Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr06G000134`

染色体: Chr06 坐标: 936349-945061 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr06G000134`
名称	SmilChr06G000134
描述	cell division cycle protein 27 homolog B
染色体 / SeqID	Chr06 / NC_080392.1
坐标与链方向	936349 - 945061 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130987676`
GeneID	`130987676`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130987676`
原始查询	`LOC130987676`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	cell division cycle protein 27 homolog B
产物	cell division cycle protein 27 homolog B
Arabidopsis	`AT2G20000` (HBT) CDC27 family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:816519] identity=67.6; qcov=0.996; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os06g0622500` (APC3) - identity=66.2; qcov=0.474; evalue=3.25e-173; confidence=medium
GO	GO:0005515 (protein binding); GO:0051301 (cell division)
KEGG	smil04120 (Ubiquitin mediated proteolysis - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF07719 (TPR_2); PF12895 (ANAPC3); PF13181 (TPR_8); PF13432 (TPR_16); PF14559 (TPR_19)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130987676

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057767268.1`
2	Nucleus membrane	核膜	0.20000	`XP_057767268.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057767268.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057767268.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057767268.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr6:936902`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B139
`Chr6:937001`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B119,B17,C15
`Chr6:937051`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B25,B27,D11
`Chr6:937553`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B32,C5,D9
`Chr6:938250`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B104,B84
`Chr6:938273`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A19,C37,C61,D3
`Chr6:939101`	`CA`	`C`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	B51
`Chr6:939101`	`CA`	`C`	1bp_deletion	CDS_variant	1	B51
`Chr6:939104`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D11
`Chr6:939136`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B104,B84
`Chr6:939172`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B119
`Chr6:939198`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B109,B12,B32,B89,C26

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057767268.1

756 aa

378

756

ANAPC3

TPR_2

TPR_8

TPR_16

TPR_19

TPR_8

PF12895 ANAPC3 15-87 aa PF07719 TPR_2 100-131 aa PF13181 TPR_8 103-131 aa PF13181 TPR_8 528-558 aa PF13432 TPR_16 568-612 aa PF14559 TPR_19 640-706 aa PF13181 TPR_8 698-728 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057767268.1`	Pfam	`PF12895`	ANAPC3	Repeat	15	87	3.3e-23	82.5	Anaphase-promoting complex, cyclosome, subunit 3
`XP_057767268.1`	Pfam	`PF07719`	TPR_2	Repeat	100	131	1.8e-28	96.9	Tetratricopeptide repeat
`XP_057767268.1`	Pfam	`PF13181`	TPR_8	Repeat	103	131	2e-24	84.3	Tetratricopeptide repeat
`XP_057767268.1`	Pfam	`PF13181`	TPR_8	Repeat	528	558	2e-24	84.3	Tetratricopeptide repeat
`XP_057767268.1`	Pfam	`PF13432`	TPR_16	Repeat	568	612	9.6e-10	39.4	Tetratricopeptide repeat
`XP_057767268.1`	Pfam	`PF14559`	TPR_19	Repeat	640	706	2.6e-14	54.0	Tetratricopeptide repeat
`XP_057767268.1`	Pfam	`PF13181`	TPR_8	Repeat	698	728	2e-24	84.3	Tetratricopeptide repeat

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057911285.1
CATCATTCTTCTTAAACCCTAATTCCCCTTCTCCCTCGTCTGCATCTTCAGTTCCAGAGTTTGCATCTTCAATTCCAGAGTTTGGGGAAACAACAGCAGATTCAAGAAAAGTGTTTGCATTGGCGGGTCGGCCAAGATGGAGGCCATACTTACAGATTGTGTGCGCAACAGCCTCCAGCAACTAATGTACCGAAATGCAATTTTCATGTGCGAGCGCCTTTGTGCTGAATTTCCTTCTGAGAAAAACCTACAACTGCTTG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130987676
ATGGAGGCCATACTTACAGATTGTGTGCGCAACAGCCTCCAGCAACTAATGTACCGAAATGCAATTTTCATGTGCGAGCGCCTTTGTGCTGAATTTCCTTCTGAGAAAAACCTACAACTGCTTGCTAGCTGTTATTTGCAAAACAATCAAGCACACTGTGCTTATCACATTTTGAAGGGAACACATATAGCTGAATGCCGCTATTTGTTTGCTCTGGCGTGCTTCCAGATGGATCTTTTGAATGAAGCAGAAACAGCGTT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057767268.1
MEAILTDCVRNSLQQLMYRNAIFMCERLCAEFPSEKNLQLLASCYLQNNQAHCAYHILKGTHIAECRYLFALACFQMDLLNEAETALSPNESSVEVPNGAAGHFLLGLVYRYTDRKQSAINHFNQALSLDPLLWAAYEELCILGAAEEATLVFDDGASLFIQKQYLHRGLTSQSSQATNEDHEITSNRTSVSDDVSPRKLKHTYGNNQREISGNCYGTTSNQPPHGGPTSLPFYNTPSPMAAQSQLSGVAPPPLCRNAQP...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器