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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G000059

染色体: Chr06 坐标: 486730-491477 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G000059
名称SmilChr06G000059
描述transcriptional regulator STERILE APETALA-like
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向486730 - 491477 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130987607
GeneID130987607
locus_tag-
NCBI NameLOC130987607
原始查询LOC130987607

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog
描述transcriptional regulator STERILE APETALA-like
产物transcriptional regulator STERILE APETALA-like
ArabidopsisAT5G35770 (SAP)
Transducin/WD40 repeat-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:833556]
identity=55.1; qcov=0.993; evalue=3.84e-158; confidence=high
Rice-
-
GOGO:0005515 (protein binding); GO:0030687 (preribosome, large subunit precursor)
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130987607

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057767181.1
2 Nucleus 细胞核 0.60000 XP_057767181.1
3 Cytosol 细胞质基质 0.40000 XP_057767181.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057767181.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057767181.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:487222 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B69
Chr6:487317 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B127,B94
Chr6:487365 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B107,B122,B55,C32,C68
Chr6:487417 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B127,B94
Chr6:487426 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A8,B107,C51
Chr6:487456 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B107,B122,C2,C68
Chr6:487468 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A3
Chr6:487486 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B56
Chr6:487632 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C11,C69
Chr6:487669 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B10,B17
Chr6:487675 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr6:487992 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057911198.1
CGATGGGACAGATAATTCCGAAACGTGTTTGCTCGTGGAATGACTATATATCCCATGCTATAATATAATATTGTTAATACACATACCAAAATTTAATACTCCAACATGAGGGAAGTTGTTCTCGTTTATGTTAGTTATATACTCCTATTTCAATTCAAACCAATTCACACAACACAACACCACAAACAAGCCTTGAAACTCGACAACACACACCCAATTTTGGGGCCCCCTCATTTCGTGTGCGTCTCCATCTCCCTTTT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130987607
ATGTCAACTTCTTCCTCATCCACCTCCACACAAGGAGGAGACGGCGGCGGCGAGCCGCCGTCATCCTCCCGCAGCAGGCTGAGGTCCAGCAATGGCGTTTGGCCCGAGCCATTCCTCGAAGCCCTCGCGCTCCACGTCGCCGTCGACGCTTCTCGCGCCATCGGCCGCCTCGCTGCTGCTCAAGCCCTCTCCAACATCTTTCAGGTGTGCTCGACGTGGCGAGCCATATCGCGGTCCGATCTTCTGTGGCGAAACCTCGC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057767181.1
MSTSSSSTSTQGGDGGGEPPSSSRSRLRSSNGVWPEPFLEALALHVAVDASRAIGRLAAAQALSNIFQVCSTWRAISRSDLLWRNLARRIWNVRELLHRESWREEFVYRHRTAANFRSRRYDHTTLHFVPTDNNNNDDDGLRCRRLALSDHHLAAGFSDGAVHLFHIPSRLHLSTFYPQHRDRLGRFSSAVSGIILSDARLVFATLDGDIHMAAVNAAAPLRRAHLGDVVNDGALVDFAGCNRWWVGLYAGVPRRAFHIW...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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