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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G000144

染色体: Chr06 坐标: 1008096-1010506 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G000144
名称SmilChr06G000144
描述uncharacterized SmilChr06G000144
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向1008096 - 1010506 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130987686
GeneID130987686
locus_tag-
NCBI NameLOC130987686
原始查询LOC130987686

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述muniscin carboxy-terminal mu-like domain protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835851]; symbol=AT5G57460; hit=AT5G57460; species=arabidopsis; confidence=high
产物muniscin carboxy-terminal mu-like domain protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835851]; symbol=AT5G57460; hit=AT5G57460; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT5G57460 (AT5G57460)
muniscin carboxy-terminal mu-like domain protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835851]
identity=67.6; qcov=1.04; evalue=0; confidence=high
RiceOs08g0243900
-
identity=57.2; qcov=1.03; evalue=0; confidence=high
GO-
KEGG-
PfamPF10291 (muHD)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130987686

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Clathrin-coated vesicle Clathrin-coated vesicle 1.00000 XP_057767278.1
2 Golgi apparatus 高尔基体 1.00000 XP_057767278.1
3 Trans-golgi network Trans-golgi network 1.00000 XP_057767278.1
4 Cytoplasmic vesicle 细胞质囊泡 0.40000 XP_057767278.1
5 Endocytic vesicle Endocytic vesicle 0.40000 XP_057767278.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:1008386 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C36
Chr6:1008415 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr6:1008490 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B46,C13,C53
Chr6:1008665 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A3,C81
Chr6:1008797 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C13
Chr6:1008983 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B46,C53,C56,C65
Chr6:1009223 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B120,B136,C36,C53,D1
Chr6:1009307 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B45
Chr6:1009325 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr6:1009356 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B63,B68,B81,C42,C51
Chr6:1009567 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C14
Chr6:1009814 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B120,B136,B49,C53

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057767278.1
631 aa
N
1
316
631
muHD
C
PF10291 muHD 395-609 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057767278.1 Pfam PF10291 muHD Domain 395 609 2.7e-11 44.2 Muniscin C-terminal mu homology domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057911295.1
CAAAATCCATGGTAAGTTTCAATCGTCTGAAGCAGCCAGTAAAACACCTTCCGCATCTGATTTGTACCACCTGCACTATAAACTTGTACATTTCTCCCCGATCCGCGACGCCGCCGCCGGAAAATCACTGATCTCCAGCTCCGGAGACTCCTCCGCCACCTGAATCCTCACATTTCGAATTCATAATTCTCTTCGCTGGGAAAACCAAAAACCCCCAATTCCAAACCTCCCCCAATCTGAATCAGTCGATCCGCAACCGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130987686
ATGTCGTGTTTAGCCCTAGCTCTTCAACCCGCAAATGGGCCCGACATACTGCTCCAGACGCGGGAGTGGTTCCCTCCTTCGCGCGCGCTCGTGGCTCTTTCCGCCTTCCGCGGGACCCGCCACTCCTTCGCGAAGAATCAGCAGCACACCGCCGATCCCTCCGCCGATTCTCTCGGCGACGATCCGCTGGCTGCCTCATCCGGCCAGGTGATTGTCGGCGCCGAGTCGCGCTATCGCGTTGTGTACCGTCTAGTTAATTC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057767278.1
MSCLALALQPANGPDILLQTREWFPPSRALVALSAFRGTRHSFAKNQQHTADPSADSLGDDPLAASSGQVIVGAESRYRVVYRLVNSIYVLGVTTIDDSNNNVFECIHIVNQAVSVIVTACRGVDVTPEKLGKKYAEVYMALDIVLRGVSSIRLAAMLASMHGEGIAKMVHSAVQTESKIRGADSWGSVEPQAADHEAGVESFSQASFELPAETLEAGDEVAATLAIIQPVEEKELPKVEEAEEEKDPFAASDRISKPEE...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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