Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr06G000194`

染色体: Chr06 坐标: 1343794-1344727 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr06G000194`
名称	SmilChr06G000194
描述	uncharacterized SmilChr06G000194
染色体 / SeqID	Chr06 / NC_080392.1
坐标与链方向	1343794 - 1344727 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130987745`
GeneID	`130987745`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130987745`
原始查询	`LOC130987745`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	Molecular chaperone Hsp40/DnaJ family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:830157]; symbol=AT4G39960; hit=AT4G39960; species=arabidopsis; confidence=low
产物	Molecular chaperone Hsp40/DnaJ family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:830157]; symbol=AT4G39960; hit=AT4G39960; species=arabidopsis; confidence=low
Arabidopsis	`AT4G39960` (AT4G39960) Molecular chaperone Hsp40/DnaJ family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:830157] identity=52.5; qcov=0.427; evalue=1.25e-13; confidence=low
Rice	`Os03g0648400` (OsDjA4) - identity=50; qcov=0.406; evalue=6.26e-13; confidence=low
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF00226 (DnaJ)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130987745

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus membrane	核膜	0.40000	`XP_057767379.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.20000	`XP_057767379.1`
3	Mitochondrion	线粒体	0.20000	`XP_057767379.1`
4	Endoplasmic reticulum	内质网	0.20000	`XP_057767379.1`
5	Lipid droplet	脂滴	0.20000	`XP_057767379.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr6:1344452`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B84
`Chr6:1344498`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	1	A1
`Chr6:1344498`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A1
`Chr6:1344544`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D11
`Chr6:1344648`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A18,B82
`Chr6:1344701`	`T`	`TTG`	2bp_insertion	frameshift_variant	1	C70
`Chr6:1344701`	`T`	`TTG`	2bp_insertion	CDS_variant	1	C70

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057767379.1

143 aa

143

DnaJ

PF00226 DnaJ 4-62 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057767379.1`	Pfam	`PF00226`	DnaJ	Domain	4	62	5.3e-20	72.0	DnaJ domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057911396.1
TAAAACACCAATGAGTTGCCTTTACAACATATTGGGCGTCGCAAAGACCGCAAGCGAGATCGAAATCAGACAAGCCTATCGGAAACTCGCCGTGCAATCCCATCCGCAGACGACAGGCGCCGCCGTCGAAGAGTTCAAGCGGATCACGAATGCTTACGAGATTCTCGTCGACGACCGTAAGCGCGCAGCCTACGATCTGATCATCAGATCTAATGAAAGTGAGCCTCGTCAGCGTGAACCGCAGAAGCAGTCGAATGCCG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130987745
ATGAGTTGCCTTTACAACATATTGGGCGTCGCAAAGACCGCAAGCGAGATCGAAATCAGACAAGCCTATCGGAAACTCGCCGTGCAATCCCATCCGCAGACGACAGGCGCCGCCGTCGAAGAGTTCAAGCGGATCACGAATGCTTACGAGATTCTCGTCGACGACCGTAAGCGCGCAGCCTACGATCTGATCATCAGATCTAATGAAAGTGAGCCTCGTCAGCGTGAACCGCAGAAGCAGTCGAATGCCGGTCAATCTAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057767379.1
MSCLYNILGVAKTASEIEIRQAYRKLAVQSHPQTTGAAVEEFKRITNAYEILVDDRKRAAYDLIIRSNESEPRQREPQKQSNAGQSNRGGYTKSSQSRRKRRAAAALRFLRRVCVGFLKFTAQVIVEAVANFDFVDCFVDLVD

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器