Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr06G000152`

染色体: Chr06 坐标: 1062496-1067711 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr06G000152`
名称	SmilChr06G000152
描述	homogentisate phytyltransferase 1, chloroplastic
染色体 / SeqID	Chr06 / NC_080392.1
坐标与链方向	1062496 - 1067711 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130987695`
GeneID	`130987695`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130987695`
原始查询	`LOC130987695`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	homogentisate phytyltransferase 1, chloroplastic
产物	homogentisate phytyltransferase 1%2C chloroplastic
Arabidopsis	`AT2G18950` (HPT1) homogentisate phytyltransferase 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:816412] identity=66.2; qcov=0.938; evalue=3.54e-178; confidence=high
Rice	`Os06g0658900` (OsSGD1) - identity=71.2; qcov=0.84; evalue=4.07e-172; confidence=high
GO	GO:0004659 (prenyltransferase activity); GO:0016020 (membrane)
KEGG	smil00130 (Ubiquinone and other terpenoid-quinone biosynthesis - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01110 (Biosynthesis of secondary metabolites - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01240 (Biosynthesis of cofactors - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF01040 (UbiA)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130987695

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Chloroplast	叶绿体	1.00000	`XP_057767297.1`
2	Chloroplast membrane	叶绿体膜	1.00000	`XP_057767297.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057767297.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057767297.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057767297.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr6:1063318`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B122
`Chr6:1063354`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B69
`Chr6:1063866`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B84,B94
`Chr6:1063908`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D11
`Chr6:1066283`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B94
`Chr6:1066571`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B32
`Chr6:1066679`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B94

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057767297.1

402 aa

201

402

UbiA

PF01040 UbiA 131-390 aa

XP_057767298.1

401 aa

200

401

UbiA

PF01040 UbiA 130-389 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057767297.1`	Pfam	`PF01040`	UbiA	Family	131	390	6.3e-41	141.0	UbiA prenyltransferase family
`XP_057767298.1`	Pfam	`PF01040`	UbiA	Family	130	389	6.2e-41	141.0	UbiA prenyltransferase family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA

XM_057911315.1
AAACAAAATACAAAAATATAGGGTCTATAAATGGGCACGAGAATAATTCCACTACAATGTAGGGTCTAAGATTTAGTATCATTTTTTTTAGATGCTATATAATAATAATTCTACAAAAATATGTTTGTCACGATCTAAATATTGAGTAATTATTCCGGCAAGCTGCAGCAGATGATTTAGCGTTGGTGAAAGAATTTGCTACAAAGTGTTCAACATGCAACCAAGCTGCCTTTCTCACTCTTCCCTCTTCTCTTAGAGAG...

XM_057911314.1
AAACAAAATACAAAAATATAGGGTCTATAAATGGGCACGAGAATAATTCCACTACAATGTAGGGTCTAAGATTTAGTATCATTTTTTTTAGATGCTATATAATAATAATTCTACAAAAATATGTTTGTCACGATCTAAATATTGAGTAATTATTCCGGCAAGCTGCAGCAGATGATTTAGCGTTGGTGAAAGAATTTGCTACAAAGTGTTCAACATGCAACCAAGCTGCCTTTCTCACTCTTCCCTCTTCTCTTAGAGAG...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA

LOC130987695
ATGGAGTCCATGCTAATTGGGTCTTTCCAGAAACCTTCGCTTTCGCTTCCCTTTGCAGCTGAGCTATGCTCGCTTCCTACTGGGAATCATTTAAAATGCAAAGCTTTCAGCAATGTAGGAAGGATCTATGCCGTATCAGAGAGGTTATGTGTGCGGAGGCAAAATTTGGTGCACCAATCTGTCAAAAATATCACCCAAAGAAGAGTTACACTAAATCCCAAGGGTGATTCGAAGTATGTAGTAAATTCAGCTTCAGGGCA...

LOC130987695
ATGGAGTCCATGCTAATTGGGTCTTTCCAGAAACCTTCGCTTTCGCTTCCCTTTGCAGCTGAGCTATGCTCGCTTCCTACTGCAGGGAATCATTTAAAATGCAAAGCTTTCAGCAATGTAGGAAGGATCTATGCCGTATCAGAGAGGTTATGTGTGCGGAGGCAAAATTTGGTGCACCAATCTGTCAAAAATATCACCCAAAGAAGAGTTACACTAAATCCCAAGGGTGATTCGAAGTATGTAGTAAATTCAGCTTCAGG...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA

XP_057767297.1
MESMLIGSFQKPSLSLPFAAELCSLPTAGNHLKCKAFSNVGRIYAVSERLCVRRQNLVHQSVKNITQRRVTLNPKGDSKYVVNSASGHSLESEPSKSPLGPLHQGLDAFYRFSRPHTVIGTALSIVSVSLLAVEKLSDFSPLFFAGLLEAIVAALLMNIYIVGLNQISDIEIDKVNKPYLPLASGEYSVKTGVMIVSSFGILSFWLGWIVGSWPLFWALFISFMLGTAYSIDVPLLRWKRFAVVAAMCIFAVRAVIVQIA...

XP_057767298.1
MESMLIGSFQKPSLSLPFAAELCSLPTGNHLKCKAFSNVGRIYAVSERLCVRRQNLVHQSVKNITQRRVTLNPKGDSKYVVNSASGHSLESEPSKSPLGPLHQGLDAFYRFSRPHTVIGTALSIVSVSLLAVEKLSDFSPLFFAGLLEAIVAALLMNIYIVGLNQISDIEIDKVNKPYLPLASGEYSVKTGVMIVSSFGILSFWLGWIVGSWPLFWALFISFMLGTAYSIDVPLLRWKRFAVVAAMCIFAVRAVIVQIAF...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器