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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G000073

染色体: Chr06 坐标: 558431-560792 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G000073
名称SmilChr06G000073
描述uncharacterized SmilChr06G000073
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向558431 - 560792 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130987617
GeneID130987617
locus_tag-
NCBI NameLOC130987617
原始查询LOC130987617

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述Transducin/WD40 repeat-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836421]; symbol=AT5G63010; hit=AT5G63010; species=arabidopsis; confidence=high
产物Transducin/WD40 repeat-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836421]; symbol=AT5G63010; hit=AT5G63010; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT5G63010 (AT5G63010)
Transducin/WD40 repeat-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836421]
identity=61.9; qcov=0.991; evalue=1.21e-154; confidence=high
RiceOs04g0507900 (OsWD40-102)
-
identity=56.9; qcov=0.997; evalue=4.03e-136; confidence=high
GOGO:0005515 (protein binding)
KEGG-
PfamPF00400 (WD40)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130987617

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057767197.1
2 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057767197.1
3 Nucleoplasm 核质 0.80000 XP_057767197.1
4 Nucleus 细胞核 0.60000 XP_057767197.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057767197.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:558804 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B106,B64,B98,C81
Chr6:558846 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B108,D11
Chr6:558881 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr6:558966 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C74
Chr6:558976 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr6:558982 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B114,B47,C63
Chr6:559985 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 C5,C85,D9
Chr6:560018 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr6:560084 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B41,B66,B94,D2
Chr6:560108 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C74
Chr6:560126 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B114,B47,C63
Chr6:560131 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C29

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057767197.1
347 aa
N
1
174
347
WD40
WD40
C
PF00400 WD40 156-192 aa PF00400 WD40 205-238 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057767197.1 Pfam PF00400 WD40 Repeat 156 192 9.4e-15 55.1 WD domain, G-beta repeat
XP_057767197.1 Pfam PF00400 WD40 Repeat 205 238 9.4e-15 55.1 WD domain, G-beta repeat

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057911214.1
TTTATTTAATAAGATATTGGCCCATTTTCAACCTCCCTTCTTCACCAACTGAAAGTCTGAAACAGCCGTCGTCGTCTTCATCTCCAATTTGCAGAGTGACAGAACTCATTGTTCTTCAACTTCAACTTCAACCTCTTCTGCCTTCGGACGGTGCTTCAGCGGCGCAACTCGACGTTGCGAGAGGTGCATCAATGGACGTGGGGCATTGCTTCTTAGACGGGAGCGCAGATGCCGTGGAGTTTTGTGGGCATGAGTCGTAT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130987617
ATGGACGTGGGGCATTGCTTCTTAGACGGGAGCGCAGATGCCGTGGAGTTTTGTGGGCATGAGTCGTATCACAACGTGCTTGCCGCCTCCACTTACGTGCTTGAAGAGGGCGATCGCCCCACTCGATCGGGGAGCATTACGCTCTTCGATGTAGATGCTGATGCGGGGCGGCTTCAGTTGATTCAGAAATTAGAGACAGCAGGGATTTTCGATATCAAATGGAGCCCGGGGCTCGTCGGCACCCCTTTGCTTGCTCAAGC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057767197.1
MDVGHCFLDGSADAVEFCGHESYHNVLAASTYVLEEGDRPTRSGSITLFDVDADAGRLQLIQKLETAGIFDIKWSPGLVGTPLLAQADAHGCVKLYSLPCSAELNSSCLTEVQGKCISSSMCLCIDWNPPATSMAVGLSDGSVSIVSLDESQLNILQEWKAHDFELWAASFDIQQPMLIYTGSDDCKFSCWDLRQDPSQLVFQNTKAHKMGVCCIAKSPHDPNVLLTGSYDEHLRIWDTRSTSRPVSESSICLGGGVWRV...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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