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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G000201

染色体: Chr06 坐标: 1381959-1385695 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G000201
名称SmilChr06G000201
描述uncharacterized SmilChr06G000201
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向1381959 - 1385695 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130987749
GeneID130987749
locus_tag-
NCBI NameLOC130987749
原始查询LOC130987749

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述hit=Os02g0502500; species=rice; confidence=high
产物hit=Os02g0502500; species=rice; confidence=high
ArabidopsisAT2G40980 (AT2G40980)
Protein kinase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:818698]
identity=73.4; qcov=0.7; evalue=0; confidence=high
RiceOs02g0502500
-
identity=62.2; qcov=1.01; evalue=0; confidence=high
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130987749

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 0.80000 XP_057767383.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057767383.1
3 Cytosol 细胞质基质 0.80000 XP_057767383.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057767383.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057767383.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:1382186 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B62
Chr6:1383133 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B75
Chr6:1383209 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B90,B92
Chr6:1383278 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A18,A4,A6,B106,B81
Chr6:1383365 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B104,B19,B69,C25,D1
Chr6:1383671 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B26
Chr6:1383716 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B9,C43
Chr6:1383797 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B84
Chr6:1383884 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B107,B48,D5
Chr6:1384170 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B2,B93,C51
Chr6:1384196 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A16,A20,B41
Chr6:1384199 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B1

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057911400.1
TCTGTTTAACCGAGGCATCTTTTAGCACTCTCAGAAGCATTGTTTAGAGAGAGAGAGAGAAGCGCGTGTTGGAGTTGTAGAGAGAGAAGGAAAATGCACCTTCCTTCCGTAGAGAGAGAAAGTGAGTCAGACTCGTCTACGACTGCTGCTTACTGATGTCAACGATCTAGAGCCAAATTTCACTCCATATTTTTTTAATCGGTTTCTCGTCTCTACTTACTATGGCAGGTATATCACCGGATCAGGAATCAGTAGATTCT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130987749
ATGGCAGGTATATCACCGGATCAGGAATCAGTAGATTCTGCAACCAAAAAGTCCAGTATCTCCTCAGGTGGTAGGGCTCAGGATAGGAAGGAGTTTCTTCGTAGATTTGTGGACAGTGAAATCCTGAAAGCAAATCTTGAGGATTGGCTTGAGGATATAGTTGTAGATAATCCGGGATCTGCCTTTGATCTTCCTTTTGAGTTGATAGATCTTCAGAAGTTCGATTATGCCCTAGAAGGTGTTCCCTTTCAGCAGCTAAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057767383.1
MAGISPDQESVDSATKKSSISSGGRAQDRKEFLRRFVDSEILKANLEDWLEDIVVDNPGSAFDLPFELIDLQKFDYALEGVPFQQLIRMPSAIYASTSSDVEATAYLALEDFLHASVNGMWEAFWGPEDEMMPFYVSSLYEGNLRFYQAEQAIAKGKIGGLCASAIMLRNPRHPQGKWDDIIELALLRPDIGNHASAENSNPPVSTICEALFLAFRVLLARSISRSNIPLSLNYVFVLLVDSHCGGVVKVEGDLSKLDCD...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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