Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr06G000127`

染色体: Chr06 坐标: 895623-896349 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr06G000127`
名称	SmilChr06G000127
描述	pathogenesis-related protein PR-1
染色体 / SeqID	Chr06 / NC_080392.1
坐标与链方向	895623 - 896349 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130987673`
GeneID	`130987673`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130987673`
原始查询	`LOC130987673`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	pathogenesis-related protein PR-1
产物	pathogenesis-related protein PR-1
Arabidopsis	`AT4G25780` (AT4G25780) CAP (Cysteine-rich secretory proteins, Antigen 5, and Pathosis-related 1 protein) superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:828683] identity=55.4; qcov=0.968; evalue=1.02e-72; confidence=high
Rice	`Os02g0786900` (OsPR1#022) - identity=53.8; qcov=1.05; evalue=3.62e-66; confidence=high
GO	GO:0005576 (extracellular region); GO:0005615 (GO:0005615)
KEGG	-
Pfam	PF00188 (CAP)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130987673

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Vacuole	液泡	0.60000	`XP_057767263.1`
2	Secreted	分泌到胞外	0.40000	`XP_057767263.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057767263.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057767263.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057767263.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr6:895717`	`GCC`	`G`	2bp_deletion	frameshift_variant	122	A10,A15,A2,A22,A3,A8,A9,B10,B101,B102,B104,B105,B107,B11,B110,B111,B114,B119,B12,B122,B125,B13,B131,B134,B136,B137,B138,B139,B14,B16,B21,B24,B26,B27,B29,B3,B31,B34,B37,B4,B42,B43,B44,B45,B46,B48,B51,B54,B55,B56,B57,B59,B62,B63,B64,B65,B67,B68,B69,B7,B70,B76,B77,B8,B83,B85,B86,B89,B90,B91,B92,B93,B95,B96,B99,C1,C13,C16,C18,C19,C2,C20,C22,C24,C25,C28,C29,C32,C34,C35,C37,C38,C40,C45,C46,C49,C5,C56,C59,C6,C60,C61,C64,C65,C66,C68,C7,C71,C73,C76,C81,C82,C83,C84,C86,C87,D1,D3,D6,D7,D8,D9
`Chr6:895883`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B38,B39,C53

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057767263.1

190 aa

190

CAP

PF00188 CAP 57-178 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057767263.1`	Pfam	`PF00188`	CAP	Domain	57	178	2.7e-20	74.1	Cysteine-rich secretory protein family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057911280.1
TACCAACCATTACTTTTCCATAATTCAAAAAAATGAAGCTCAACATGCTTCTTTTCCTTTTGATCACCATCACCATCACCACAACCACCCTGCCGCCGCCGCCGCCGGCGGCCAGCGGGAAGCCGCCGAGCAACGAGACGGTATACAGAATCTCGCAAGGCCTCTGCTGGAGCTGCGTGGGAGACGCCATAGAGTTCTTGTACGGGCACAACTTGGTGCGGGCAAGGAAGATGCAGCTGCCCCTGCGGTGGGATTCCGGG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130987673
ATGAAGCTCAACATGCTTCTTTTCCTTTTGATCACCATCACCATCACCACAACCACCCTGCCGCCGCCGCCGCCGGCGGCCAGCGGGAAGCCGCCGAGCAACGAGACGGTATACAGAATCTCGCAAGGCCTCTGCTGGAGCTGCGTGGGAGACGCCATAGAGTTCTTGTACGGGCACAACTTGGTGCGGGCAAGGAAGATGCAGCTGCCCCTGCGGTGGGATTCCGGGCTGGCCGGGTACGCGGCGTGGTGGGCCGGGCA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057767263.1
MKLNMLLFLLITITITTTTLPPPPPAASGKPPSNETVYRISQGLCWSCVGDAIEFLYGHNLVRARKMQLPLRWDSGLAGYAAWWAGQRRGDCAAVHSFPEGGFTLGENIYWGSGQGWTAMDAVGAWADEERYYDYGSNSCAAGRMCGHYTQIVWGSTRSVGCARVVCDAGDVFMTCNYSPPGNYVGERPY

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器