Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr06G000200`

染色体: Chr06 坐标: 1378909-1381182 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr06G000200`
名称	SmilChr06G000200
描述	family of serine hydrolases 2-like
染色体 / SeqID	Chr06 / NC_080392.1
坐标与链方向	1378909 - 1381182 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130987746`
GeneID	`130987746`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130987746`
原始查询	`LOC130987746`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	family of serine hydrolases 2-like
产物	family of serine hydrolases 2-like
Arabidopsis	`AT4G24380` (AT4G24380) dihydrofolate reductase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:828540] identity=45.7; qcov=0.699; evalue=3.41e-69; confidence=high
Rice	`Os07g0687100` (OJ1200_C08.123) - identity=78; qcov=0.597; evalue=1.57e-123; confidence=medium
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF03959 (FSH1)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130987746

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	0.80000	`XP_057767380.1`
2	Cytosol	细胞质基质	0.80000	`XP_057767380.1`
3	Cytoplasm	细胞质	0.60000	`XP_057767380.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057767380.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057767380.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr6:1378966`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C56,C85
`Chr6:1378969`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C35,D5
`Chr6:1379418`	`ACT`	`A`	2bp_deletion	frameshift_variant	40	A21,B100,B103,B11,B126,B127,B13,B28,B34,B36,B4,B40,B47,B52,B57,B67,B73,B75,B88,B89,B95,B97,C11,C24,C27,C34,C38,C39,C41,C45,C51,C52,C57,C69,C71,C72,C74,C85,D4,D8
`Chr6:1379476`	`TA`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	C87
`Chr6:1379476`	`TA`	`T`	1bp_deletion	CDS_variant	1	C87
`Chr6:1379555`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B137
`Chr6:1380494`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B1,B75,C17
`Chr6:1380858`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A20,B10
`Chr6:1380941`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	C2,C32,C68
`Chr6:1381042`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C17

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057767380.1

335 aa

168

335

FSH1

PF03959 FSH1 82-273 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057767380.1`	Pfam	`PF03959`	FSH1	Domain	82	273	9e-50	170.0	Serine hydrolase (FSH1)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057911397.1
TGGCGCTTATGCAGAAATCAAGCACCAAAGCAAGAAGCAGTATGGAAAAGGGACTAAGCTCAAGGAGAAACTGTGAGGGTGGGTACCCTCGTGGCAACAATCCTAACCAACCGATCTACCAAACTCCAAAAGTTAGTTGCTTCTTAGAAGCACTTCTTGTTCTTGAAAACACTCACTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTAATCATTTTGGGTTAAAAATGGAAGCTGTGAGCGTAGCAAAGAAG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130987746
ATGCAGAAATCAAGCACCAAAGCAAGAAGCAGTATGGAAAAGGGACTAAGCTCAAGGAGAAACTGTGAGGGTGGGTACCCTCGTGGCAACAATCCTAACCAACCGATCTACCAAACTCCAAAAGTTAGTTGCTTCTTAGAAGCACTTCTTGTTCTTGAAAACACTCACTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTAATCATTTTGGGTTAAAAATGGAAGCTGTGAGCGTAGCAAAGAAGAGAATCCT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057767380.1
MQKSSTKARSSMEKGLSSRRNCEGGYPRGNNPNQPIYQTPKVSCFLEALLVLENTHSLSLSLSLSLSLSNHFGLKMEAVSVAKKRILCLHGFRTSGSFLKKQISKWDPSIFAHFELDFPDGIYPAGGKSEIEGIFPPPYFEWFQFNKDFTEYTNLEACIDYLCNYITTNGPFHGFLGFSQGASLSALLLGYQAQGKILKEHPPITLFVSISGSKFRDPTICEAAYRDVIKVRSVHFVGEKDWLKLPSEELAAAFEDPLII...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器