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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G000172

染色体: Chr06 坐标: 1189412-1193312 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G000172
名称SmilChr06G000172
描述GPN-loop GTPase QQT2-like
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向1189412 - 1193312 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130987718
GeneID130987718
locus_tag-
NCBI NameLOC130987718
原始查询LOC130987718

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述GPN-loop GTPase QQT2-like
产物GPN-loop GTPase QQT2-like
ArabidopsisAT4G21800 (QQT2)
P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:828268]
identity=77.8; qcov=0.844; evalue=0; confidence=high
RiceOs03g0312600
-
identity=75.2; qcov=0.912; evalue=0; confidence=high
GOGO:0003924 (GTPase activity)
KEGG-
PfamPF03029 (ATP_bind_1)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130987718

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057767336.1
2 Nucleus 细胞核 0.40000 XP_057767342.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057767336.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057767336.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057767336.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:1190266 CGG C 2bp_deletion frameshift_variant 21 A15,B102,B107,B12,B125,B133,B138,B22,B3,B65,B89,B90,B92,C14,C2,C23,C29,C45,C63,C85,C87
Chr6:1190295 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B43,C26,C31,C41,C60
Chr6:1190302 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B136,B87,C46,D10,D9
Chr6:1191096 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C56,C65
Chr6:1191221 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr6:1191290 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B107,C26,C31,C60,C76
Chr6:1191492 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A19,A3,B73,C37
Chr6:1191493 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B101,B26,B49,C40,D7
Chr6:1191526 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B137,D11
Chr6:1192281 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C36
Chr6:1192651 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B53
Chr6:1192664 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C41

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057767336.1
436 aa
N
1
218
436
ATP_bind_1
C
PF03029 ATP_bind_1 103-341 aa
XP_057767337.1
430 aa
N
1
215
430
ATP_bind_1
C
PF03029 ATP_bind_1 97-335 aa
XP_057767338.1
400 aa
N
1
200
400
ATP_bind_1
C
PF03029 ATP_bind_1 67-305 aa
XP_057767339.1
400 aa
N
1
200
400
ATP_bind_1
C
PF03029 ATP_bind_1 67-305 aa
XP_057767340.1
394 aa
N
1
197
394
ATP_bind_1
C
PF03029 ATP_bind_1 61-299 aa
XP_057767342.1
385 aa
N
1
192
385
ATP_bind_1
C
PF03029 ATP_bind_1 52-290 aa
XP_057767343.1
385 aa
N
1
192
385
ATP_bind_1
C
PF03029 ATP_bind_1 52-290 aa
XP_057767344.1
385 aa
N
1
192
385
ATP_bind_1
C
PF03029 ATP_bind_1 52-290 aa
XP_057767345.1
385 aa
N
1
192
385
ATP_bind_1
C
PF03029 ATP_bind_1 52-290 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057767336.1 Pfam PF03029 ATP_bind_1 Domain 103 341 1.2e-78 264.9 Conserved hypothetical ATP binding protein
XP_057767337.1 Pfam PF03029 ATP_bind_1 Domain 97 335 1.4e-78 264.7 Conserved hypothetical ATP binding protein
XP_057767338.1 Pfam PF03029 ATP_bind_1 Domain 67 305 1.2e-78 264.9 Conserved hypothetical ATP binding protein
XP_057767339.1 Pfam PF03029 ATP_bind_1 Domain 67 305 1.2e-78 264.9 Conserved hypothetical ATP binding protein
XP_057767340.1 Pfam PF03029 ATP_bind_1 Domain 61 299 1.2e-78 264.9 Conserved hypothetical ATP binding protein
XP_057767342.1 Pfam PF03029 ATP_bind_1 Domain 52 290 1.1e-78 265.1 Conserved hypothetical ATP binding protein
XP_057767343.1 Pfam PF03029 ATP_bind_1 Domain 52 290 1.1e-78 265.1 Conserved hypothetical ATP binding protein
XP_057767344.1 Pfam PF03029 ATP_bind_1 Domain 52 290 1.1e-78 265.1 Conserved hypothetical ATP binding protein
XP_057767345.1 Pfam PF03029 ATP_bind_1 Domain 52 290 1.1e-78 265.1 Conserved hypothetical ATP binding protein

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

9 records

下载 cDNA FASTA
XM_057911354.1
ACACTAATATAGGCAAAACATAAAAATAGACGGCAAGAGTTTCAGTTGCGCGCGACTCGTTTTCCGTTTCACTCTCCGTCAACAGCCCTACCTCCGCGGCCTCTCGCGGCGGCGCTGATAGAAAATATTAGAACGAGGACTGGCCGCTGCTATCCGCGATTGTTTCAGCTAGCAGGGCATGCGATGCCTCCGTGGTGTCCTGACTGTGTGAAAAATGTTCGGACTGACAACTTTGGAGGCAAAACATGCTGTTCACTTTG...
XM_057911353.1
AAGAGTTTCAGTTGCGCGCGACTCGTTTTCCGTTTCACTCTCCGTCAACAGCCCTACCTCCGCGGCCTCTCGCGGCGGCGATTGTTTCAGCTAGCAGGGCATGCGATGCCTCCGTGGTGTCCTGACTGTGTGAAAAATGTTCGGACTGACAACTTTGGAGGCAAAACATGCTGTTCACTTTGCGGGAGGATTCTTATTGAGGATGACATTGCGGAGGACGTTCAGTTTGTGAACTCAGCTGATGGACAGTCAGGAGAAAT...

CDS

9 records

下载 CDS FASTA
LOC130987718
ATGCCTCCGTGGTGTCCTGACTGTGTGAAAAATGTTCGGACTGACAACTTTGGAGGCAAAACATGCTGTTCACTTTGCGGGAGGATTCTTATTGAGGATGACATTGCGGAGGACGTTCAGTTTGTGAACTCAGCTGATGGACAGTCAGGAGAAATGGATATCGACTCAAAGGCACCTGAAAATGCTACTTCAGTGGCTCAAGGGGATACAGAGACCAAAGATGCCGACTGCATATCCAAAACAATGGAGGATCTGAATAT...
LOC130987718
ATGCCTCCGTGGTGTCCTGACTGTGTGAAAAATGTTCGGACTGACAACTTTGGAGGCAAAACATGCTGTTCACTTTGCGGGAGGATTCTTATTGAGGATGACATTGCGGAGGACGTTCAGTTTGTGAACTCAGCTGATGGACAGTCAGGAGAAATGGATATCGACTCAAAGGCACCTGAAAATGCTACTTCAGTGGCTCAAGGGGATACAGAGATATCCAAAACAATGGAGGATCTGAATATTGGAGAAACATCCTCTAG...

Protein

9 records

下载 Protein FASTA
XP_057767336.1
MPPWCPDCVKNVRTDNFGGKTCCSLCGRILIEDDIAEDVQFVNSADGQSGEMDIDSKAPENATSVAQGDTETKDADCISKTMEDLNIGETSSSFKTKPVIIIVVGMAGCGKTTFLHRLVSHTMASNIRGYVMNLDPAILTLPFGANIDIRDTVRYKEVMKQFNLGPNGGILTSLNLFSTKFDEVISMIEKRADQLDYVLVDTPGQIEIFTWSASGAIITEAFASTFPTVIAYVVDTPRSASPATFMSNMLYACSILYKTR...
XP_057767337.1
MPPWCPDCVKNVRTDNFGGKTCCSLCGRILIEDDIAEDVQFVNSADGQSGEMDIDSKAPENATSVAQGDTEISKTMEDLNIGETSSSFKTKPVIIIVVGMAGCGKTTFLHRLVSHTMASNIRGYVMNLDPAILTLPFGANIDIRDTVRYKEVMKQFNLGPNGGILTSLNLFSTKFDEVISMIEKRADQLDYVLVDTPGQIEIFTWSASGAIITEAFASTFPTVIAYVVDTPRSASPATFMSNMLYACSILYKTRLPLVLA...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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