Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr06G000140`

染色体: Chr06 坐标: 990771-994092 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr06G000140`
名称	SmilChr06G000140
描述	mitochondrial outer membrane protein porin 4
染色体 / SeqID	Chr06 / NC_080392.1
坐标与链方向	990771 - 994092 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130987684`
GeneID	`130987684`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130987684`
原始查询	`LOC130987684`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	mitochondrial outer membrane protein porin 4
产物	mitochondrial outer membrane protein porin 4
Arabidopsis	`AT5G57490` (VDAC4) voltage dependent anion channel 4 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835853] identity=58.3; qcov=1; evalue=4.92e-120; confidence=high
Rice	`Os03g0137500` (OSVDAC6) - identity=58.7; qcov=1; evalue=2.6e-119; confidence=high
GO	GO:0005741 (mitochondrial outer membrane); GO:0008308 (voltage-gated monoatomic anion channel activity); GO:0098656 (monoatomic anion transmembrane transport)
KEGG	-
Pfam	PF01459 (Porin_3)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130987684

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Mitochondrion	线粒体	1.00000	`XP_057767276.1`
2	Mitochondrion outer membrane	线粒体外膜	1.00000	`XP_057767276.1`
3	Mitochondrion membrane	线粒体膜	0.80000	`XP_057767276.1`
4	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057767276.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057767276.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr6:992032`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B63,B81,C42
`Chr6:992362`	`T`	`TTG`	2bp_insertion	frameshift_variant	212	A1,A13,A14,A15,A16,A18,A19,A21,A23,A24,A25,A3,A4,A5,A6,A7,A9,B1,B10,B101,B102,B103,B105,B106,B107,B108,B11,B110,B111,B112,B113,B114,B115,B117,B118,B119,B12,B120,B121,B122,B123,B124,B125,B126,B127,B129,B13,B131,B133,B134,B135,B136,B137,B138,B139,B140,B16,B19,B2,B21,B22,B23,B24,B25,B26,B27,B28,B29,B3,B30,B31,B32,B33,B35,B36,B37,B4,B42,B43,B44,B46,B47,B48,B49,B5,B50,B51,B52,B53,B54,B55,B57,B58,B59,B6,B60,B61,B62,B63,B64,B66,B67,B68,B69,B7,B70,B71,B73,B74,B75,B76,B77,B78,B79,B8,B80,B81,B82,B83,B85,B86,B87,B89,B9,B90,B92,B93,B94,B95,B98,B99,C10,C11,C12,C14,C16,C17,C18,C20,C21,C22,C23,C24,C25,C26,C27,C29,C3,C31,C32,C33,C34,C35,C36,C38,C39,C4,C40,C41,C42,C43,C44,C45,C46,C49,C5,C50,C51,C52,C53,C54,C55,C57,C58,C59,C60,C61,C62,C63,C64,C65,C66,C67,C68,C69,C70,C71,C72,C73,C74,C75,C76,C77,C78,C79,C80,C81,C83,C84,C86,C87,C9,D1,D10,D2,D3,D4,D5,D6,D7,D8,D9
`Chr6:992417`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B57
`Chr6:993371`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B63,B81,C42
`Chr6:993536`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A20,B46,B51
`Chr6:993644`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B27,C15
`Chr6:993672`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A24,C4

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057767276.1

275 aa

138

275

Porin_3

PF01459 Porin_3 4-268 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057767276.1`	Pfam	`PF01459`	Porin_3	Family	4	268	1.1e-66	225.7	Eukaryotic porin

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057911293.1
ATAAGTGAACAGCTCAGCCCATCTCAAGCTCACAGCCGCGTGATTTTATCAGATTTATTCTCTATAGTTTCTGACCTGGTTTTTAACTCCTCCTAAAACCCTCGGCTTTCCCTCTCCTCTCTCTCTCTAAAGCTCGCACGGATTCCATCGTAATCGGCGTCTTCGCCTCAGGTCGCTGCTAGTCGGCGATCGCAGTCTTCCTCCAACTGCTGCTGAACATTTGGTTTTTGTGTGACGAAGAGGCAATGGGCAACGGTCCA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130987684
ATGGGCAACGGTCCAGCTCCCTTTTCAGAAATTGGCAAGCGAGCAAGAGATCTCTTGACCAAAGATTACAATTATGATCAGAAATTCTCCATTGCAATCCCAAGCTCTACTGGAATGGGATTTACAGCTACTGGAGTGAAGAAGGGTCAAATCTTTGTTGGTGATATAAGCACACAGTACAGAAGTGGGAAAACAATTGTTGATGTCAAAGTTGATACATACTCTAATGTTTCTACCAAAGTGACTTATGATGTAGTGCC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057767276.1
MGNGPAPFSEIGKRARDLLTKDYNYDQKFSIAIPSSTGMGFTATGVKKGQIFVGDISTQYRSGKTIVDVKVDTYSNVSTKVTYDVVPGTKAAVSFNVPDHKSGKLDVHYLHHHAAINSSIGLNPSPLLEVSAAIGSKDIAIGGEIGFDTSSSSFTKYNAGISFNKHDFSAALLLTDKGQTVKASYAHVVNPLTGTEVAAEMTHRLSSFQNSFSLGSVHKIDPSTLVKTRFSDDGKVAISSQREWRPKSLVTFSAEYDTKS...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器