Red Sage Omics 丹参基因组信息平台
首页 基因查询 ID 对照表 功能注释 结构域预测 Pfam 基因组工具 蛋白互作 亚细胞定位 表达量 共表达 同源/共线性 GO/KEGG 注释 TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变 JBrowse BLAST 下载 关于 帮助
数据资源
ID 对照表 功能注释 功能检索 次生代谢专题 文献证据 结构域预测 Pfam 同源/共线性
分析工具
基因组工具 引物设计 同源重组引物设计 核酸翻译 BLAST 蛋白互作 亚细胞定位 共表达 GO/KEGG 注释 功能检索
调控/突变
TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变
帮助
关于 帮助 资源与版本
中文 EN

Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G000150

染色体: Chr06 坐标: 1049420-1052328 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G000150
名称SmilChr06G000150
描述uncharacterized SmilChr06G000150
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向1049420 - 1052328 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130987692
GeneID130987692
locus_tag-
NCBI NameLOC130987692
原始查询LOC130987692

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述ribosomal RNA processing-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832182]; symbol=AT5G20600; hit=AT5G20600; species=arabidopsis; confidence=medium
产物ribosomal RNA processing-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832182]; symbol=AT5G20600; hit=AT5G20600; species=arabidopsis; confidence=medium
ArabidopsisAT5G20600 (AT5G20600)
ribosomal RNA processing-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832182]
identity=42.5; qcov=0.976; evalue=9.83e-127; confidence=medium
RiceOs04g0658600
-
identity=41.3; qcov=0.967; evalue=5.36e-106; confidence=medium
GOGO:0005634 (nucleus); GO:0006364 (rRNA processing); GO:0030687 (preribosome, large subunit precursor); GO:0030688 (preribosome, small subunit precursor)
KEGG-
PfamPF05997 (Nop52)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130987692

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057767291.1
2 Nucleolus 核仁 1.00000 XP_057767291.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057767291.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057767291.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057767291.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:1050516 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B41
Chr6:1050734 AGC * 2bp_deletion CDS_variant 3 B7,C12,C52
Chr6:1050762 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B45
Chr6:1050813 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B10,C8,D10,D4
Chr6:1050867 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B26
Chr6:1050873 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B13,C32,C49,C68
Chr6:1050886 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A2,C1
Chr6:1051355 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B130
Chr6:1051417 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr6:1051431 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A22,C47
Chr6:1051982 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A4,B46,B8,C21,C35
Chr6:1052139 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B4

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057767291.1
583 aa
N
1
292
583
Nop52
C
PF05997 Nop52 21-237 aa
XP_057767292.1
583 aa
N
1
292
583
Nop52
C
PF05997 Nop52 21-237 aa
XP_057767293.1
583 aa
N
1
292
583
Nop52
C
PF05997 Nop52 21-237 aa
XP_057767294.1
583 aa
N
1
292
583
Nop52
C
PF05997 Nop52 21-237 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057767291.1 Pfam PF05997 Nop52 Family 21 237 4e-64 217.4 Nucleolar protein,Nop52
XP_057767292.1 Pfam PF05997 Nop52 Family 21 237 4e-64 217.4 Nucleolar protein,Nop52
XP_057767293.1 Pfam PF05997 Nop52 Family 21 237 4e-64 217.4 Nucleolar protein,Nop52
XP_057767294.1 Pfam PF05997 Nop52 Family 21 237 4e-64 217.4 Nucleolar protein,Nop52

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

4 records

下载 cDNA FASTA
XM_057911309.1
ATTGAAAATCTCAAACGCTGAAACAAAAGCCCTAAAATCCGCAAACCCTCAAAAACCCTAACCCGCCCCCTTTCAAAAATTCCTGTAGTTTTTTTCTCTCCACACACCGCCACCATTAATCCTCCATGAAGAAGAGAAGTCGGGAGCCCAAACCCTTGATTCCAGCTCTCGCCGCCGCCACCGGCCCCACCCTGATCAAGCACTTGGCGTCGTGCAGTACCGCCGTCAGATCTCAATCTCTGCGGCTGCTTCAGTCGTGG...
XM_057911308.1
ATTGAAAATCTCAAACGCTGAAACAAAAGCCCTAAAATCCGCAAACCCTCAAAAACCCTAACCCGCCCCCTTTCAAAAATTCCTGTAGTTTTTTTCTCTCCACACACCGCCACCATTAATCCTCCATGAAGAAGAGAAGTCGGGAGCCCAAACCCTTGATTCCAGCTCTCGCCGCCGCCACCGGCCCCACCCTGATCAAGCACTTGGCGTCGTGCAGTACCGCCGTCAGATCTCAATCTCTGCGGCTGCTTCAGTCGTGG...

CDS

4 records

下载 CDS FASTA
LOC130987692
ATGAAGAAGAGAAGTCGGGAGCCCAAACCCTTGATTCCAGCTCTCGCCGCCGCCACCGGCCCCACCCTGATCAAGCACTTGGCGTCGTGCAGTACCGCCGTCAGATCTCAATCTCTGCGGCTGCTTCAGTCGTGGCTCGCCGCCCAATCGCAGCAGCTCTCCGACTCAGACATTAAGAAGCTGTGGAAAGGCCTCTTTTACTGCCTATGGCACGCGGACAAGACCCCCAATCAGGTCGCTCTAATCGATCGGCTGATTTC...
LOC130987692
ATGAAGAAGAGAAGTCGGGAGCCCAAACCCTTGATTCCAGCTCTCGCCGCCGCCACCGGCCCCACCCTGATCAAGCACTTGGCGTCGTGCAGTACCGCCGTCAGATCTCAATCTCTGCGGCTGCTTCAGTCGTGGCTCGCCGCCCAATCGCAGCAGCTCTCCGACTCAGACATTAAGAAGCTGTGGAAAGGCCTCTTTTACTGCCTATGGCACGCGGACAAGACCCCCAATCAGGTCGCTCTAATCGATCGGCTGATTTC...

Protein

4 records

下载 Protein FASTA
XP_057767291.1
MKKRSREPKPLIPALAAATGPTLIKHLASCSTAVRSQSLRLLQSWLAAQSQQLSDSDIKKLWKGLFYCLWHADKTPNQVALIDRLISLFHSLQPAVSLEFFRGFLVTLRREWPGIDRLRLDKFYLLIRRFVKALFDLMRLRKWDVGVLGEYFGVLENDALLADDKLQGNGVNYHLASVFLEELAGVTFPVQNEVVDVILRPFFGVLRRGTDKILLGKVKSNVFDELVKAGTELLSKKKLGEDCGESNGNALLGVVALRMG...
XP_057767292.1
MKKRSREPKPLIPALAAATGPTLIKHLASCSTAVRSQSLRLLQSWLAAQSQQLSDSDIKKLWKGLFYCLWHADKTPNQVALIDRLISLFHSLQPAVSLEFFRGFLVTLRREWPGIDRLRLDKFYLLIRRFVKALFDLMRLRKWDVGVLGEYFGVLENDALLADDKLQGNGVNYHLASVFLEELAGVTFPVQNEVVDVILRPFFGVLRRGTDKILLGKVKSNVFDELVKAGTELLSKKKLGEDCGESNGNALLGVVALRMG...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器