
ATGTCGGACGAGGAGCATCAGTTCGAGTCGAAGGCCGACGCCGGTGCTTCAAAAACCTACCCTCAGCAAGCTGGCACCATCCGCAAAAATGGGTACATAGTTATCAAAGGGAGGCCTTGCAAGGTCGTTGAAGTCTCTACTTCGAAGACTGGCAAGCATGGACATGCTAAGTGTCACTTTGTGGCGATCGACATATTTAATGGCAAAAAGCTTGAAGACATTGTCCCGTCCTCCCACAACTGTGATGTGCCTCATGTCAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057767169.1
MSDEEHQFESKADAGASKTYPQQAGTIRKNGYIVIKGRPCKVVEVSTSKTGKHGHAKCHFVAIDIFNGKKLEDIVPSSHNCDVPHVNRTDYQLIDISEDGFVSLLTENGNTKDDLRLPTDDSLLGPIKSGFEEGKDLVVSVMSAMGEEQICGLKDIGPKN

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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